皇帝到达渭北，韩建持要皇帝到华州。克用对延王说“：祸患始于当初当断不断，实在是皇上自己招来的。”李存信攻魏，葛从周领兵三万来救，战于洹上。汴州人夜里在野外挖许多坎，引克用军追击，克用之落落连跌坎中，克用来救，也陷落。追兵赶来，克用杀汴将乃得脱。存信已迫近魏城，克用与之合力。罗弘信派捉生迎战，败。克用追及外城，破城后回。于是，陕州王珙攻河中，李嗣昭援王珂，二战二胜，王珙之围解。

皇帝派延王持节到太原，对克用说：“不用你的建议，致有今日之难。现在我寄居华州，百司群官没一个可信托的。

除了你，谁还能与我分忧？否则，我再也见不到宗庙了。”王到太原，克用留王一个多月。每次宴饮，王都向克用敬酒，陈述国事，涕泪涟涟，希望能动克用。那时刘仁恭盘踞幽州，对克用离心，克用几次召用他的兵都不应允。克用写信责备他，仁恭将信丢在地下，完全背弃克用。

因此克用添了幽州之患，只得好言辞谢延王，不再有西去之意。不久，克用带兵屯驻蔚州，恰逢大雾迷漫。刘仁恭来战，克用大败，退走太原，大将很多战死。

朱全忠夺得邢、磁、氵名三州，茂贞估计克用伤了元气不可能师。于是与韩建假意与克用修好，写信给他。说皇帝在外多年，要克用共同修建室迎回天。当初，皇帝避难石门，殿遭焚毁，及至岐人李茂贞再次叛逆，连闾里市肆都遭焚毁。城自黄昏至夜杳无人迹，只有狐狸哀鸣。皇帝到华州西溪，远望旧京方向，必泫然泪下，左右亦凄怆哽咽。此时王建正窃据两川，茂贞控制王建，无暇东顾。朱全忠则修缮洛室。茂贞约克用共同力，克用不能推卸，资助修建。

光化初年(898)，皇帝回到京师，诏克用与全忠和解。宰相徐彦若、崔胤也都劝解。克用虽然威势已折，但仍以自己功位在全忠之上，不肯先低。那时王。。与汴州全忠已言和，克用送信给王。。，让他代自己表达意思。全忠即派使者送信及礼品，十分恭敬，克用也同样答礼。然而全忠军日益猖狂，争战不已。

王珙请汴兵攻河中，克用派李嗣昭、张汉瑜援河中，汴兵退。葛从周取承天军，氏叔琮取辽州、东平，驻榆次。克用派周德威将他赶走。李嗣昭率三万人下太行，攻河内，怀州，攻河。汴军阎宝来救，嗣昭退兵守怀州。天复元年(901)，朱全忠攻取晋州、绛州，迫河中。王珂告急，然汴军扼制路，晋兵不得来。于是王珂被虏，珂妻是克用之女，也不能救。朱全忠乃据有河中，克用朝见贡献之路被阻。

全忠知克用窘困不振，乃大举攻太原，分派锐将氏叔琮等率领魏博、兖郓、邢氵名、义武、晋绛之兵围攻，晋城邑大都被攻克。遇天大雨，汴兵缺粮，士兵又传染疾病，乃解围。克用虽心中郁愤，但觉全忠盛难与争胜，于是送重礼，请修好。全忠乃攻取同州、华州，屯兵渭上。

皇帝避到凤翔，李茂贞、韩全诲请皇帝召克用护卫，克用派使者从小路奔回。

并写信给全忠，劝他回汴州，全忠不答。

克用率兵前往平，攻吉上堡，在晋州攻破汴军。李嗣昭、周德威攻下慈州、隰州，驻河中。汴将朱友宁以十万兵驻军晋州南，全忠自己屯驻晋州。晋州人听说全忠兵来都大惊失。那时有虹贯穿德威军营，氏叔琮近城堡猛攻，晋兵大败，兵械辎重全都丢失。朱友宁长驱攻取汾、慈、隰三州。而围困太原，攻西门。德威、嗣昭沿山边带领余众归来，克用惊恐，带领士兵筑工事拒守。暗中与嗣昭、德威商议打算投奔云州。李存信说“：不如去倚靠北蕃。”国昌妻刘氏对克用说：“听说王准备弃城蕃，是真的吗？谁的主意？”克用答“：存信等建议。”刘氏说：“他是个牧羊，怎会有谋远虑。王常笑王行瑜轻易弃城，终致死。你为何蹈他覆辙？况且王前居鞑靼，几乎送命。现在一旦城，祸患接踵即来，还能到达外么？”克用醒悟，弃城计作罢。几天后，走散的士兵渐渐回来。

嗣昭夜晚去偷袭友宁营，汴人惊恐，退走。德威追敌，到达白关，再收复慈、隰、汾三州。天复三年(903)，克用攻晋州。听说皇帝从凤翔回京师，乃退去。

云州都将王敬晖杀刺史刘再立，将地送刘仁恭，李嗣昭讨伐王敬晖，仁恭援助敬晖，嗣昭驻扎乐安。正准备战，仁恭与敬晖弃城去。

皇帝东迁洛，诏书到太原。克用泪对下属说“：皇上再也不会回来了。”

派使者驰往行问安。不久加号克用为“协盟同力功臣”李茂贞、王建与。。州的杨崇本都派使者来约发兵举义旗。克用环顾众藩镇，都是倚附朱全忠的，不可能一心举大事，只有契丹阿保机尚可用，于是婉言召他。阿保机亲自到云中，与克用相会，约为兄弟。停留十天才去，送他千匹，羊以万计，相约冬天渡河行大事。适遇昭宗被害，义举作罢。天复四年(904)，王建、李茂贞约克用声讨全忠，王建率康晏人两万与克用监军张承业会于凤翔。那时全忠的将领王重师守长安，刘知俊守同州。在长安西与义军战，王建兵败，义军后不振。