为礼尚书，依旧主持政事。冬十月十七日，皇上驾到龙门香山寺。十九日，皇上驾到新安，改弘文馆为修文馆。二十五日，魏元忠为中书令，杨再思为侍中。十一月二日，加皇帝尊号曰应天，皇后尊号曰顺天。六日，皇帝、皇后亲自晋见太庙，禀告接受徽号之意，大赦天下，赐给臣下大宴饮三天。十三日，皇上驾到洛城南门楼观看泼寒胡戏。二十五日，卫王重俊为左卫大将军，任命为扬州大都督但不到任；温王重茂为右卫大将军，任并州大都督但不到任。十一月二十六日，则天皇太后去世。

神龙二年(706)正月二十一日，皇上护武则天灵驾回京。二十三日，吏尚书李峤任同中书门下三品，中书侍郎于惟谦任同中书门下平章事。闰二月一日，设置公主府官员。十日，以特敬晖、桓彦范、袁恕己等三人为、氵名、豫三州刺史。二月二十一日，刑尚书韦源任同中书门下三品。派遣十个使者巡察风俗。二十二日，僧人会范、士史崇玄等十多人授给官职并封为公爵，以赏赐他们建造圣善寺之功劳。三月一日，中书令韦安石为尚书，罢免知政事。尚书苏瑰为侍中，京都留守。二日，黄雾气四面堵。唐休王景请求辞官，皇上同意了。七日，皇上杀光禄卿、驸都尉王同皎。九日，洛城东七里多地，地如，旁边树木、往来车清清楚楚的影显现在中，经过一个多月才灭。这月，大大设置员外官，从京中各司以及各州辅佐官员总计二千多人，超越提授给太监七品以上及员外官的一千多人。十九日，赠韦后父韦玄贞太师、益州都督。夏四月一日，又赠韦玄贞为酆王，玄贞弟四人都赐以郡王爵位。六日，左散骑常侍、同中书门下三品李怀远请求辞官，皇上同意了。八日，洛猛涨，破坏了天津桥。

六月六日，特、朗州刺史、平郡王敬晖贬降为崖州司，特、亳州刺史、扶郡公桓彦范贬为泷州司，特、郢州刺史袁恕己贬为窦州司，特、均州刺史、博陵郡王崔玄日韦贬为白州司，特、襄州刺史、汉郡王张柬之贬为新州司，都作为员外官安置，长期任职，旧的官职和封的王爵一律夺去。

秋七月五日，皇上立卫王重俊为皇太。二十五日，中书令兼检校兵尚书齐国公魏元忠为尚书左仆兼中书令，仍然主持兵事；吏尚书李峤为中书令；刑尚书韦源为吏尚书，依旧是同中书门下三品。二十九日，礼尚书祝钦明被中丞萧至忠所弹劾。前左散骑常侍李怀远为左散骑常侍、同中书门下三品、东都留守。九月，祝钦明被贬为青州刺史。一日，皇上驾到白寺。设置侍郎一名。十七日，左散骑常侍李怀远去世。冬十月九日，车驾返回京师。二十八日，皇上从东都回来。十一月五日，大赦天下，跟从皇上行的文武官员勋位升一等。改河南为合，洛为永昌，嵩为登封，城为告成。十八日，兼秘书郑普思犯妖逆之罪发到儋州，他的党羽都被杀。十二月九日，突厥王默啜侵灵州鸣沙县，灵武军大总沙吒忠义率军迎击，官军大败，死亡三万人。不久，突厥攻原、会等州，掳掠陇右牧一万多匹而去。十四日，皇上招募能够斩默啜的人，封给他诸卫大将军之职。十六日，因为突厥侵犯边境，京师旱，皇上命令减少膳，撤去音乐。河北大，大饥荒，皇上命令侍中苏瑰问救济。二十六日，特、尚书左仆、兼安国相王府长史、芮国公豆卢钦望为开府仪同三司，依旧任平章军国重事；尚书右仆兼中书令、主持兵事、齐国公魏元忠为尚书左仆兼中书令，仍旧兼兵事。这年冬天，发生瘟疫。

神龙三年(707)正月一日是朔日，皇上不接受群臣朝会之礼，因为丧事未到两周年。十一日，因为突厥默啜侵边界，诏令招募勇猛之士、武艺超群者，可自荐，内外群官各个献破灭突厥的策略。十七日因为旱，皇上亲自审查并记录囚犯的罪状。三十日，派武攸暨、武三思前往乾陵向武则天皇后求雨，不久降雨，皇上大为动、喜悦。

二月二日，诏令武氏崇恩庙依旧祭祀，仍旧设置五品的令和七品的丞，其他的昊陵、顺陵设置令、丞和崇恩庙一样。十三日，赠予太师、酆王庙号为褒德，陵墓号为荣光，设置六品的令，八品的丞。二十七日，改中兴寺、中兴观为龙兴寺、龙兴观，内外官员不能再说“中兴”二字。二十二日，皇上驾到安乐公主住宅。三月，吐蕃赞普派遣大臣悉董贡献土特产。这年天，从京师到山岳瘟疫行，人民死亡很多。河北、河南大旱灾。夏四月十四日，以嗣雍王守礼之女儿为金城公主，下嫁给吐蕃王赞普。二十三日，皇上驾到荐福寺，特别赦免雍州囚犯。

五月一日，左屯卫大将军兼检校洛州长史张仁。。为朔方大总，以防备突厥。九日，突厥默啜杀唐使者臧思言。六月一日，有日蚀。二十二日，姚辒讨击使、侍御史唐九征打击姚州反叛的蛮夷，攻破了他们，俘虏了三千人，于是在当地刻石记功。这年夏天，山东、河北二十多州大旱灾，饿死和瘟疫死亡的人数千，皇上派使者赈济抚恤他们。

秋七月五日，皇太重俊与羽林将军李多祚等人率领羽林军一千骑兵中的三百多人，杀了武三思、武崇训，于是引兵从萧章门斩关锁。皇上惶恐急速登玄武楼，重俊带兵到玄武楼下，皇上亲自在殿堂前檐下的平台上告诉众兵不要反叛，众军于是散去，皇上杀李多祚。重俊逃到。。县，被下所杀。八日，大赦天下。八月十一日，改玄武门为神武门，玄武楼改名为制胜楼。二十一日，左仆兼中书令魏元忠请求辞官，皇上授给特的加官。

九月二日，兵尚书、郢国公宗楚客，左卫将军兼太府卿纪讷都任同中书门下三品；吏侍郎兼左御史台中丞萧至忠为黄门侍郎兼左御史中丞、同中书门下三品；中书侍郎、东海郡公于惟谦任国祭酒，罢免知政事。五日，上皇帝尊号曰应天神龙，皇后尊号曰顺天翊圣，大赦天下，改元为景龙。东、西两京文武官员，三品以上官员爵加一级，四品以下官员加一阶，外官勋位升一等。

景龙元年(707)九月九日，特魏元忠降职为务川县尉，说他与重俊串通谋谋反。

二十五日，侍中兼左御史台大夫杨再思为中书令，吏尚书韦源、太府卿纪讷都任侍中，侍中苏瑰为吏尚书。二十七日，改左右羽林卫兵一千骑兵为一万骑兵，仍然分为左羽林卫与右羽林卫。