。他凭靠武三思的势力，掌握选官的大权，无所忌惮，杜绝请托，威风大行。不久，升任中书侍郎，兼中书令。

节愍太诛杀武三思后，武三思的余党与宗楚客、纪讷要侍御史冉祖雍上奏“：安国相王及镇国太平公主也与节愍太一起同谋举兵，请把他们收监狱。”中宗召来萧至忠要他讲实情，萧至忠泣声而奏：“陛下富有四海，贵为天，难连保护一弟一妹都不到，而遭人罗织他们的罪名。宗庙社稷的存亡，实在于此。臣虽然很愚昧，窃认为陛下不可取。《汉书》上说‘，一尺布，尚可，一斗粟，尚可舂，兄弟二人不相容。’愿陛下细细思考这句话，况且以往则天皇后想要相王为太，相王几天不吃饭，请求迎陛下，本来相王诚心让陛下，天下的人都作为谈，这也足见冉祖雍等所奏，纯属虚构。”中宗纳他的意见而不再追究。

不久，他调任黄门侍郎，代宰相。萧至忠曾上疏论析时政，：

“臣听说帝王的列职分司，为人求理，求理之，必在用贤。得其人就公务洁顺，用非其才就有官如同无官空缺。官缺空则事废，事废则人残，慢慢的时政就会衰败，这大概是一条治政的规律。近来选官授职，多非德。大多是依靠贵要，互相粉饰。即使知这情况，也不为国家考虑，上下相蒙，哪个肯揭真相呢？臣闻官爵是天下的公，恩实际上是私惠。只能给予金帛让他富裕，吃好穿好，来存私人恩泽。如果把国家的职位为私用，那么公就不通行了。这样以小私来妨碍大公，那么后门之风一开，而正当的言语就被堵绝。小人就当，君消。这样日削月蚀，最终会使国家凋敝，这都是为官非其人的缘故。过去汉代的馆陶公主为自己的儿求一郎官，汉明帝就对她说：‘郎官上应天上的星宿，外理百里，如果非其人，那百姓就要遭殃了。’就赏赐了十万给她的儿。这就大公之未亏损，没有用私情来代替，良史直笔，传为谈，一直到今天人们还赞不绝。当今官位很广，冗员倍增，贪求无厌，日月增数。陛下降无法计算的恩泽，近戚又增无涯之请，卖官利己，枉法徇私。衙门之内，朱紫盈满，官秩皆轻，恩赏更加多。势利小人，冒不识廉耻，方雅君，知难而退避丘陇。才者未用，用者非才，这两情况相比，十个中就有其五。官非其人，求其理，实也难成。

“臣窃见宰相和近侍要官的弟，多居爵，远再加上势要的亲戚，递相嘱托，虚践官荣。《诗经》上说：‘东人之，职劳不赍；西人之，粲粲衣服；私人之，百僚是试，或以其酒，不以其浆。鞘鞘佩王遂，不以其长。’这讲的是王政不公平，众官废职，私家之，都混了官员的行列；非任之人，白白地有着饰佩。臣愿陛下要思考居安思危的理，行改弦易辙之，要惜官爵，审量才识，官无虚授，人要官，要走正，杜绝小人的邪，政令一致，威恩以信，私不害公，情不扰法，这样天下就大幸了。臣见永徽的旧事，宰相弟多居外职，这不仅是抑宗，分大族，也是退不肖，择贤才。伏愿陛下远查旧典，近遵先圣，降明旨令宰相以下及诸司长官弟，都改授外官，希望他们分职四方，共宁百姓，表里相统，远近安宁。”

他的疏奏未被采纳。

第二年，萧至忠代韦源任侍中，依旧修史。不久又迁任中书令。当时宗楚客、纪讷暗怀计，自树朋党，韦源、杨再思、李峤都为保全自己一味顺从，对时政无所匡正。萧至忠于其中，颇能持正，当时的评论都很重视他。中宗也说：“宰相当中，萧至忠最怜我。”韦庶人又替她死去的弟弟与萧至忠死去的女儿完成冥婚合葬，到韦氏废除，萧至忠掘墓，把女儿的棺柩抬归，当时人们很讥笑此事。萧至忠又把自己的另一女儿嫁给韦庶人舅崔从礼的儿，婚礼的那天，中宗为萧氏当主婚人，韦庶人崔氏的婚主，当时人们都说这是“天嫁女，皇后取妇”

睿宗即位，在景云初，萧至忠京任晋州刺史，很有能力。当时太平公主得势，萧至忠暗中派人向太平公主疏通，想求得京任职。韦庶人被诛之时，萧至忠一个儿任千，被兵所杀，太平公主希望至忠因此有怨心，这样就可以参与谋反，所以就接受了萧至忠的请求。随后召回京拜刑尚书、右御史大夫，又迁任吏尚书。先天二年(713)，又任中书令。这年，萧至忠与窦怀贞、魏知古、崔。。、陆象先、柳氵中、徐、刘玄等撰写了《姓族系录》二百卷，皇上为此加爵赐各有不等。

不久，左仆窦怀贞、侍中岑羲和萧至忠同尚书李晋、太少保薛稷、左散骑常侍贾膺福、左羽林大将军常元楷、右羽林将军李慈等与太平公主谋反事漏，萧至忠就逃到山中寺庙，数天之后，被捕而伏诛，籍没其家。萧至忠虽然清俭刻己，但是简约自，从未接待宾客，所得俸禄，也从不施舍救济。到没收他家产时，财帛很多，由此声望顿绝。