珍为前锋。大军临时驻扎在江宁，祖命令僧珍与王茂带领兵将率先登上赤鼻逻。这一天，束昏侯的将领李居士率军前来战，僧珍等从半路截击，大败敌军。于是与王茂一起军白板桥构筑营垒，营垒建成后，王茂把驻地转移到越城，僧珍仍然留守白板桥。李居士窥探到吕僧珍的兵力少，就率领兵一万人直向前来，近吕僧珍的营垒。吕僧珍对将士们说：“我们兵力少，不可轻易战；也不要远距离放箭，须等待敌兵到了我们的沟堑裹面后，再合力打败他们。”不一会儿，李居士的军队都越过了堑壕，掉栅栏，遣时，吕僧珍派人分批上城，箭石一起向敌兵发，自己则亲率骑兵、步兵三百人绕到敌人的背后，而城上守城的兵士又越城而下，内外夹击，李居士即刻溃败而逃，吕僧珍缴获的各甲不可胜数。僧珍又率据越城。东昏侯的大将王珍国把战车排列起来作为营地，背靠淮布列阵势，以作背一战。王茂等人率领各路大军攻击王珍国，僧珍又派兵用火车焚烧了敌方的营地。王珍国的军队即就土崩瓦解丁。

建康城被攻克后，祖命令吕僧珍率领属先去清理中财，他跟张弘策一起封检了府库，即日以本带南彭城太守，迁给事黄门侍郎，领虎贲中郎将。祖受禅登基后，任命吕僧珍为冠军将军、前军司，封为平固县侯，邑一千二百。不久迁给事中、右卫将军。不久，转左卫将军，加散骑常侍，在秘书省当值，统领知宿卫。天监四年冬天，梁军大举北伐，自此军中事务繁多，僧珍白天在中书省值班，晚上回到秘书省。天监五年夏天，祖又命僧珍率领勇猛的羽林军征梁城。逭一年冬天回师，以本官领太中庶。

僧珍离家日久，上表请求回乡拜墓，祖想让他荣归故里，就破例让他到本州当官，就授予他使持节、平北将军、南兖州刺史。僧珍在任上为官公正无私，以作则，不为亲戚谋取私利。他的堂兄、堂侄原先以贩葱为职业，僧珍到任后，便抛弃旧业，想在州府裹求得一官半职。僧珍对他们说：“我负皇上隆恩，祇怕无法报效国家，你们自有本分，怎可妄求非分之职，还是赶快回到葱铺去吧。”僧珍的旧宅在街市的北面，宅前是督邮的官署，乡人都劝僧珍把这个官署迁往别，以便扩大其宅院。僧珍气愤地说：“督邮是国家的衙门，自从设置以来，一直就在此地，怎么可以迁往别用以扩建我的私宅呢!”僧珍的嫁给于氏，住在市场的西面，小屋挨着大路，跟街上的商铺杂在一起，僧珍常在仪仗队的前导或后卫随从下顺路到她的住。从来不以为耻。担任州官一百多天后，征为领军将军，不久加散骑常侍，赐给鼓乐队一，像先前一样在秘书省当值。

吕僧珍立有大功，在朝廷肩负重任，所受皇上的恩遇没有人能与之相比。他情谦恭而谨慎，在禁中当值时，连盛暑也不敢解开衣襟。每当陪侍皇上，常屏气鞠躬十分恭敬，对案上的糖面果从来不敢用筷去夹。曾因喝醉以后吃了一个柑橘。祖笑着对他说：“你今天算是吃得最多了。”除了俸禄之外，祖每月又赏给他钱十万；经常还有其他的赏赐。

天监十年，僧珍病重，祖亲临问，并派宦官送医送药，一天有多次。僧珍对亲近故人说：“昔日我在蒙县时，因得病而全发黄，当时觉得一定不能康复了，主上见到我后说，‘你有富贵之相，必定不会死，很快就会自愈’，不久后果然痊愈。现在我已得富贵而又得病，全发黄，所受之苦与前次正好相同，我一定再也起不来了。”果如其言。死于领军府舍，当时五十八岁。祖即日亲临吊唁，颁诏说：“思念故人的笃终礼制，是前王所留下的好仪式；为死者追赠荣誉、爵位，历代同规。已故散骑常侍、领军将军、平固县开国侯僧珍，度弘广通达，风度奇伟、见识广博，他竭尽忠诚礼仪，对朝廷政务知无不为。与朕一起辛勤创业，从来不顾自安危。工业初建，他的功勋才得到奖赏。在廷裹与朕朝夕相，忠心耿耿。正当任宰辅之职，肩负朝廷重担之时，忽然丧命硕逝，使人满怀悲痛。应当举行盛大的葬礼，使加恩特赐的任命更加隆重。可追赠骠骑将军、开府仪同三司，常侍、鼓乐队、侯爵照样不变。赐给束园秘，朝服一，衣一袭，丧事所需要的东西，都给予置办。诺号为忠敬侯。”祖为他的去世痛惜，一说到他就伤心落泪。僧珍的长吕峻早年去世，吕峻的儿吕淡继承爵位。