四十天，削平三十二个城垒，战四十七次，所去的地方，谁也阻挡不住。

当初，元攸衹单骑败走，廷裹的卫尉、嫔、诗人往常的制度没有改变，元颢得志后，便沉溺在酒中，日夜宴乐，不再就职治事，舆安丰王、临淮王共立计，将要背叛朝恩，拒绝贡朝见天的礼仪；祇是因为时事未安定，而且还要依靠庆之的能力和作用，所以外同内异，言语多妒忌刻薄。庆之心知此事，也秘密设计。便对元颢说：“今远来至此地，未降服的人尚多。如果这些人知我们的虚实，就一并更加连兵，而且应该居安思危，需要预先准备对策。应该启禀天，再请派兵；并制诸州，有南边人没此地者，全须押送来。”元颢想听从，元延明对元颢说：“陈庆之的兵不敷千，你自己已经难控制他，今增加他的众人，他岂肯再为你用呢？失去权柄，行动听从别人，魏的宗庙社稷，到此而灭。”元颢由是致疑，对庆之逐渐疏远和背离。又忧虑庆之向上密奏，便自己先向祖上表说：“河北、河南一时已平定，惟有氽朱荣尚敢跋扈，臣舆庆之自能擒讨他。今州郡刚归服，正需要安抚，不宜再次加兵，劳动百姓。”祖于是下韶众军都停驻在边界前缘。洛下有南人不到一万，羌夷是他们的十倍，军副佛念向庆之说：“功不奖赏，使君主畏忌自就危险，这二事已经现，将军难无虑？自古以来，废昏君立明君，扶危定难，很少有人得到善终。今日将军威震中原，声动河，杀了元颢据守洛，则是千载难遇的机会。”庆之没有听从。元颢以前任庆之为徐州刺史，因此庆之固求去镇守。元颢心裹畏惧他，于是不派他去。便说：“主上将洛之地全付托给你，忽然听闻舍去朝廷的决定，想往彭城，会说君很快取得富贵，不为国家计谋了，手敕连续不断，留下你恐怕变成我的责任了。”庆之不敢再言。魏天将军氽朱茔、右仆企世隆、大都督五玉垄、骠骑将军氽朱吐没儿、氽朱荣的长史、鲜卑、芮芮，统众人号称有百万；挟持魏主元攸来攻元颢，元颢据守洛六十五日，凡所得城垒，一时都反叛他。庆之渡黄河守北中郎城，三日中作战十一次，伤杀的人很多。氽朱荣将要退兵，时有刘灵助，懂得天文，便对尔朱荣说：“不十日，河亩会大定。”叁茔于是缚木成筏，从堕互渡童逗，与五题在迥钟作战，亘题大败，逃至堕垣，遇贼被擒，洛失陷。庆之有步兵数千，结阵向东返，尔朱荣亲自来追，碰巧嵩山洪泛滥，军人死散。庆之便削发剃须成为僧徒，从小路行至豫州，豫州人程雍等人暗地把他送汝。至都城，仍以功劳授右卫将军，封为永兴县堡，邑一千五百。后来任持节、都督缘淮诸军事、奋武将军、北兖州刺史。

这时有妖贼僧徒坛自称为帝，土豪墓值垄起兵应和他，僧颇懂幻术，更加煽动蛊惑人心，徒众至三万，攻陷北徐州，济太守杨起文弃城逃走，钟整太守单希实被害，派庆之讨伐他。皇帝亲临白下设宴送行，对庆之说：“江、兵劲，其锋难抵挡，卿可以用策略制服他，不宜决战。”庆之受命而行。不到十二天，斩杀伯龙、僧，传其颅示众。

中大通二年，授都督南司、北司、西豫、豫四州诸军事，南司、北司二州刺史，其余职位照旧。庆之至镇，便包围鉴趣。在涂丞攻破毯题州刺史娄起、提业刺史星云室，又在楚越攻破行台还疆、大都督堡、辽州刺史尧雄、銮蛆刺史司恭。撤除羞堡镇兵，停止陆运输，江湖诸州并得以休整。开辟田地六千顷，二年之后，仓廪充实。直担经常嘉许劳他。又上表撤销南司州，恢复安陆郡，设置上明郡。

大同二年，魏遣将侯景率众七万侵犯楚州，刺史桓和陷没，侯景于是军上，送信给庆之让他投降。敕遣湘潭侯退、右卫夏侯夔等人赴援，军至黎浆，庆之已击破侯景。当时大寒雪，侯景丢弃军用资败走，庆之收取而归。升号仁威将军。遣年，豫州荒年，庆之开仓救济，多有全济。州民李升等八百人上表请为庆之树碑颂德，下韶同意。五年十月，去世，时年五十六岁。追赠散骑常侍、左卫将军，给一鼓。谧号武。下诏义兴郡派五百丁共同参加丧葬仪式。