加授建武将军。

后来帝下诏让允与司徒崔浩编撰《国记》，以本官领著作郎。当时崔浩召集众多术士，考校汉代以来的日月薄蚀、五星行度，并识别前史的误失，另撰魏历，拿给允看。允说：“天文历数不可凭空而论。大凡善言远古的必定验于近世。况且汉代元年(前206)冬十月份，五星聚于东井，这本是历术之浅。而今讥讽汉史，而不觉得这是错误的，恐怕后人讥今就像今天我们讥古一样，闹笑话。”崔浩说：“你所说的谬妄指的是什么？”允说：“我查《星传》，金两星常常附日而行。冬季十月，太在尾箕，昏没于申南，而东井却于寅北。这两星是什么原因背日而行？这乃是史官想神化汉祖受命之事，不再推之于理的结果。”崔浩说：“想要变化什么地方不行，你独不怀疑三星之聚，却怪二星之来，是什么理？”允说：“这不能够空言相争，应加审查才行。”当时在座的人都很奇怪，只有东少傅游雅说：“君擅长历数，应当不虚妄。”过了一年多，崔浩对允说：“先前你所说的，不能使我心服服，等到我重新考察一番，果然如你所说，五星以前三月聚于东井，而不是在十月份。”又对游雅说：“允之术，犹如元的箭技艺。”众人全都叹佩服他。允虽然于历数，当初却藏之于怀，也不论说，只有游雅屡屡以灾异求教于他。允说：“过去的人说，知之甚难，既已知又怕漏，所以知不如不知。天下奇妙的理甚多，为什么偏偏要问这个。”游雅于是作罢。

不久允以本官任秦王元翰师傅。后又命他教授魏恭宗经书，受到了很好的礼遇。帝又诏允与侍郎公孙质、李虚、胡方回一同议定律令。魏世祖召允一起讨论刑政，允的言论很得世宗赏识。帝问允说：“政事千万绪，什么是第一位的？”当时，魏朝多禁封良田，又京城中游民很多。允因此说：“臣少时微贱，所了解的只有田耕之事，请让臣说一说农事。古人说：一里方圆的范围可以辟田三顷七十亩，百里方圆则有田三万七千顷。如果农人勤耕，则每亩可增粮三斗，不勤则损失三斗。方圆百里增加减少的数量，合计有粮二百二十二万斛，何况天下如此之广呢？如若公私都有粮储备，即使遇上荒年，那又有什么可忧虑的呢？”世祖很欣赏他的说法。于是废除田禁，全把它们给老百姓。

当初，崔浩推荐冀、定、相、幽、并五州之士数十人，每人都当郡守。恭宗对崔浩说：“先召的人，也是州郡官职的人选，在职已久，勤劳政事未见酬答。现今可先补前番征召的人为郡县守令，以新召的人代为郎吏。而且太守县令治理百姓，应该派那些有经验的人。”崔浩决不让步，固执地派了那些新征召的人。允听说此事，对东博士恬说：“崔公要遭殃了！持自己的错误，而要与皇上争个低，这哪会有什么好结果。”

辽东公翟黑得到魏世祖的信，使并州，得到了千匹绢帛的贿赂，不久事发。黑讨教于允说：“主上问我，是汇报真实情况还是说假话？”允说：“公是皇上臣，回答时可据实以报，你又可自表忠诚，必然会没什么事的。”中书侍郎崔览、公孙质等人都说自首后罪不可测，应该说假话。黑以崔览等人为知己，反而对允发脾气说：“你的说法，是引诱我去死，那太不值得了！”于是与允断。黑在皇帝面前说了假话，终被世祖疏远，最终获罪被杀。

当时，著作令史闵湛、郄。。情巧邪佞，被崔浩所信任。见到崔浩所注释的《诗》、《论语》、《尚书》、《易》，便上疏，说、郑、王、贾虽然注述《六经》，都多有疏漏谬妄，不如崔浩的到细微。请求皇帝收集国内诸书，藏于秘书府中。颁发崔浩所注述的，命天下学学习。并请求皇帝下诏让崔浩注释《礼传》，让后生能够看到正的经义。崔浩也上表推荐说闵湛有著述的才能。接着闵湛等劝崔浩刊印自己所撰的国史，以图不朽，想要彰明崔浩执笔之绩。允听说，对著作郎宗钦说：“闵湛的所作所为，一不小心，我担心它日后会成为崔门的万世灾祸。这样我们这些曾经参与其事的人都要大祸临了。”不久，灾难就降临了。

当初，崔浩被收捕，允在中书省值班。恭宗让东侍郎吴延召来允，让他留宿内。第二天，恭宗廷奏启魏世祖，命允随行。到门前，恭宗对允说：“去见皇上，我随你去。假如皇上有什么话问你，你就依我告诉你的应答。”允说：“这是为的什么事呢？”恭宗说：“去你就知了。”就去见皇帝。恭宗说：“中书侍郎允自在臣中，臣与他相多年，允小心谨慎，臣很了解他。允虽然与崔浩同事，但他份微贱，只有听命于崔浩。臣请求宽恕他的命。”世祖召见允，对他说：“《国书》都是崔浩所写的吗？”允回答说：“《太祖记》，前著作郎邓渊所写。《先帝记》以及《今记》，为臣与崔浩一同写作。但是崔浩政事太多，只是总裁修订而已。至于注疏，为臣所作多于崔浩。”世祖大怒说：“这比崔浩的罪行还严重，怎能留给生路！”恭宗说：“天威严重，允是小臣，一时间迷失次。臣先前问他，他说都是崔浩写的。”世祖问：“真像东太说的那样？”允说：“为臣才薄，谬参著作，犯天威，罪应灭族，今天已到临死了，决不敢虚妄。殿下因为臣为他讲书时间很长，哀怜为臣，为臣求命。如皇上不问臣，臣便没有这番话。既问了，臣如实对答，不敢丝毫迷。”魏世祖对恭宗说：“正直，这也是人情所难，而你能临死不移，这就更难了！而且以实对君，真是忠贞的臣。像你刚才这一番话，朕宁愿漏一有罪的人，也应该宽恕你。”允竟得免罪。于是召崔浩到皇帝面前，让人诘问他。崔浩惶恐恍惚不能应答。允事事申明，有条有理。当时世祖愤怒至极，命令允拟诏书，自崔浩以下、僮仆吏卒以上一百二十八人全夷灭九族。允表示怀疑而不拟诏，帝频频办。允请求再见一次皇上，然后再拟诏书。帝让他去了，允说：“崔浩所犯，如还有别的罪，臣不清楚。如只是这一项罪行，还不至于被杀。”世祖震怒，下令武士绑了他。恭宗又拜请。世祖说：“如果没有这人招惹我，就该有数千人死了。”崔浩最终还是被灭了五族，其余的人都仅以死。宗钦临刑时说：“允大概是圣人吧！”