二州诸军事、骠骑大将军、开府仪同三司、扬州刺史，持节的权力不变。封为豫章郡王，邑三千。仆王俭写信给萧嶷说：“故楚国之地萧条不振，连年多灾，饥民离失所，实在是需要治理。你刚刚到任，社会风气一变而为肃敬，江、汉地区的百姓得到休养生息，其他地区的百姓都表示向往，自从庾亮以来，荆楚就没有如此政。古人有一个月见成效的，你在十来天裹就治理好了，岂不是事!”

正逢北虏蠢动，皇上想理好这方面的事。就下诏说：“有政縯众的州官总京城地区，实为重要，荆楚统辖远方，责任重大。不久前公私财空虚，安抚的措施更比平时重要。”又任萧嶷为都督荆湘雍益梁宁南北秦八州诸军事、南蛮校尉、荆湘二州刺史，持节、侍中、将军、开府等职权不变。晋宋之，刺史大多不理南蛮，而是另委要人理，到造时有了二府二州。荆州每年费用钱三千万，布万匹，米六万斛，又把江、湘二州的米十万斛给了镇府，湘州经费每年七百万.布三千匹，米五万斛，南蛮经费每年赋税三百万，布万匹，绵千斤，绢三百匹，米千斛，近代没有人能比得上他。不久又赐给他一辆油络侠望车。

二年天，北虏侵犯司、豫二州，萧嶷上表派南蛮司崔慧景讨伐北方，又分派中兵参军萧惠朗增援司州，驻西关。北虏军渡淮攻寿，分骑兵从随、邓二地发，大家对此忧虑，萧嶷说：“夏以后，不再是敌人用兵的好季节，衹要命令豫、司二州守重要渡VI要，他们看到戒备森严，他们会自己溃散，必然不敢越过这两镇向南犯.”这时正戒严，萧嶷想到荆州与蛮、接壤，怕他们产生二心，就令防区内都穿宽大的衣服。最终北虏没有从樊、邓兵，在寿败退了。不久赐给萧嶷班剑仪仗二十人。

当年夏天，在南蛮园东南开学馆，上表陈述情况。招收四十个生员，收贵族中父辈或祖辈职位在正副台郎以上的，年龄在二十五岁以下十五岁以上的，设儒林参军一人，文学祭酒一人，劝学从事二人，行学礼。因为当时谷价太低，让他们用米来抵讲费，学得好的给米一百斛。

义的贼首张群逃亡多年之后，竟公然成为寇，义、武陵、天门、南平等四郡都受其害，沈攸之接连征讨也没捉住他，就招降了他。攸之起兵时，张群随他到郢州，在路上先反叛了，在三溪扎寨，依凭沟垒。萧嶷派中兵参军虞欣祖任义太守，让他设法诱其投降，多给礼，在座中斩了张群，同党数百人四散而去，四郡得到安定。

朝任都督扬南徐二州诸军事、中书监、司空、扬州刺史，持节、侍中的职权不变。增加兵力设置属员。把前军临王萧映府的文武官员置到司空府。萧嶷因为就要回京，便修建官舍和路，规定束归的属不能带府州的财城。从江津发，几千百姓都泪相送。萧嶷到江陵得了病，到京城还没好，皇上很忧虑，为他大赦天下，这就是建元三年六月壬曰的赦令。病好了，皇上到束府举行音乐会，规定萧嶷可以乘车直达六门。