秀与元衡地好，请求给他增派左右。

元衡回京师后，为杨秀请求增加左右，皇上不许可。

大将军刘哙讨伐西爨时，祖令上开府杨武通率跟着前。

杨秀派嬖人万智光当杨武通的行军司。

皇上因杨秀用人不对，谴责了他。

祖对群臣们说：“破坏我的法度的，一定是我的孙吧？如同猛兽，别的东西不能害它，反被里的小虫所损。”于是分了杨秀的兵权。

杨秀渐渐奢侈，违反制度，车被服都和皇上一样。

太杨勇因受谗言之害被废黜后，晋王杨广被立为皇太，杨秀心里很不服气。

杨广怕杨秀会成为祸害，偷偷地让杨素找他的罪过而上谗言害他。

仁寿二年(602)，调杨秀回京师，皇上见了他，不与他说话。

次日，派人责问他。

杨秀谢罪说：“我承受国恩，京当藩王，不能遵守法令，真是罪该万死。”皇太杨广和诸王都在朝廷上泪，代杨秀谢罪。

皇上说：“往日秦王浪费财，我用父教训他。

现在杨秀祸害百姓，我要用君罚他。”于是把他给司法门。

开府庆整谏说：“庶民杨勇已被废黜，秦王已经去世了。

陛下的儿不多了，何必到这个地步？蜀王生耿直，如今他被重责，恐怕他会自杀。”皇上大怒，要割他的。

因此对群臣说：“要把杨秀杀死在大街上，以向百姓歉。”于是下令杨素、苏威、弘、柳述、赵绰等人给他治罪。

太杨广偷偷地作了木偶人，写上皇上和汉王的姓名，捆上手，用钉钉在心上，然后让人埋在华山之下，再让杨素装模作样挖来。

杨广又以杨秀的气作檄文，说：“逆臣贼，专门玩权柄，陛下表面上当皇帝，其实什么都不知。”然后陈述兵甲如何大，说是要“指期问罪”

杨广把这篇“檄文”放在杨秀的文集之中，然后上告祖。

祖说：“天下难有这样的事吗？”于是把杨秀废为庶民，禁在内侍省，不得与妻儿女相见，下令只给他两个獠婢，供他驱使。

受牵连的有一百多人。

杨秀既被囚禁，愤懑不已，不知什么才好，于是上表说：“我因为幸运，成为皇上的儿，承蒙父母抚养长大，九岁就得到了荣华富贵，只知富贵享乐，从未忧惧过。

我轻易地放纵我这颗愚笨的心，落到这个地步，我辜负父皇山岳一样的大恩，心甘情愿地去死。

不料天恩还可让我有余漏，到如今这地步，我才知愚心不可放纵，国法不可犯，我扪心问罪，真是来不及改过自新。

我还想分有术，竭尽余生，稍稍报答一下父母的养育之恩。

但因神灵不保佑，我的福分爵禄完了，夫妻团聚，不可能了。

只怕我长辞人间，永归地府，伏请父皇，赐我怜悯，在我死之前，让我与我的儿爪见上一面。

然后请你赐我一个墓，让我的尸骨有个去。”爪就是他的。

皇上因此下诏书，数落他的罪过，说：你从地位上说，是臣又是；从情上说，与家又与国相关。

庸、蜀是重要的地方，我让你去镇守。

你却犯纲纪，心怀恶意，幸祸乐灾。

你小看皇和太，等着这里发生灾祸。

你容纳不法之徒，结异端分。

我有什么不和，你便等着，指望我死了，你就起异心。

皇太是你的兄长，长幼顺序也当立他。

你却假托妖言，说他不能终其位。

你装神鬼，又说你可惜不能主东。

你自称骨相不该当人臣，品德、功业应当皇帝。

你胡说青城圣人，想用自己当其位。

你诈称益州现了龙，假托是什么好兆。

你重述“木易”之姓，又修成都的室，胡说“禾乃”之名，以当“八千”年的皇运。

胡编京师有什么妖异，以证明父亲兄长有灾。

妄造蜀地有什么吉祥，以说明你有什么祥瑞。

你哪里不想我倒楣哟，哪里不想天下大哟？你还建造白玉王廷，又作白羽箭，你的服饰车与天无异，哪里像有我的样？你纠集旁门左，用符书压镇我和汉王。

汉王和你，是亲兄弟，你却画他的形像，写上他的姓名，缚手钉心，枷锁木丑械。

还说要请华山的慈父圣母的神兵九亿万骑，收杨谅的魂魄，闭在华山之下，不让魂魄散开。