之，因崔浩事发牵连被诛，郭祚逃亡在外，得以免死。郭祚少时孤贫，其貌不扬，乡人没人认识他。有名女巫给他看相说日后当富贵。郭祚博涉经史，习崔浩之书，尺牍文章见称于世。刚成年，任州主簿，刺史孙小任他为书记。又太原王希，是徐逸妻的侄儿，与他互相照应，二人得以名。

祖初年，郭祚被举为秀才，对策上第，朝廷拜授他为中书博士，转任中书侍郎，迁任尚书左丞，长兼给事黄门侍郎。郭祚对公事清正勤勉，日夜不懈，祖很是欣赏他。跟从祖南征，还朝之后，转任正黄门。皇帝车驾幸临长安，行经渭桥，经过郭淮庙，帝问郭祚说：“这是卿的祖庙？”郭祚说：“这是臣七世伯祖。”祖说：“先贤后哲，尽一门。”郭祚回答说：“过去臣先人以通儒英博，只事魏文，微臣虚薄，得奉明圣，自思十分幸运。”皇帝下诏以太牢祭祀祖庙，让郭祚自写祭文。帝又因郭祚辅赞迁都洛的功劳，赐给他东光爵位。祖曾经幸临华林园，观看旧的景山，郭祚说：“山以仁静，以智，愿陛下好自修之。”祖说：“魏明帝因奢失于前，朕我为什么步其后尘？”郭祚说：“山仰止。”祖说：“这是不是指行影从？”迁官散骑常侍，仍然领黄门职。当时，祖锐意典礼，兼考检群官，又加上迁都洛，百业草创，征战不息，内政外务，十分繁杂。郭祚与黄门宋弁参与谋划。其才能，各有委任。郭祚负责承禀注疏之类文字工作，特别勤勉。皇帝曾因立冯昭仪，百官晚上在清微后园饮宴的机会，祖举杯酒赐给郭祚以及崔光说：“郭祚忧劳众事，忠心于朕；崔光温良博，为朝中隽秀。朕不劝这两个人的酒，那该劝谁的呢？”二人被皇帝是如此看重。

当初，祖任命李彪为散骑常侍，郭祚因见皇帝，祖对郭祚说：“朕昨天误授一个人的官职。”郭祚回答说：“陛下您圣镜照临，论才授职，官员退与否，黜升幽明，品既彰，人有序，何至于容圣诏颁行而有差异。”祖沉说：“这应该有推让，如李彪推让，朕就打算另给他授一官职。”不一会，李彪启说：“伯石辞卿，产所恶，臣想要这个官职已经很久，不打算辞让。”祖叹着气对郭祚说：“你的忠谏，李彪的咄咄正辞，使朕迟疑不能决定。”于是不换李彪的官职。皇帝乘舆南讨，郭祚以兼侍中职跟从皇帝，又被拜为尚书，晋爵为伯。祖逝世，咸王元禧等人启奏郭祚兼任吏尚书，不久除任长兼吏尚书、并州大中正。

魏世宗下诏因吏逃刑，决定把他们放到边疆，如若他们永避不，兄弟代受刑罚。郭祚启奏说：“慎狱审刑，昭先古；垂章设禁，义纂惟今。所以先王循人情理，为之立法，故而八刑罚备于昔典，查之律彰于来制，都是照所犯罪行，量刑定罪，这是为了敦风厉俗，永为世范。臣考虑皇旨博远，理绝近情，为臣既有愚蠢的不同看法，不容不讲述来。的确，败坏法律的源，是由于吏作怪，吏份虽微，败坏法律的行为实在很厉害。臣寻思皇诏之旨，的确是为了断其遁逃之路，治理要决，确实在此。然而法贵止，不在过于严酷，制定法律，还可为后世范式。假如法律太猛而诈不息，禁止罪过而法不能传，那拿什么载于刑书，垂示百代？如果因吏逃窜，兄弟罪，罪人的妻儿又应随之定罪，这就会是一人之罪，祸殃二家。愚臣认为罪人既逃，就当让妻儿连罪，逃走的人，悬名永，过失永不赦免，这样之途自然住了。”帝下诏从之。

不久，郭祚转正吏。郭祚立洁清廉，珍惜重视官位，至于授予官职，如果得到一人，必定会考虑很久，然后才行下笔，下笔就说：“此人从此就走上显贵之途了。”由于这，办事速度颇慢，当时很是招了些怨愤。但是他所选录用的，都量才称职，当时人们又因此称赞他。

任使持节、镇北将军、瀛州刺史。等太极殿建成，郭祚到京师朝拜，转任镇东将军、青州刺史。郭祚任地方官职时，逢上收成不好，全境饥荒，他伤惜优抚百姓，多有赈济，虽然他理事务不快，很是烦缓，但是当地人民到今天还怀念他的恩泽。朝为侍中、金紫光禄大夫、并州大中正，迁任尚书右仆。当时朝廷正在议定新律，帝诏让郭祚与侍中、黄门参议勘正。旧例，令、仆、中丞时引骑卒传呼开而门，直到。等到郭祚任仆，认为这不是尽敬皇上的行为，就跟世宗提了来，帝接受了他的意见，下诏说：“皇御在太极殿，臣上朝传呼开止于止车门；皇御在朝堂，止于司门。”传呼开不，由此开始。帝诏郭祚以本官领太少卿。郭祚曾跟从世宗幸临东，肃宗幼弱，郭祚怀揣一黄瓜奉肃宗。当时应诏皇帝左右赵桃弓与御史中尉王显互相援引，受世宗幸，郭私下里结他们。当时人毁谤他的，称他为桃弓仆、黄瓜少师。