中，征调一人为官府差役，服役四年，供政府和官员差遣。十九日，在首都实行特赦。十一月二十六日，恢复前汝王元天赐之孙元景和的汝王封爵，改封京兆王元太兴为西河王。闰十一月二十七日，右将军元隆大破汾州的叛胡人。闰十二月六日，因西北地区的州郡发生大旱，收成不好，孝文帝派侍臣前去巡视，开仓放粮，救济百姓。七日，解除不许民间私造私贩盐的禁令，与百姓共享制造、贩卖盐的利。八日，孝文帝把皇太元恂贬为平民；九日，孝文帝祭拜祖庙，向祖先禀告这一决定。十日，设置常平粮仓。恒州刺史穆泰等人在本州谋反，孝文帝派代理吏尚书、任城王元澄，前往恒州审判定罪。乐陵王元思誉明知穆泰的谋，却没有向朝廷举报，被削去爵位贬为平民。

太和二十一年(497)，正月八日，孝文帝立皇元恪为皇太，赐给天下瞻养父亲的人爵位一级。十一日，孝文帝派兼职侍中张彝、崔光，兼职散骑常侍刘藻，到各地巡视，调查民间疾苦，依照政绩的优劣提升和罢免地方长官，移风易俗，宣扬儒家教化。十七日，孝文帝前往北方巡视。二月五日，孝文帝在太原停留，亲自接见年长者，询问民间疾苦。八日，孝文帝下诏，凡并州的士族弟，年纪在六十岁以上的，授予名誉郡守的官衔。先前，定州人王金钩妖言惑众，自称应王。二月九日，王金钩被所在州郡捕获斩首。十六日，孝文帝抵达旧都平城。十七日，祭拜永固陵。二十六日，孝文帝前往云中郡。三月三日，孝文帝自云中返回洛。四日，祭拜金陵。八日，孝文帝前往南方巡视。二十二日，孝文帝在离石暂停。叛的胡人投降认罪，孝文帝下诏赦免。二十七日，孝文帝下诏，凡汾州百姓年龄在百岁以上的，授予名誉县令的官衔；九十岁以上的，赐给爵位三级；八十岁以上的，赐给爵位二级；七十岁以上的，赐给爵位一级。二十九日，孝文帝在平停留，派专使用太牢的隆重礼仪祭祀尧帝。

夏，四月四日，孝文帝抵达龙门，派专使用太牢之礼祭祀大禹。七日，孝文帝前往蒲坂，派专使用太牢之礼祭祀舜帝。十二日，孝文帝下诏整修尧、舜、禹的庙。十五日，孝文帝前往长安。十六日，武兴王杨集始朝觐见。十九日，孝文帝亲自接见年长者，询问民间疾苦。二十日，孝文帝派遣侍臣分别前往各县巡视，向百姓赏赐谷、布帛。二十二日，孝文帝驾临未央殿、阿房遗址，又前往昆明池。二十七日，大将军、宋王刘昶逝世。三十日，孝文帝派使者用太牢之礼，祭奠汉代诸位皇帝的陵墓。五月一日，卫大国派使臣朝觐见。三日，孝文帝自长安东返洛，乘船从渭黄河。四日，孝文帝下诏，凡雍州士族弟，年纪在百岁以上的，授予华郡太守的名誉职位；九十岁以上的，授予荒郡太守的名誉职位；八十岁以上的，授予华县县令的名誉职位；七十岁以上的，授予荒县县令的名誉职位；庶族老人，比照士族老人的赏赐规格，年龄层次递减一等，七十岁以上的，赐给爵位三级；驾船的民夫，赐给爵位一级；孤儿、寡妇、鳏夫、贫困者、残疾人，各赐给布帛二匹、谷五斛；有孝悌德义品德、文学政治才的人，均可向朝廷推荐。六日，孝文帝派使者到丰邑、镐邑，以太牢之礼祭祀周文王、周武王。十七日，孝文帝派使者祭祀华山。六月五日，孝文帝自长安返回洛。七日，孝文帝下诏，从冀、定、瀛、相、济五州调集二十万大军，准备南下攻南齐。八日，司空穆亮辞职。十二日，孝文帝将调集的二十万队分成六个方面军，指定战斗序列，分作战任务。

秋，七月九日，孝文帝立昭仪冯为皇后。戊辰日，任命前任司空穆亮为征北大将军、开府仪同三司、冀州刺史。二十九日，孝文帝在清徽堂亲自向大臣们讲解丧葬及服丧的礼仪制度。八月一日，孝文帝颁布中外戒严令。七日，孝文帝封皇元愉为京兆王，元怿为清河王，元怀为广平王。十七日，孝文帝前往河南城。十九日，在华林园举行阅兵式。二十五日，孝文帝统率大军南征。九月十二日，孝文帝下诏说：“同情、救济穷人和老人，是君主的首要任务，鳏夫、寡妇及患疾病者，尤其值得怜悯。可向司州洛的百姓宣布，凡年纪在七十岁以上而没有孙的，在六十岁以上而没有服丧一年的亲属的，家境贫困无法生存的，都赐给衣；年纪不满六十而有残疾、疾病缠的人，如无服丧九个月的亲属，且生活贫困无力医治疾病，一律由别坊派医生救治护理。调派医师四名，准备好各药，专门负责这类人的治疗。”十三日，孝文帝下诏，命河南尹李崇率军讨伐在梁州叛的羌族人，接受征西将军源怀的指挥。十七日，孝文帝留下几位将领攻打赭，亲率大军继续南下。十九日，到达宛城，发动夜袭，攻占宛城外城。二十三日，孝文帝率领大军从南发，留下太尉咸王元禧、前将军元英继续围攻宛城。二十五日，孝文帝率大军抵达新野。

冬，十月三日，魏军围攻新野，但没有攻克，孝文帝命左军和右军筑起长堤，将新野城四面包围。十六日，孝文帝将死去的贞皇后林氏贬为平民。十一月十一日，南齐前军将军韩秀方、弋太守王副之、后军将军赵祖悦等十五位将领投降北魏。十四日，魏军在沔北岸大破南齐军，擒获王伏保等南齐将领。于是当地百姓恢复日常生活秩序，孝文帝下诏给当地百姓，凡年纪在九十岁以上的老人，授予名誉郡守官衔；六十五岁以上的老人，授予名誉县令官衔。新野人张睹，聚众一万多，构筑营寨、工事，顽抵抗魏军，魏军一时无法攻克。十二月七日，魏军攻破张睹营寨，杀死、俘虏一万多人。十四日，孝文帝下诏，凡被判放的囚犯，一律暂缓执行，在攻城的时候，让他们充当先锋，将功补罪。十七日，孝文帝抵达沔岸边，沿沔东归。二十五日，返回新野。二十六日，孝文帝亲临前沿阵地，劳六军将士。南齐将领王昙纷等率领一万多人，攻北魏南青州的黄郭戍，守将崔僧渊击败南齐军，将攻的南齐军全俘虏。孝文帝将齐郡王的儿元琛，过继给河间王元若为。昌国派使臣朝觐见。

太和二十二年(498)，正月初一，孝文帝在新野行宴请群臣。五日，魏军攻克新野城，生擒南齐辅国将军、新野太守刘忌，在宛城将他斩首。六日，南齐湖守将蔡福弃城南逃。九日，南齐赭守将成公期、军将胡松弃城南逃。十日，南齐辅国将军、舞守将黄瑶起与直。。将军、台军主将鲍举，南乡太守席谦，相继弃城南逃，黄瑶起、鲍举被魏军士兵擒获。二十八日，孝文帝前往南。二月三日，魏军攻宛城北城。十二日，攻克宛城北城，南齐冠军将军、南太守房伯玉，自绑双手，投降魏军。十八日，孝文帝抵达新野。十九日，孝文帝下诏，凡带归顺北魏且始终如一的南百姓，免征三十年的田租赋税，授予其居住地以“归义乡”的称号；接着归顺的百姓，免征十五年的田租赋税。三月一日，魏军在邓城大破平北将军崔惠景、黄门郎萧衍所率的南齐军，杀死、俘虏二万多人。九日，孝文帝前往樊城，在襄、沔之间举行盛大的阅兵式，耀武扬威了一番后，才率领魏军从樊城撤走。在荆州、东荆州、鲁郡实行特赦。镇南将军王肃攻南齐义。齐明帝萧鸾派将领裴叔业攻涡。十四日，孝文帝命将军郑思明、严虚敬、宇文福率领三支队，相继驰援涡。二十日，孝文帝前往湖。乙未日，孝文帝在比停留。二十七日，孝文帝下诏给荆州各郡的百姓，凡带或随其后归顺北魏的，依照对南百姓的办法，加以赏赐。三十日，孝文帝前往悬瓠。

夏，四月三日，孝文帝下诏，凡随军南征的武官提升三级，文官提升二级，编外官员提升一级。十九日，孝文帝从各州郡征调二十万大军，限八月中旬集结悬瓠。赵郡王元逝世。五月二十六日，孝文帝下诏，凡在守孝期间随军征的文武官员，官衔在四品以下，以及没有品级的，照等级赐给布帛。六月十日，孝文帝下诏，给予阵亡的王公贵族、各级将士以优厚的抚恤。

秋，七月三日，孝文帝下诏说：“朕无德无能，负统一天下的重任，实在要依靠天下的英雄豪杰，才能扫平南齐，因此应该节约自的开支，以赏赐将士，激励他们建功立业。皇后的私人财政开支，可减少一半；对六嫔妃、五服以内皇亲国戚的财政补贴，也减少一半。正在军队中服役的皇亲国戚，则减少三分之一。”本月，南齐明帝萧鸾病逝，其萧宝卷继位。八月二日，皇太元恪从都城来到悬瓠，朝见孝文帝。三日，南齐奉朝请邓学归顺北魏，献齐兴郡。敕勒族袁纥树者等落，相继反叛。孝文帝任命平北将军、江王元继为都督北讨诸军事，率军讨伐。壬午日，丽国派使臣朝贡。九月二十一日，孝文帝因南齐皇帝萧鸾逝世，遵照不征伐君主逝世的国家的古代礼教，下令魏军北撤。二十二日，孝文帝下令，继续讨伐北方叛的敕勒人。二十八日，孝文帝从悬瓠发北上。

冬，十月一日，孝文帝下令，特赦豫、南豫二州被判死刑以下的各类囚犯，免征百姓田租一年。十一月四日，孝文帝抵达邺城。十二月七日，因江王元继已平定敕勒落的叛，孝文帝下令班师还朝。

太和二十三年(499)，正月初一，孝文帝召见群臣，群臣向孝文帝祝寿，祝贺他大病痊愈，于是在澄鸾殿大宴文武百官。五日，孝文帝参观西门豹庙，从漳乘舟返回。萧宝卷派太尉陈显达率军攻荆州。六日，孝文帝命前将军元英率军迎击。八日，孝文帝从邺城发。二十一日，孝文帝从邺城返回洛。二十三日，祭祀祖庙社稷。二十六日，行饮至、策勋典礼。二十七日，大赦天下。太保、齐郡王元简逝世。二月五日，孝文帝任命长兼太尉、咸王元禧为正太尉。十七日，任命中军大将军、彭城王元勰为司徒，恢复元思誉乐陵王的爵位。二十七日，齐将陈显达攻陷圈戍。三月四日，孝文帝率军南征。七日，驻扎梁城。八日，因顺被南齐军围攻，情况危急，孝文帝命振武将军慕容平城，率五千骑兵驰援顺。十日，孝文帝患病，司徒、彭城王元勰留在行中照料病情，主持军国事务。二十一日，孝文帝抵达圈。命镇南大将军、广王元嘉率军占据均，切断陈显达大军的退路。二十二日，北魏军屡次击败南齐军，当晚，陈显达与崔惠景、曹虎率军南逃。二十三日，北魏军缴获南齐军遗弃的军用资，数以亿计，孝文帝全用来赏赐将士。北魏将领追击南齐军，直至汉，被杀、被俘及被淹死的南齐士兵，占总人数的十分之八、九，南齐左军将军张于达等将领被杀。南齐将领蔡福、成公期放弃顺，率数万人南撤。

三月二十四日，孝文帝病重，北返洛，停留于谷塘原。二十八日，孝文帝下诏，赐皇后冯自尽。命司徒元勰派人前往洛，请皇太元恪到鲁登基即位。任命侍中、护军将军、北海王元详为司空公，镇南将军王肃为尚书令，镇南大将军、广王元嘉为尚书左仆，尚书宋弁为吏尚书，与侍中、太尉公元禧，尚书右仆、任城王元澄等六人共同辅政。孝文帝对六位辅政大臣说：“各位太尉、司空、尚书令、左右仆、吏尚书，本朝太祖皇帝创立了天地万般兴盛的宏大基业，屡次作英明的决断，依靠一个弱小、愚昧的民族，开创了帝王的基业，兢兢业业，希望能够继承古代圣王的遗业。将都城迁到平城，平定黄河域，扫江浙地区，使万国贡朝拜，光宗耀祖、普济苍生。彻底摆脱了贫困，建立了不朽的功业。诸位公卿大臣应好好继承这份基业，使魏皇室更加兴盛，这不也很好吗？要努力去啊！”夏，四月一日，孝文帝在谷塘原的行逝世，终年三十三岁。辅政大臣们封锁孝文帝逝世的消息，到达鲁后，才为孝文帝发丧，护送孝文帝的灵柩返回洛。给孝文帝元宏加上“孝文皇帝”的谥号，祭庙的名号称为“祖”五月二十一日，将孝文帝元宏安葬于长陵。

孝文帝自幼情纯厚，四岁时，父亲献文帝拓跋弘上生疮，孝文帝亲为父亲脓。五岁时，父亲把皇位让给他，他悲伤得痛哭涕，无法自制。献文帝问他为什么哭泣，孝文帝回答说：“接替父亲的皇位，内心过于悲痛。”献文帝听了，慨万分，很是惊异。冯太后因为孝文帝聪慧英明，害怕他长大以后会对冯氏家族不利，谋废掉孝文帝。在寒冬腊月，将穿单衣的孝文帝关在一所空房里，三天不给，召来咸王元禧，想立他为帝，元丕、穆泰、李冲决劝阻，冯太后才打消了这一念。虽然如此，孝文帝对冯太后却从来都没有怨恨之意，只是对元丕等人怀激。孝文帝对他的弟弟们，十分关怀和护，自始至终都没有闹过一矛盾，与亲戚族人和睦相，礼尚往来。虽然对大臣们要求严格，执行法纪从不宽容，然而秉宽厚仁慈，常常原谅别人的无心之过。某次上菜的人用汤伤了他的手，又一次他在中吃到了虫之类的脏东西，他都一笑置之，加以原谅。有个宦官曾在冯太后面前陷害他，太后大怒，命人用打了他几十下，孝文帝默默忍受，并不为自己辩解。冯太后死后，孝文帝对此事并不介意，没有加以追究、报复。