义熙十四年(418)正月二十六日，武帝到了彭城，解除戒严，脱去盔甲。以辅国将军刘遵考为并州刺史，兼河东太守，镇守蒲坂。武帝辞去了司州职务，兼领徐、冀二州刺史，持推让晋升爵位。当时汉中成固县的汉旁边有奇异的声音如同打雷，不一会河岸崩裂，有十二铜钟，从地下暴来。巩县人宗曜在他的农田里得到了一株好庄稼，九个穗同在一个上，武帝把它献给晋安帝，安帝又归还给他，武帝谦让，才算结束。

六月二十三日，接受了赐给相国宋公的九锡，下令赦免国内死刑以下的罪犯。诏令尊崇豫章太夫人为宋公太妃，世为中军将军副官，相国府百官都依照朝廷的建制。又诏令宋国在所封的十郡以外，都可以选人任用。

先前，安西中兵参军沈田杀死了安西司王镇恶，将领们杀死了安西长史王修，关中混。十月，武帝派遣右将军朱龄石代替安西将军桂公刘义真为雍州刺史。刘义真回京，被赫连所追赶，大败，仅仅自己一人逃脱，众将帅和朱龄石都被杀死。

十二月，晋安帝逝世，大司琅笽王登上皇帝位。

元熙元年(419)正月，晋恭帝下诏征武帝朝辅政，又重申以前的命令，把他的爵位由公晋升为王，把徐州的海陵、北东海、北谯、北梁，豫州的新蔡，兖州的北陈留，司州的陈郡、汝南、颍川、荥十郡，增加为宋国属地。七月，才接受了命令。赦免国内五年徒刑以下的罪犯，迁都到寿。九月，辞去了扬州的职务。十二月，晋恭帝命令武帝的冕冠可以有十二个玉串，建立天的旌旗，警戒清，乘坐金车，驾车用六匹，备五时副车，设置旄云罕，乐舞使用八佾，设置编钟木架悬挂在中。晋升王太妃为太后，王妃为王后，世为太，王、王孙的爵位封号，完全和旧时的规制一样。

二年正月，武帝上表辞让特殊礼遇。竟陵郡江滨自己裂开，了古铜礼十几枚，武帝把它们献给了晋恭帝，恭帝推让不肯接受，于是送回了各祥瑞，收藏在宰相府。四月，下诏书派人敦促勉励，兼征武帝朝辅政。六月初一，武帝到达京城。初九，晋恭帝禅让帝位给宋王。有关门把诏书的草稿写成后，请恭帝把它书写下来，天随即便拿起笔来，对边的人说：“桓玄的时候，天命已经改换，重又被宋公接续下来，将近二十年。今天的事情，本是我心甘情愿的。”十一日，晋恭帝派遣使者送上文书，又派遣使持节、兼太保、散骑常侍、光禄大夫谢澹，兼太尉、尚书刘宣范送上玺书，转皇帝的玉玺，受禅的礼节，完全和唐虞、汉魏从前的办法一样。武帝上表行辞让，晋恭帝已经退到琅笽王府，奏表没有送到。于是陈留王司虔嗣等二百七十人和宋台的群臣一齐上表劝武帝即皇帝位，他还是不答应。太史令骆达陈述天文符应说：“晋朝的义熙元年到元熙元年，金星白天现，共有七次经过天空，占卜说：‘金星经过天空，人间换主，异姓新兴。’义熙七年，有五条虹现在东方，占卜说：‘五虹现，天废黜，圣人将。’九年，土星、木星、金星、火星相聚在井宿。十三年，土星太微星。占卜说：‘镇星(土星)守太微，有王新立，有王迁徙。’元熙元年冬天，黑龙四次升到天上，《易传》说：‘冬天，龙现，天失去国家，大人接受天命。’冀州人释法称告诉他的弟：‘嵩山之神说，江东有一个刘将军，是汉朝皇家的后代，应当承受天命，我将把玉璧三十二只、镇金一饼送给他，这是刘家占卜传国应有的世数啊。’汉朝建武到建安末共一百九十六年而禅让给魏朝，魏朝从黄初到咸熙末共四十六年而禅让给晋朝，晋朝从泰始到现在共一百五十六年，三代相让，都是到六结束。又汉光武帝在南建立社，汉末而社前的树死亡，刘备建立蜀国，就是和这相应而兴起；到了晋朝末年，旧才开始萌发，到现在已经繁盛起来了。”诸如这些共有几十条。群臣又持请求，武帝才依从了。

永初元年(420)夏季六月十四日，武帝即位于南郊，设立祭坛，烧起木柴祭天。典礼结束，备好车驾，到了建康，坐在太极前殿，宣布大赦，改换年号。赐给每人爵位二级。鳏寡孤独不能自己生活的人，每人发给谷五斛，拖欠的租税旧债不再收取。那些因为品评乡里人、发表公正言论以及隐赃、贪污、秽、盗窃而被判罪的，一律免除。长期刑徒，全宽大遣返。丢官失爵、受到监禁、制劳役的，全都恢复旧时的状况。封晋恭帝为零陵王，可以将全郡作为邑，悬挂天的旌旗，乘坐五时副车，实行晋朝的历法，郊外祭祀天地，礼乐制度，都用晋朝的典制，上书不称作表，答表不称作诏，殿定在原来的秣陵。追尊皇父为孝穆皇帝，母亲为穆皇后，尊王太后为皇太后。

永初三年五月，皇上病危，召来太，告诫他说：“檀济虽然有才，却没有远大志向，不像他的哥哥檀韶有难以驾驭的气概。徐羡之、傅亮看来不会有异图。谢晦屡次跟随征伐，很善于随机应变，如果有异图，必定就是这个人。要缩小他的势力，可以在会稽、江州安置他。”又写了手诏：“朝廷不需要再有别府，宰相掌扬州，可以设置铠甲武士一千人。如果大臣担任重要职务，应该派自己的爪牙，以防备居心不良的人，可以把京城留守队给他。有外征讨，全拨给京城队，战争结束归来恢复原状。后世如果有幼主，朝中的政事全委任宰相，母后不要临朝。仪仗军队不许殿门，重要人可以多给班剑。”二十一日，皇上在西殿逝世，当时年龄六十岁。七月二十五日，埋葬在丹建康县蒋山初宁陵。群臣上谥号为武皇帝，庙号称祖。