吴兴，贼徒闻风逃走，驱赶士民百姓，逃到山。被诸妖众践踏的家中，妇女受害尤甚，凡是没有跟他们走的，就把她的婴儿盛妆打扮投中，并且说：“祝贺你先登上仙堂，我不久就会来找你的。”贼寇被驱赶走散之后，各地城邑房屋都被焚毁，只是在城外偶尔能见到人迹，过了一个多月才渐渐有人回来。谢琰屯兵留守乌程，派他的将素协助刘牢之。刘牢之率领众军渡过长江。起初，孙恩听说八郡的人都响应他，就对他属下的官员说：“天下从此不会再有什么事了，我当与各位穿上朝服而建业城。”后来听说刘牢之的军队到达长江，又对他们说：“我割据浙江，也不失为又一个勾践。”不久得知刘牢之已经渡江，他就说：“我并不以逃跑为耻。”于是就逃走了。孙恩逃跑时令人沿路丢弃许多珍宝财，刘牢之的将士见了就争着拾取，不能穷追贼军。

孙恩再次逃到了海上。起初，三吴之地困于贼寇肆作，都翘首盼望刘牢之、素等人的军队到来。他们的军队来到之后，同样放肆地抢掠施暴，百姓都大失所望，无不怨恨其荼毒。孙恩逃到海上，其下又辗转跟从于他。于是他率众攻破永嘉、临海，再次山。谢琰迎战亡。于是建业大为震惊，派冠军将军、东海太守桓不才，辅国将军孙无终，广陵相雅之等人向东征讨孙恩。吴兴太守庾恒惧怕妖党再次兴起，就大行诛戮，杀死男女数千人。孙恩又在余姚打败了雅之，雅之败逃回到山。司元显在建业自封为后将军、开府仪同三司、都督十六州，原任的官职全都照旧；授予他的儿司彦章为东海王，邑吴兴四万余，心挑选文章博学之士作为臣僚，文武官员的设置如同一个小朝廷。孙恩渡海而来很快就到达京，拥有战士十万人，刘牢之在山阻截，众军畏惧不敢同他周旋，孙恩于是径直向建业前。司德宗惶恐惊骇，立即征召豫州刺史司尚之。当时建业内外一片惊惧混，但司元显却设置盛大酒宴，司则只是每天在钟山祈祷神明。孙恩之众渐渐近，城中百姓惊恐万分。司尚之率领锐骑兵迅速赶到，直接屯兵在积弩堂。孙恩当时碰到逆风，不能快速行，走了几天才到达白石。孙恩原以为司氏诸军分散，想要乘其不备行偷袭，但他听说司尚之还在建业，又听说刘牢之的军队没有退走，不敢上前攻击，就向郁州方向前。孙恩的别帅卢循攻陷广陵，大肆掳掠而去。

桓玄听说孙恩众近建业，就在军前树起大旗，采取措施严密防备，一面给朝廷上表请求发兵征讨。当时孙恩离建业并不远，桓玄请战的表章又送到了，司元显等人大为惊惧，急忙派人去制止桓玄。庾楷暗地里差遣使者私自与元显勾结，说桓玄已经大失人心，下都不愿替他卖力，如果朝廷派兵征伐桓玄，自己愿意充当内应。司元显见到庾楷的书信大喜，就派张法顺前往与刘牢之谋划，刘牢之答应这样。于是司元显就征集兵，装舰船，准备向西征讨桓玄。司德宗改年号为元兴(402)，任命司元显为大都督，率兵征讨桓玄。及至桓玄军到，司元显不战而败，父二人都被桓玄所杀。司德宗旋即又改年号为大亨。

魏天兴六年(403)，司德宗派遣使者来朝朝贡。

司德宗封桓玄为楚王，桓玄不久就胁迫司德宗亲自写下诏书禅位。司德宗居永安。桓玄受禅即位之后，封司德宗为南康平固县王，令他居住在寻。天赐元年(404)，司德宗在姑熟，二月，他到达寻。司德宗的彭城内史刘裕杀了桓玄的徐州刺史桓。。，与刘毅等人发兵讨伐桓玄。桓玄失败逃往寻，又裹挟司德宗兄弟奔往江陵，接着又到了荆州。荆州别驾王康产、南郡相王腾之迎接司德宗南郡府舍。桓玄不久被杀。桓玄将桓振又来袭击江陵，杀了王康产和王腾之。他还准备杀死司德宗，桓玄的扬州刺史、新安王桓谦苦苦劝阻，才没有下手。

当时孙恩的旧卢循捉拿了司德宗的广州刺史吴隐之，自号平南将军、广州刺史，令他的同党徐覆占据始兴，其余各郡都安排他的亲信党羽把持。

司德宗在江陵再次即位，改年号为义熙(405)。尚书陶夔前往迎接司德宗，到达板桥的时候，突然刮起大风，龙舟沉没在里，死亡十余人。司德宗从江陵发到了寻，他的益州刺史璩、参军谯纵反叛，攻涪城，并占领了它，于是就凭借益州反叛司德宗。司德宗又从姑熟发，回到了建业。这一年六月，太祖派军攻击司德宗所属鹿太守贺申，贺申举城投降。

永兴二年(410)，卢循又在岭南东山再起，在石城杀了司德宗所属江州刺史何无忌。众人都想让司德宗向北走，后来得知卢循并没有到来，才安定下来。刘裕令抚军刘毅率兵讨伐卢循，被卢循在桑落洲打败，弃步行而还。刘裕的亲信孟昶、诸葛长民等人劝刘裕拥司德宗过长江，刘裕不听。

神瑞二年(415)，司德宗派广武将军玄文、石齐前来朝贡。泰常初年(416)，刘裕发兵征讨姚泓。二年，太宗派长孙生、娥清在石河打败刘裕的将朱超石，生擒骑将杨丰，斩首一千七百余级。