卢循京城时，孙在石城设立栅栏，戍守越城、查浦，在新亭打败了卢军。祖对孙说：“卢循要被彻底打败，应该首先捣毁他的巢，叫他奔逃的时候，无安，没有你便不能完成这个任务。”于是派孙率步兵三千，从海上经过，袭击番禺。先前，卢循不以海路为意，孙季到东冲，离城十多里，城内的人还不知。卢循的守兵还有几千人，城池很固。孙首先焚烧船舰，全登岸，恰遇此时大雾弥漫，孙带兵从四面登城，当天便打下了广州城。卢循的父亲卢嘏、长史孙建之、司虞。。夫等，坐小船逃到始兴。孙便派振武将军沈田等讨平始兴、南康、临贺、始安等岭南各郡。卢循从左里逃跑，但兵力还不少，从南岭回袭广州，孙抵御二十多天，卢循才被打败逃走，杀死敌人一万多，一直追奔到郁林，恰遇病情暴发，不能穷追到底，卢循于是得以逃向州。

义熙七年(411)四月。孙季在晋康逝世，当年五十三岁。死后被追赠为龙骧将军、南海太守，封爵为侯官县侯，邑一千。九年(413)祖思念季的功劳，于是上表说：“孙季岭南的功劳，已蒙受赠封。我再想卢循作恶十二年，据有岭南，如果他的据地不被攻，有地方投，必然招集残余，还能构成后患。孙季在海上行走万里，投于洪波涛之上，风驰电掣，快速攻到，于是平定南海，捣毁敌人巢，使卢循退无所，坐小船远逃。不需一个月，妖邪叛贼便被消灭。平叛的功劳，确实非常地大，往年的赠给，还不算优等，我认为更应赠他一州刺史，加上他的本号，为的是让忠诚勤劳不被埋没，勤劳的功臣更加奋发有为。”再赠给孙季州刺史，将军照旧。他的儿孙宗世去世，孙孙钦公继承。孙钦公去世，他的儿孙彦祖继承。齐国建立，封爵被取消。

蒯恩字恩，兰陵承县人。刘裕征讨孙恩时，该县征蒯恩为民亻夫，作为乙等劳力使用，叫他运载的粮草。蒯恩常常背负一大捆，有一般人两个那么多，他每每丢下刍草，叹：“大丈夫应该开挽三石弓箭杀敌，怎么能仅当一个兵呢？”祖听说蒯恩这些事，上便给他武铠甲，蒯恩兴万分，从征讨孙恩起，常常率先攻击敌人，杀了很多敌人。既熟悉了战阵，又胆量才能过人，忠诚恭谨，未曾有错误，很得祖的喜，在娄县战斗中，他的左被箭伤。

蒯恩随同祖平定京城，以宁远将军份带一队人。又随同振武将军刘规西向讨伐。俘虏桓仙客，攻克偃月垒，于是打下江陵。义熙二年(406)，张占据应城造反，蒯恩击败张，蒯恩被封为都乡侯。随同刘裕攻广固，又有战功。卢循京城，蒯恩在查浦抵抗敌人，敌人退走。他又和王仲德等追击，击败卢循将在南陵的范崇民。卢循逃回广州，蒯恩又带一千人随同刘藩追击在始兴的徐覆，并将他斩首。蒯恩迁任龙骧将军、兰陵太守。祖西征刘毅，蒯恩和王镇恶率领轻兵袭击江陵，此事可参见《王镇恶传》。蒯恩在本官的基础上又兼任太尉长兼行参军，带兵二千，随同益州刺史朱龄石征讨蜀国。到彭模时，蒯恩所带的队冲在前面，和敌人展开激烈的战斗，从早晨到傍晚，蒯恩更加勇猛。敌人败逃，前平定成都，他被选为行参军，改封北至县五等男。祖征讨司休之和鲁宗之，蒯恩和建威将军徐逵之先行。徐逵之败亡，蒯恩的队在堤下布阵，鲁宗之的儿鲁轨利用胜利形势攻蒯恩，飞箭，仿佛雨一般，呼声震动天地。蒯恩勉励将士，战阵更加固。鲁轨多次冲击，蒯恩都巍然不动。鲁轨觉得攻不下于是退却了。祖肯定他带兵稳重。江陵平定后，蒯恩再追击鲁轨到石城。鲁轨弃城而逃，蒯恩追到襄，鲁宗之逃奔后秦，蒯恩和将领们追到鲁关才回来。

蒯恩自随从刘裕征战以来，每次有危急时，都首先冲击，常常攻陷敌阵，打败敌人，不避险阻，大小一百多次战斗，他上也多次受重伤。祖记下他的前后功劳，封他为新宁县男，邑五百。祖的世当征虏将军，蒯恩以大府将佐兼领世的中兵参军。随同本府转任中兵参军，祖北伐，留下蒯恩保护世，叫朝臣和他结。蒯恩更加谦虚，与人谈话时总是以官职称呼别人，而却自称鄙人。他对待士兵们，很有纪律，下都亲近拥护他。他迁任谘议参军，转任辅国将军、淮陵太守。世建立军府，他又当从事中郎，再转司，将军、太守照旧。