把唐军分成南北二路一起敌境，李靖与薛万均、李大亮取北路，派侯君集、李宗取南路，途中经过破逻真谷，翻越汉哭山，途经二千余里，行军在茫茫沙漠，盛夏降霜，山多积雪，转战经过星宿川，到达柏海，屡次与贼寇战，都获得大胜。往北远望积石山，看到河源从这里发源，于是回师，与李靖在大非川胜利会师，平定吐谷浑胜利回朝。

贞观十一年(637)，君集与长孙无忌等都受到世封，授君集任陈州刺史，改封为陈国公。第二年，拜吏尚书，晋位光禄大夫。君集自军队，平素没有学问技艺，到受任用恩遇，才开始读书。主持选择举用贤能，决定考官吏成绩，为将领，参与朝政，一并在当时有声誉。

昌王麴文泰当时阻止断绝西域的商贾，太宗召文泰朝，文泰却推说有病不到。太宗诏令君集为河行军大总讨伐文泰。文泰听说皇帝的军队将到，对他的国人说：“唐国离这里七千里，沙漠广阔有二千里，地上没有草，冬季寒风冷冻，夏季风像火烧，风所到的地方，行人大多死去，平常步行一百人不能够到达，大军怎么能到达呢？如果屯兵在我城下，二十天粮一定会吃光，自然内溃，然后接近而俘虏他们，有什么足以忧虑呢！”等到大军到达沙漠，文泰死了，他的儿智盛承袭了王位。君集率兵到达柳谷，巡逻侦察的骑兵说文泰限定日期将要下葬，全国的人都将集中在那里。众将请求趁机袭击他们，君集说“：不行，天因为昌王骄慢无礼，派我奉命执行上天对他的惩罚，现在在坟墟墓地之间袭击他们，不是问罪之师。”于是击鼓前，攻打田地。敌贼自己环城固守，君集告晓他们，他们不听。这以前，大军发时，朝廷召募山东擅长造攻城械的人，把他们都派遣从军。君集于是砍伐树木，填在护城壕中，推撞车撞击城墙上齿状的矮墙，从数丈的地方坠落在中，用抛车发石攻打敌军城内，所挡住的地方无不打得粉碎，有的士兵张挂毡被，用作屏障向城内抛石，城上守卫女墙的敌兵不能再站立下去。于是攻克敌城，俘获男女七千余人，兵包围敌人的都城。智盛困厄窘迫，送达书信给君集说：“有罪于天的，是先王。上天施加的惩罚，已死离去。智盛即位不久，不知先王罪过的由来，希望尚书哀怜。”君集回信答复说“：如果能悔罪，应当自己捆住双手站在军营的门。”智盛还不来，因此“君集命令士卒填护城壕，派抛车去攻城。又十丈楼，俯视城内，有行人到飞石所中的地方，都声地告诉他，人们大多室避石。当初，文泰与西突厥谷设约定，有军队打来，共同内外呼应。等到听说君集的军队到了，谷设畏惧而向西逃一千余里，智盛失援，无计可施，于是开门来投降。君集分兵夺取地盘，于是平定昌国，俘获智盛及其将领、官吏，在石上刻记功勋胜利回朝。

君集起初攻克昌，不曾奏报请示朝廷，就发没收无罪的人，又私自收取宝。军中将士知这个情况，也争着盗窃，君集恐怕暴了这件事，不敢制止。到了京师，有司请朝廷追究君集的罪过，朝廷诏令君集下狱。中书侍郎岑文本认为功臣大将不能轻易施加屈辱，上疏说：

“君集等在辅佐朝廷的地位，有的职位也是亲信助手，一起蒙受朝廷的提，担当将帅的重任，不能正奉法来报答陛下的恩泽，行为恣情放肆，罪大恶极，确实应当刑法制度量刑，以此严肃朝廷的理德。但昌糊涂迷惑，人与神共同抛弃，在朝廷中商量国政的，认为昌地在远荒，都想把昌置之度外。只有陛下运用独有的远见和智慧，亲授决胜的策略，君集等奉行圣上的策谋，才能够期平定消灭昌逆贼。如果论事实，都是陛下的功绩，君集等有长途跋涉之劳，不足以称赞他们的功勋。然而陛下天赋的德行不主宰，却把功绩推给将帅。不封的文书刚到，就降大恩，从征的人，都受到滋洗。到他们凯旋时，特此蒙受私宴，又对万国，加以重赏。内外文武，都欣陛下赏赐及时。而没有经过十天半月，又都给掌刑法的官吏，虽然是君集等自己犯法律，而在朝的人却不知他们所犯的罪，恐怕国内又疑心陛下只记录他们的罪过，好像遗漏他们的功绩。臣因为低才，错误地参与得到受的职位，既然有自己的见解，不敢默不开。