。迁任内秘书令、南给事中。

过去没有三长设置，只是设立宗主督护负责籍事务，所以老百姓大多隐瞒籍真实情况，五十、三十家才为一。李冲觉得用三正治理百姓，历史已很久远，于是创立三长制度呈奉皇上。文明太后看后觉得很好，召集公卿大臣讨论这件事。中书令郑羲、秘书令。。等人说：“李冲请求设立三长，本意是求混同天下为一法。他这个建议理论上可以实行，实际上很难到。”郑羲又说：“不相信为臣的说法，但试行之，事败之后，当知愚言的真实。”太尉元丕说：“我认为这个办法如果施行，对于公私都有益。”大家都说当今有事之月，查籍，新旧未分，老百姓必定劳怨，请求过了今年秋天，到冬天闲暇的时候，慢慢派人办此事，更合适些。李冲说：“民者，冥昏也，可让他们什么事，但不可让他们知为什么这样的事。如不适时而行此事，老百姓徒然知立长校的勤密，没有见到平均徭役、省却赋税的好，心中必定会生怨愤。我们正应该在课调之月，让百姓知赋税平均的好。老百姓既已认识此事，又得到了好，也就想要立三长了，我们起来也容易多了。”著作郎傅思益言说：“民间习俗不同，难易也不一致，设立九品差调百姓，施行已久，一旦改法，臣担心会造成恐慌混。”太后说：“设立三长，则课税便有经常的标准，赋税有经常分别，隐藏的籍就会来，心存侥幸的人也就不存在了，怎么说不行呢？”大家讨论的意见虽有不同，但都认为变法是很艰难的，便更无异议了。于是设立三长，公私都觉得很便利。

迁任中书令，加授散骑常侍，给事中官职仍旧。不久又转任南尚书，赐给爵位顺侯。李冲被文明太后所幸，恩遇日隆一日，赏赐的东西每月达数千万，晋爵陇西公，李冲秘密来珍宝御用品以充实其府第，外面没有一人知。李冲家一向清贫，从此以后便成为富室。然而以谦逊为怀，积聚之后也能施散，近至姻亲新故，远到乡亲里友，没有人不受过他的赠予。李冲虚己接，常念贫寒，衰老之人、旧敝之友、沉沦屈枉之人都可在他那受到良好的待遇，人们纷至沓来。舆论也以此称赞他。

当初，李冲的哥哥李佐与河南太守来崇同从凉州魏国，二人一向就有间隙隔阂。李佐因此构陷来崇犯罪，致使他饿死狱中。后来来崇的儿又纠奏李佐受收贿赂的罪过，李佐及李冲等人都因此被投监狱，碰到朝廷大赦，才得免罪狱，李佐怀恨在心。到了李冲贵时，综摄内外，来护任南郎，担心被李冲陷害，常常请求退避，而李冲则每每安他。来护后来犯了贿赂罪，心想这下肯定完了。李冲于是上表诉说与他的往及不和，乞求皇上原谅他的过失，于是来护免于刑罚。李冲的外甥始孙孤独贫困，李冲家中，宛如他的儿侄们。有人想求官，因此送了些给李冲，始孙便接受下来而且不向李冲说。后来始孙声称有事，借李冲此，骑之后，的主人见到始孙乘坐此而自己却没得到官职，大为愤怒，后来始孙才说事情真相。李冲听说，大为惊讶，抓起始孙，备表上奏，始孙因此被死。李冲要地，严守节挥，不念恶，就如上面所述。

当时遵照旧俗，王公重臣都叫他的名字，魏祖常叫李冲为中书，始终不直呼其名。文明太后逝世后，祖服丧，引见接待李冲，礼遇有加。等到朝廷商议礼仪律令，饰辞意，改定字句，祖虽然亲自下笔，但是总是与李冲一起商量。李冲竭尽忠诚侍奉圣上，知无不尽，勤勉，形于颜，虽是旧臣戚辅，没人能赶得上他，大家无人不佩服他的决断慎密，全都归心于他。从此以后，天下太平，异域之人，听说他的情况，也都很佩服惊奇。魏祖也更加地相信依靠他，更加亲近尊重他，君臣之间，情义无间。等到改置百司，开建五等爵制，祖请李冲参与制定典制法式，封他为荥郡开国侯，邑达八百，拜授廷尉卿。不久又迁任侍中、吏尚书、咸王老师。东建成之后，朝廷拜授他为太少傅。魏祖初依《周礼》，置立夫、嫔，让李冲的女儿为夫人。

皇帝下诏说：“过去轩皇统领天下，始立建造室之制；经历三代，兴起观法式。但茅门土阶，昭德于上代；层台广厦，崇威于中世。这实际是由于文饰质朴的制度风俗因时不同，华朴素不同礼制的缘故。所以周代立国，在东都营造明堂；汉祖始兴，在咸、镐京建造未央。这都是为了使皇威尊崇，帝德隆盛，哪里说得上是好奢恶俭，以使民力凋弊呢？我皇运承天，以协天地，锐意安定四方，没来得及建造室，因此皇室建制，颇与国威不符。魏太祖刚刚登基，虽然室有了大致模样，从那以后，又多有营建改造。但到了三元庆典，万国使者都来我，观瞻的人，都有缺憾。朕虽不才，也承皇绪，适逢休明之期，事逢昌盛之运，应该照远古法度，营造皇室宇。指训规模，事昭于平日；明堂、太庙，已在昔年建成。又凭借往年的好年成，依仗民情的安逸，准备在今年天营造改修正殿。朕这一举措违犯时令，实行起来心惊胆颤。但是北方天气寒冷，事不同南方，如果不是在天动工，营造经夏，那么殿建造，便无法完工。成功地办成一件事，非得委任贤才不可；改制规模，不任用能人无法到。尚书李冲识怀渊大广博，经治营度明达远，可为将作大臣；司空、长乐公元亮，可与他共治此事。至于去故崇新之事，修复太极之制，朕当另行委派。”