有公布，他就已经提。如果不是一心为国，怎么能到这样？”

炀帝派将军薛世雄修建伊吾城，命裴矩和他一起筹划经营。裴矩告诫西域各国说“：隋朝天认为和你们往来，距离太远，所以修建这座城市。”他们都认为这是件好事，不再来争夺扰。裴矩回到京师，炀帝赏赐给他四十万钱。裴矩又建议，派使者反间匮，偷偷攻打罗。后来，罗被匮的攻势迫，派使者来隋朝拜。炀帝十分兴，赏赐给裴矩裘以及西域产的珍宝异。

裴矩跟随炀帝巡视北，来到启人的帐篷。这时，丽国先派人使突厥，启人不敢隐瞒，引来人见隋炀帝。裴矩因而上奏说：“丽原本是孤竹国的地方，周朝把它封给箕，汉代分成了三个郡，晋朝也统属于辽东。现在却不臣服，自列为外国异域。因而，先帝早就想征伐它。但是，因为杨谅没有才，所以军队劳而无功。现在陛下您威灵天下，怎能不事征伐，使这个文明之仍然为野蛮之乡呢？今天，它派使者朝拜突厥，亲看见启人举国顺从大隋的教化，必定畏惧皇帝威灵的无远不到，忧虑最后臣服就会灭亡，严令他们来朝拜，就可以收服啊。”炀帝说“：怎么办？”裴矩说“；请当面诏谕丽的来使，放他回国，给他的国君说，速来隋朝朝拜。不这样办，就率领突厥的军队，即刻将它诛灭。”炀帝采纳了他的意见。丽国的国王不服从隋朝的命令，于是炀帝开始了征辽的谋划。

隋军兵临辽境，裴矩以原来的职务兼领武贲郎将。第二年，他又跟随炀帝到辽东。兵侍郎斛斯政因参与谋反逃到丽，炀帝命裴矩兼军队的事。因前两次征辽有功，他升为右光禄大夫。

这时，朝廷纲纪败坏，人们大都改变节。左翊卫大将军宇文述、内史侍郎虞世基等人把持朝政，文武官员大多向他们行贿邀。惟有裴矩守德，没有污秽肮脏的举动，因此被世人称颂。后来因为刚刚平定杨玄的叛，炀帝命裴矩到陇右一带安抚。他因此到了会宁，问曷萨那落，派阙达度设攻吐谷浑，不断有所虏获，这个落也富裕起来。归来奏述这些情况，炀帝重赏了他。后来，他随炀帝到达怀远镇，炀帝命他负责北蕃的军事。

裴矩看到始毕可汗所势力渐渐盛，向朝廷献策以分解他的力量，准备将皇室女儿嫁给他的弟弟叱吉设，并封叱吉设为南面可汗。叱吉设不敢接受。始毕听说后却十分怨忿。裴矩又说“：突厥生淳厚，易于离间。因为他们落内有很多胡人，都十分凶狠狡黠，去教唆突厥人。我听说史蜀胡悉计最多，被始毕可汗倚重，请将他诱杀。”炀帝说；“可以。”裴矩便派人对胡悉说“：天拿大批珍宝异，现在存放在邑，想同边疆各蕃换，如果来得早，就可以得到最好的宝。”胡悉相信他的话，没有告诉始毕，就率领他的落，驱赶着所有的牧群争先发，希望抢先与汉人易。裴矩在邑设下伏兵，将胡悉诱杀。炀帝下诏书给始毕说“：史蜀胡悉忽然领着他的落来到这里，说要背叛可汗您，请求我接纳他。我已把他死，所以派人告知。”始毕也知事情的真实情况，因此不再朝贡。

大业十一年(615)，炀帝到北方巡狩。始毕率领数十万骑兵将他包围在雁门，炀帝命裴矩与虞世基住在朝堂上以便随时顾问。等到围困解除，裴矩又跟随炀帝来到东都。匮可汗派他的从率领西蕃各前来贡，炀帝命裴矩宴请并接待他们。

不久，他又跟随炀帝到江都行。这时，四方盗贼蜂拥而起，郡县纷纷奏报叛的消息。裴矩叙说了这些情况，炀帝十分恼怒，便打发他到京师去接待蕃客人。裴矩因有病没有成行。等到义兵攻关内，炀帝派虞世基到裴矩家里询问退敌方略。裴矩说“：太原如有变故，京城便不会平静。仅仅远远地控制，恐怕会失掉事情的机宜，惟望圣驾早日返回京师。”不大一会儿，骁卫大将军屈突通失败的消息传来，裴矩报告了炀帝，炀帝大惊失。裴矩平常勤勉谨慎，不曾与别人违拗。又看见天下动，恐怕祸及自，他与别人往，都超过别人的期望。所以，虽然担任这些职务，都能得到人们的心。

这时，跟随炀帝护驾的士兵不断有人逃散，炀帝很是忧虑，因而问裴矩应该怎么办。裴矩说“：皇上住在江都至今已经两年。这些卫队士兵都没有家。人没有妻室，就不能长久安住，我请求允许兵士们在这里结婚成家。”炀帝非常兴，说：“公足智多谋，这真是一条奇妙的计谋啊！”因而命裴矩为将士们娶妻。裴矩召集江都境内的寡妇和没有许人家的女都集中在院内，又召集各将帅和士兵等来任意挑选。听凭个人自愿，那些与别人通的妇女以及尼姑、女士等，也都随即给士兵。因此，将士们都很兴，互相告诉说：“这都是裴公的恩惠呀！”

宇文化及反叛，裴矩早晨起来将去上朝，来到坊门，遇到数名叛党，他们拉着裴矩的来到孟景那里。叛党都说：“不关裴黄门的事。”接着，宇文化及带着一百多骑兵来到，裴矩上前跪拜迎接。宇文化及宽他，让他参加修订礼仪，推举秦王的儿杨浩为皇帝。让裴矩在内料理，随宇文化及到达河北。宇文化及自立为帝，任裴矩为尚书右仆，加光禄大夫衔，封为蔡国公，授河北宣抚大使职。

宇文化及失败，裴矩被窦建德俘获。因为他是隋代旧臣，所以对他十分宽厚，任命为吏尚书，又升为尚书右仆。窦建德是从群盗中起家的，朝廷中没有典章制度，裴矩为他制定了朝中的制度礼仪。一个月时间，各典章制度全制定，很像是正式称王的，窦建德非常兴。