见不能听从。”祖见到沈后，叫他到外面等候，叫来穆之问：“你说沈的话不可听从，这是什么意思呢？”穆之说：“晋朝政权已失，并非一天两天的事，加上发生桓玄篡位之事，天命皇权已不属晋朝。您复兴了晋朝皇室，功万世。既然立了大功，理应获得大位。您现今的形势，怎么能够于谦逊退让之地而削弱自己的力量，仅作个驻守边地的将领呢？刘毅、孟昶等人，与您都是从平民而起，共举大义，本来都是想扶助晋主建功立业，以获得富贵的。事情有先有后，所以一时论功行赏，并不是命中永远注定你们有臣主之分。势均力敌，最后还是要互相火并。扬州是本所在之地，不可以让位于他人。以前让王谧作扬州刺史，是于权宜之，本不是长久之计。现在若再把扬州给别人，您一定会受别人抑制。一旦失去权柄，就再也没有办法得到它。而您功勋重，他人又不能控制领导您，对您怀疑耽心与害怕畏惧相织，各不测之事就都会发生。将来会现的问题，现在不能不考虑到。现在朝中大臣的建议已是这样，只能委婉回答。一定要说扬州刺史非我莫属，如此又难以直言，只有回答说‘国家政治之本，宰辅位置十分重要，国家兴盛衰亡均在于宰辅，应好好考虑和挑选。这件事十分重要，不能空谈，我暂时回朝中，与大家商量’。您一回京，他们一定不敢弃您而授位给别人。”祖听从了穆之的话，于是作了宰辅。

穆之跟随祖征伐广固，抵抗卢循，常住在营帐中谋划策，决定各事情。刘毅等人害怕刘穆之被祖重用亲近，常常谈说穆之手中权力太大，祖反而越发信任倚仗他。穆之在外听到的看到的，事无细，均告诉祖，即使是街谈巷语、笑话等小事，也都告诉祖一些。祖常得到民间的各信息以显示他的锐，都是由于穆之的原因。穆之又喜宾客，家中坐客常满，安耳目观察打听，所以朝廷内外各观，穆之没有不知的。即使是亲近的人的行为，穆之也都陈奏给祖而毫不隐瞒。有的人讥笑他，他却说：“以公的明察秋毫，将来自己也会知，我受公之恩，理应不加隐讳，这正如张辽之所以告发关羽想叛逃一样的理。”祖的行为举止，穆之都加以规范。祖书法一向不明，穆之说：“这虽是件小事，但字迹会被四传开，愿您稍加留意。”祖既不能达到穆之希望写好字，又十分想改变这状况。穆之于是说：“你只挥笔写很大的字，一字一尺大，也不嫌弃，字大可以包容一些东西，有气势也是一。”祖听从了他，一张纸只六七个字就写满了。凡穆之所推举的，祖不接受，穆之就不甘休。穆之常说：“我虽然比不上荀令君推举好的，但我不推举不好的。”穆之与朱龄石一起理书信，曾给祖写回信，从天亮到中午，穆之写了一百函，龄石写了八十函，并且穆之写的都没有废弃。穆之转为中军太尉司，义熙八年，加封为丹尹。

祖西征讨伐刘毅，派诸葛长民留守府中，总后方一切，祖担心长民难以独当此任，把穆之留下帮助长民。加穆之为建威将军，设置佐吏，给穆之实力。长民果真有背叛祖之野心，只是犹豫没能发动，于是私下偷偷对穆之说：“外面谣传，都说太尉与我不平等，什么原因才闹成这样？”穆之说：“公逆远征，而把老母幼委托于你，如果不信任你，怎么会这样呢？”长民思想才稍稍稳定。祖回来后，杀了长民。义熙十年，推举穆之为前将军。供给前军府一年一万匹布，钱三百万。义熙十一年，祖西征司休之，中军将军怜留守，但事无大小，都由穆之决定。提升穆之为尚书右仆，仍如昔日一样兼任前将军和丹尹。义熙十二年，祖北伐，把儿留下作中军将军，理太尉留守府内，调穆之为左仆，率领监军、中军二府军司，前将军、丹尹仍兼任。可带仪仗护卫队五十人，朝廷殿堂，并迁居到东城。

刘穆之在内总理朝政，在外理军旅事务，解决问题有条不紊，任何事情都不被耽误。常常宾客盈门，求办名类事项，朝事军事里里外外来询问禀告的人满阶满室。刘穆之睛看公文，手写回信；耳听别人的汇报，中同时回答，同时理数事不妨碍，每一件都理得很妥当。又与不少很熟悉的客人在一起畅谈说笑长达一日或数时辰，并不觉得困倦疲累。只要有空闲时间，穆之就写写画画，翻阅文章，校定典籍。他格豪放，吃饭一定要很大的地方，常常十人吃的饭。穆之喜宾客，从未一个人单独吃饭，每到吃饭之时，都会有十多位客人，营帐中常规安排伙，以此为正常之事。他曾对祖说：“穆之的家中本来贫贱，生活必需品都很缺乏。自从我跟随您以来，虽然常常想节约省俭，但每天所需的，仍稍微多了一些，除此之外，我没有一丝一毫对不起您的地方。”

义熙十三年，穆之病转沉重，皇上降诏让正直黄门郎探问穆之病情。十一月穆之去世，享年五十八岁。

祖此时在长安，听到此消息大吃一惊，悲痛异常，哀伤惋叹数日。祖本想暂驻关中，经营赵、魏。穆之已去世，京都缺人，于是赶回彭城，让司徐羡之代为留守理。而朝廷中以前由穆之理的事，一起汇报到北方祖驻地，由祖定夺。穆之以前率领的前军府文武官兵二万人，三千人分给徐羡之的建威府，其余的全都拨给儿的中军府。追赠穆之为散骑常侍、卫将军、开府仪同三司。