三年正月十七日，开府仪同三司尔朱文畅、开府司任胄、都督郑仲礼、中府主簿李世林、前开府参军房远等人企图谋害神武，想借十五夜晚“打簇”游戏的机会，藏利刃府，同伙薛季孝向神武作了报告，这些人全被死。二十八日，神武请求在并州筑造晋，以安置。

三月十六日，神武朝邺，二十六日，回晋。

十月二十二日，神武上书，称幽、安、定三州北接奚、蠕蠕，请在险要之修立城戍行防守，并亲自监工，因此没有一不固。二十六日，神武请求解除芒山俘虏的脚镣手铐，允许他们同民间的寡妇婚。

四年八月二十三日，神武拟将西伐，率兵从邺来到晋集中。殿中将军曹魏祖谏说：“不行啦，本年八月是西方王，以死气迎生气，对客人不吉利，对主人还可以。真有行动的话，会伤大将军。”神武置之不理。自从东、西魏战后，邺下常有黄黑蚂蚁各自为阵行搏斗，占卜的人认为黄是东魏士兵的戎装，黑为西魏军卒的衣服，民间便以此占验吉凶胜负。此时，黄蚁全死。九月，神武围困玉向西魏军挑战，西师不敢应。西魏晋州刺史韦孝宽守玉，从城中放蒙着铁面的人来，神武命令元溢击，每次都中了铁面人的睛。采纳术士李业兴的“孤虚法”，将士众聚集到玉城的北边。北边为天险。于是堆起土山，挖掘十条地，同时又在东边开挖了二十一条地作为攻城的手段。玉城内无，须于汾河取用，神武截断汾河，不让城中，一夜功夫就成了。韦孝宽将神武兵卒堆造的土山夺了过去。围城五十多天，没能攻下，却死了七万多人，神武下令将死者集中埋在一个大冢中。星坠落到神武军营，军营中的驴一齐鸣叫，兵众恐惧。神武重病。

十一月初一，神武抱病乘车返归。十一日，调遣太原公洋镇守邺城。十二日，召世澄回晋。有恶鸟栖息在亭树上，澄指派斛律光用箭死。十六日，因无战功，神武上表请求解除都督中外诸军事职，魏帝特地下诏批准。这时，西魏都说神武围玉时被箭伤，神武听到报告后，就打神与诸贵人相见，还让斛律金唱《敕勒歌》，神武在一旁和唱，唱得泪满襟。

侯景一向小看太，曾对司如说：“王在，我不敢有非分之举；王无，我不能与鲜卑小孩共事。”如赶捂住了他的。此时，太代神武修书征召侯景。侯景先前与神武有约，得信函，若信函背面有小黑，才来看望。信到，无约定的记号，侯景未来，又听说神武病重，便拥兵自守。神武对太说：“我虽然病重，可是你的脸上却有更多的忧虑之，为什么？”太没有回答。神武又问：“难不是担忧侯景反叛？”答：“是的。”神武说：“侯景专制河南十四年，常怀飞扬跋扈之志，只有我能调养，他岂能让你驾驭！如今天下未定，千万不要匆匆发布我死的消息。厍狄是鲜卑老人，斛律金为敕勒老人，两人格耿直，是不会背弃你的。可朱浑元、刘丰生从远来投奔我，无疑没有异心。贺焉过儿朴实而且很少有过失。潘相乐原本是个人，心地善良而且宽厚，我们弟兄会得他的帮助。韩轨少戆，应该宽容。彭相乐难得真心实意，应该提防着他。稍微能与侯景抗衡的只有慕容绍宗，因此我不让他富贵，留下给你，你必须殊礼相待，委以重任。”

五年(547)正月初一，日蚀，神武说：“日蚀是为了我哟，死也没有什么遗憾的了。”初八日，向魏帝呈送书启。是日，崩于晋，时年五十二岁，秘不发丧。六月十七日，魏帝在东堂致哀，第三天，制作丧服，诏令丧礼依照汉大将军霍光、东平王苍规格办理；赠假黄钺、使持节、相国、都督中外诸军事、齐王玺绶，赐。。车京车、黄屋、左纛、前后羽葆、鼓、轻车、介士，兼备九锡殊礼，谥号献武王。八月二十日，葬在邺西北漳的西侧，魏帝送丧至紫陌。天保初年，追封为献武帝，庙号太祖，陵为义平。天统元年(565)，改谥号神武皇帝，庙号祖。