集粮，祖限定日期行决战，于是命令孔奂多麦饭，用荷叶包裹麦饭，一夜之间，得几万包，军人天明时吃完，丢下多余的麦饭，因此而能决战，于足大败敌人。

祖接受禅让后，孔奂升任太中庶。永定二年，任命为晋陵太守。晋陵自从宋、齐以来，一直就是大郡，虽经过敌寇的侵扰，还是保全了富庶，前后担任郡中太守的大多行凶恶的掠夺，孔奂以清白自守，妻和都不到他任官的地方，孔奂衹用一只船来到郡中，所得的官俸，随即分送救济孤儿寡妇，郡中的人非常兴，给孔奂一个名称叫“神君”曲阿的一个富人殷绮，见孔奂的生活俭节朴素，便馈赠一件衣服，一毡被。孔奂说：“太守有优厚的俸禄，怎么会不能备办这些，但百姓生活有不足，不容我独自享受温饱呀。有劳您厚的情意，希望不要麻烦。”

起初，世祖在吴中，听说孔奂擅长政务，到登上帝位后，征召他任御史中丞，领扬州大中正。孔奂情刚直，善于掌握理，多次举发弹劾官员的过失，朝廷上人们非常敬畏他。孔奂能地通晓治理国事的本，每次陈述奏，皇上没有不说好的，各个门积滞的事务，都给孔奂判决。孔奂升任散骑常侍，领步兵校尉，任中书舍人，掌诏诰的撰写，任扬、束扬两个州的大中正。天嘉四年，重新任命为御史中丞，接着任五兵尚书，常侍、中正的职务依旧担任。当时世祖生病，尚书省各事情，都命令仆到仲举和孔奂共同决定。到世祖病重，孔奂和宗以及到仲举加上吏尚书袁枢、中书舍人刘师知等侍候医药。世祖曾经对孔奂等人说：“现在三方鼎足对峙，生民不能得到治理太平无事，天下的事务重大，应当要一个成年的君主。朕要近则效法晋成，远则尊崇殷法，你们必须遵守这个意旨。”孑L奂便泪哀叹泣着对答：“陛下饮失调而致病，不要太久就会痊愈康复，皇太年纪正当兴盛之时，圣人的品德日益提，安成王以陛下弟弟的尊严，完全可成为周旦，辅导帝王主持国政，如果陛下有废除皇太另立继承人的想法，臣等竭尽忠诚而不明事理，不敢听从诏令。”世祖说：“古代直而行的遣风，又在你上看到了。”天康元年，便任用孔奂为太詹事，两个州中正的职务依旧担任。

世祖崩，废帝登位，任命为散骑常侍、国祭酒。光大二年，调朝廷任信武将军、南中郎尘乐侯长史、寻太守，理江州政事。宗登位，加封号仁威将军、云麾始兴王长史，其余职务都依旧担任。孔奂在任职中清廉俭约，许多政务有所改正，宗赏识他，赐给米五百斛，并且多次下达诏令心意厚地给予劳问候。太建三年，征召到朝廷任度支尚书，领右军将军。太建五年，改为领太中庶，和左仆徐陵共同参与掌尚书五条事。太建六年，升任吏尚书。基建七年，加官散骑常侍。太建八年，改为加官侍中。当时有事往北行征讨，用武力征服淮、回，途、逸等地方首领，投降归附的接连不断，分封赏赐选任用的工作，杂重叠，孔奂应接推荐，门前没有停留的宾客。加以明识人，熟悉众多的氏族，凡是孔奂甄别而荐举使用的人才，士大夫们没有不喜悦佩服的。

王鱼情耿直，拒绝私相嘱托，虽有皇储份的尊严，公侯地位的显贵，涉及到情沉湎其中的事，终究不为份地位尊严显贵的人所屈服。垣玺王陈叔陵在周业时，屡次婉言请托担任有关职务的官员，持请求任宰相重臣。孔奂说：“台辅三公的职务，本来依据德标准选择任用，未必就是皇室宗支。”因此声对宗表明。直说：“蛆璺王怎么希望任宰相，况且朕的儿担任宰相，必须在鄱王担任此职之后。”壬堕说：“臣的看法，也如同圣上的旨意。”{鲈当时在东，想任用江总为太詹事，命令记陆逾告诉壬L兔造件事。王乙对陆逾说：“丝塑有、坠机的文采，然而没有东园公、绮里垂的德行，辅正太，我私下认为有困难。”陆逾把王速的话告诉厘圭，篮王以为恨，于是自己在直跟前说明。直将要同意造件事，孔奂便言说：“辽缠衹是文章华丽的人，现在皇太文华并不缺少，难要藉助于江总!照臣愚拙的看法，希望选用敦厚稳重的人才，用他担任辅佐引导的职责。”宗说：“就照您说的，谁适合担任这个职务？”孔奂说：“都官尚书王廓，世代有德，心敦厚聪慧，可以担任这个职务。”后主当时也在旁边，于是说：“王廓是王泰的儿，不可以担任太詹事。”孔奂又言说：“宋朝范就是范泰的儿，也担任太詹事，前代用人不疑。”后主持争辩这件事，宗最终任用江总为太詹事，孔奂因此违背了皇帝的意旨。他的耿直就像这样。

起初，后主想任用他私心信的人官，因而嘱托孔奂，孑乙奂不听从。到右仆陆缮升职时，宗想任用孔奂为右仆，已经草拟完诏书，被后主所阻止，便不执行。太建九年，升任侍中、中书令、领左骁骑将军、扬束扬丰三个州的大中正。太建十一年，转任太常卿，侍中、中正的职务依旧担任。太建十四年，升任散骑常侍、金紫光禄大夫，领前军将军，尚未就任，改为领弘范卫尉。至德元年去世，当时年纪七十岁。赠给散骑常侍的官衔，本来的官衔依旧保存。有著作集十五卷，弹文四卷。

孔奂有儿绍薪、绍忠。孔绍忠字孝扬，也有才能学问，官到太洗、仪同鄱王东曹掾。