清实际才，注明上下等级，虚辞滥语一概不要。将名字列好，上报尚书，由尚书再次实。如果发现谬误，立即加以纠正并给予罚，不允许将责任推委下属，容许他们自由退。在确定优劣和善恶之后，上奏朝廷，再由考功曹将这些情况分别书写在黄纸和油帛上。一份由本尚书加盖印章，留在门下；一份则由侍中黄门盖印，由尚书省掌。必须严加保密，不得打开。考绩的时候，再最终加以确定。所有内外考标准，裁定其可用与不可用，要广泛征求意见，使标准统一。如果有特殊的谋略或奇特的计策，事情关系到国家的兴亡，为远近所传知，没有人提不同意见的，当然可以临时据情况加以斟酌，不要拘于常规。至于像援引同的说法，贪图荣誉以求晋级的请求，如果不用条件加以限制，任其随意大开方便之门的话，以后就像蔓草滋生蔓延，难以铲除了。小小细积成大河，就会破坏规章制度，挠国家大典，因此我认为应当明令加以禁止，以保证形成良好的风气。”

皇帝传旨将这份奏章百官们广泛讨论，并以此作为永久实行的标准。最后也没有对其内容作任何更改。

这时，梁武帝弟弟的儿西丰侯萧正德前来归降。萧宝夤上表说“：萧正德既然不能和亲属亲近，又怎么能够和外人亲近？假如容许这样的丑类也封给爵位，百官们都以此为榜样，那么还有什么人才能够上杀的罪名呢？微臣和南梁仇隙重，痛骨髓，如今日暮途穷，报仇无日，岂在乎这样一位区区小人！只是虽为平庸之才，而居门下重职，忠心一片，敢不申说？”萧正德到京城之后，朝廷待他十分轻薄，一年多后，他又叛变回梁。

起初，秦州城里人薛伯珍、刘庆、杜迁等反叛朝廷，抓了刺史李彦，推举莫折大提当首领，自称秦王。莫折大提不久死去，他的第四位儿莫折念生自号为皇帝，年号天建。他设置了文武百官，以儿阿胡为太，阿胡的哥哥阿倪为西河王，弟弟天生为王，伯珍为东郡王，安保为平王。天生带领军队陇东，攻打雍州，屯兵于黑。朝廷为此十分忧虑，便任萧宝夤为开府、西行台、大都督，领兵西征。明帝亲自在明堂设宴为他饯行。萧宝夤和另一位大都督崔延伯合击天生，把他打得大败，直追赶到小陇。又讨平的贼寇统率万俟丑，在安定大战，双方互有胜负。

当时有天人吕伯度兄弟，原来和莫折念生一起反叛朝廷，可是他后来和哥哥吕众保在显亲一带聚合许多人讨伐念生，被念生打败，奔逃到胡琛那里。胡琛任命吕伯度为大都督、秦王，并又给他一分兵，让他再攻秦州。吕伯度大破莫折念生的将杜粲于成纪，又在洛城大败念生的金城王莫折普贤，军至显亲。莫折念生亲自领兵和吕伯度作战，被吕伯度击败。吕伯度便背着胡琛，派他哥哥的儿忻和带领骑兵到东面引来萧宝夤的大军。莫折念生到事情不妙，只得假装向萧宝夤投降。朝廷嘉奖吕伯度起义而立下的大功，任命他为泾州刺史、平秦郡公。可是这时大都督元。。义、聿把军队留驻陇，而吕伯度又被万俟丑所杀害，这样，敌军气势大增，萧宝夤难以制服。

孝昌二年(526)，萧宝夤被授为侍中、骠骑大将军、仪同三司、假大将军、尚书令，并给予前后鼓仪仗。萧宝夤起初从黑军，终于打到平凉，和叛贼对阵，年年攻，贼军也很害怕他。关中得到保全，全仗萧宝夤的力量。孝昌三年正月，改授司空公。由于他征日久，兵将都十分疲惫，所以在这个月被敌人打得大败，退回雍州。有关门认为萧宝夤应当死，但皇帝下诏从宽置，削职成为编民。但四月间，又任他为征西将军，雍州刺史、开府，西讨大都督，所有关西军队，全听从他的调遣。九月，莫折念生被他的属常山王杜粲杀死，全家被杀尽。杜粲向萧宝夤投降。十月，朝廷授给他尚书令，恢复原来的封爵。

这时，山东、关西一带，到都是贼寇，朝廷兵多次打败仗，士气低落。萧宝夤连年征，耗费大，一旦被打败，心里十分担心受到猜疑和斥责，常常心中不安。朝廷这时也已对他产生了怀疑，并设障碍。当朝廷委派御史中尉郦元当关中大使时，萧宝夤怀疑是朝廷准备暗中除掉自己，所以便另有打算。他把想法问河东柳楷，柳楷说：“大王原是齐明帝的儿，正天下原来就应属您所有。所以您今日的作法，正符合人们的愿望。况且近来有民谣传唱说‘：鸾生十九歹段，一不歹段关中。’武王有十位臣，所谓‘’，就是理的意思，这是说大王应当治理关中，您还有什么可以怀疑的呢？”