，但苍天仍无应，这是朕诚心未至所导致的。”王肃说：“为臣听说圣人与凡人相同的是官，不同的是神明智慧。过去姑之神，不五谷，臣常说那是矫妄之辞。今日见到陛下，才知此话不假。况且陛下停膳以来，如若上天全无应许，臣也可说上天无知，陛下无。昨天之前，外已下雨，京城也是密云四布，臣即说苍天有知，陛下也有应了。”祖派舍人回答说：“昨天内外贵贱都说四郊有雨，朕担心这些人说的都是宽解朕的话，三覆之慎，必须使之信而有征。应当派人查看，假如果然下雨了，便命厨官欣然膳。怎么能让近郊以内还要天慷慨呢？如果没有此事，就是朕不能天，安用朕以劳扰百姓！朕今志确然已定，死而后已。”这天夜里大雨滂沱。

王肃以破萧鸾将裴叔业的功劳，号为镇南将军，加授都督豫、南兖、东荆、东豫四州诸军，封汝县开国，邑三百，持节、中正、刺史官职依旧。王肃频频上表推辞，帝不许，下诏加鼓一。太和二十二年(498)，平定汉之后，帝下诏王肃说：“大凡知己贵义，君臣务恩，而不能消灾灭祸，恩义何指？卿情同伍员，怀大恨归附于朕，然而却不能除一仇人，杀彼凶帅，何尝不兴言愤叹，羡吴闾而长叹息。前获萧鸾辅国将军黄瑶起，朕乃知是卿的仇人。朕很快将他付给卿，希望能稍仇恨，使朕当初见卿时的愁云，稍能释怀。”当初，萧赜收捕王肃父亲王奂，司黄瑶起攻奂杀之，所以帝下诏如是说。

魏祖讨伐淮北，令王肃讨征义，没等克城，萧鸾便派将裴叔业侵犯涡。刘藻等救之，被裴叔业打败。王肃上表请求另派军援救涡。帝下诏说：“得表，看完后内心黯然，朕观卿意不是专在，当是因刘锐等兵新败于前，事往势难的缘故。朕如分兵，派的不多，则会无所制，多派则禁旅难阙。今天的计策，只有当作必克之举，不可为迟疑之师，以免白白失却南兖一州。卿便息意停彼，以图义之寇。宜止则止，还取义；宜下则下，镇军淮北。卿当察两举措，不要导致双重失误。如若孟表粮尽，军队来不及到那里，以致丢失涡，是卿你的过失。”王肃于是解除义之围，率军奔赴涡，裴叔业于是引师退去。王肃因刘藻等战败，黜为平南将军，中正、刺史官职仍旧。

祖去世，遗诏任王肃为尚书令，与咸王元禧等同为宰辅，征召王肃在鲁会驾。王肃到后，便与元禧等一同参与谋略。从鲁至于京洛，路上丧制之事，朝廷委王肃参与理，他忧勤密密，谨慎安排，有过旧戚。元禧兄弟都与他亲近而且敬重他，上下称为和睦。只有任城王元澄觉得王肃被启用于边远之地，一旦他位自己之上，觉得很有缺憾。每每对人说：“朝廷把王肃安排在我上面还可以，而从叔广，是宗室尊宿，历职内外，为什么忽然间让王肃位居其右呢？”王肃听说这话，决不就职以避嫌隙。不久被元澄奏劾，称王肃谋反，这话不久就被申释化解。帝诏王肃与陈留长公主成亲，本是让他与刘昶的媳妇彭城公主成亲的，帝赐钱二十万、帛三千匹。王肃启奏说：“考课是为检查才能，升职是由政绩显著，提升明达退却。。弱，就在这里。自从百官旷缺考察，到今已经四年，臣请求依照旧式考检群官能否胜任。”皇帝接受了这个意见。

裴叔业以寿内附朝廷，朝廷拜授王肃为使持节、都督江西诸军事、车骑将军，与骠骑大将军、彭城王元勰率领骑步兵十万人奔赴寿。萧宝卷的豫州刺史萧懿率众三万人屯驻小岘，州刺史李叔献屯军合，准备图取寿。萧懿派将胡松、李居士等领兵万余屯驻死虎。王肃挥师打击，大破敌军，擒拿其将桥珉等人，斩首数千。讨合，生擒叔献，萧懿放弃小岘南逃。王肃还归京城，世宗亲临东堂引见劳王肃，帝又问：“江左有什么消息？”王肃说：“听说崔慧景已死。萧宝卷所凭仗的，非邪即佞。老天爷殆以此资陛下，平定江南的日期，将会不远。”帝以王肃淮南屡屡获捷，赏赐缣帛四千七百五十匹，位开府仪同三司、封昌国县开国侯，邑八百，其余官职照旧。不久以王肃为散骑常侍、都督淮南诸军事，扬州刺史、持节，余官照旧。