中庶梁王、右军司张稷征讨。

十一月丙辰日，任命氐人杨灵珍为北秦州刺史，并封他为仇池公，武都王。初四，下诏：“各地有在愿意让屋宅田植桑的，可适当减少旧价。”

十二月十一日，任命冠军将军裴叔业为豫州刺史，冠军将军徐玄庆为徐州刺史，宁朔将军左兴盛为兖州刺史。二十四日，派遣度支尚书崔慧景率众援救雍州。

永泰元年(498)正月初一，大赦天下。免除建武四年以前所拖欠的租税债务。命中军大将军徐孝嗣在本官之上开府仪同三司。沔北各郡遭索虏侵掠、相继失陷。二十三日，派遣太尉陈显达持节援救雍州。二十五日，诛杀河东王萧铉、临贺王萧岳、西王萧文、衡王萧峻、南康王萧琳、永王萧珉、湘东王萧建、南郡王萧夏、桂王萧昭粲、陵王萧昭秀。

二月初一，派遣左卫将军萧惠休假节援救寿。十九日，豫州刺史裴叔业在淮北击破索虏。二十九日，任命平西将军萧遥欣领雍州刺史。

三月二十五日，免除雍州受虏侵害各县的租布。二十七日，下诏说：“孔是光辉伟大的圣贤哲人，他弘扬雅，教导生民，是帝王们的师表，是千秋万代的轨仪，万众敬仰，忠孝所，他的功德泽被天下。虽然年代已经久远，但人们对他的敬祭仍然不断。而且他享受的规格，和诸侯一样。近年来对孔的祭祀制度被破坏了，得他的庙堂里经常没有享品，这怎么能光扬德、兴隆教化呢？应该依照原有制度，恢复祭祀规格，适时举行祭礼。”

夏四月初三，改元，对三署在押囚犯都有不同程度的赦免。文武官员赐位三等。丙戌日，任命镇军将军萧坦之为侍中、中领军。初八，立武陵昭王儿萧坦为衡王。十五日，任命西中郎长史刘暄为郢州刺史。十六日，大司会稽太守王敬则举兵反叛。

五月初二，派遣辅国将军刘山率军东讨。初五，斩杀王敬则传首示众，权且赦免浙东、吴、晋陵七郡。任命后军长史萧颖胄为南兖州刺史。十七日，任命北中郎将司元和为兖州刺史。

秋七月，任命辅国将军王珍国为青、冀二州刺史。二十四日，任命太中庶梁王为雍州刺史，太尉陈显达为江州刺史。

三十日，皇帝在正福殿逝世，终年四十七岁。遗诏说：“徐令要重申八命，中书监本官皆仍旧，沈文季可任左仆，常侍、护军仍旧，江纏可任右仆，江祀可任侍中，刘暄可任卫尉。军政大事给陈太尉主持。内外事务不论大小都给徐孝嗣、萧遥光、萧坦之、江纏理，重大事情要和沈文季、江祀、刘暄商议决定。特别重大而机要的任务，可给刘悛、萧惠休、崔惠景去完成。”葬在兴安陵。

皇帝为人清醒明，有办事才能，持法律无所谘借，控驭亲戚幸臣，臣下不敢胡作非为。驱使寒人不得用四幅伞，非常注重俭约。拆除世祖所建的新林苑，把土地还给老百姓。废除文帝所起的太东田，拆除变卖掉。永明年间下令舟车舆辇上的所有金银饰全都剔除下来，收还主衣库。太官送饭来，有大馅饼，皇帝说：“我吃不完，可以一开四半，剩下的晚上吃。”但对世祖嫔妃居中的殿服饰及用，一也没改变。