采纳这意见。郑畋认为这损害国家威望，不同意，就极力争辩，以至于互相对骂。卢携发怒了，一甩袖要离开，衣服飘到砚台里，就向郑畋甩过去。皇帝因宰相争论辱骂，不能群臣的表率，就把他们都罢了官，任命郑畋为太宾客，分洛分署。不久又召回任命为吏尚书。

第二年，他担任凤翔、陇西节度使，召募了五百兵，号称“迅雷兵”，辖境中盗贼不敢闹事，闹事就被抓住了。遇上黄巢攻占了洛，他派兵去守卫京城，用家中财产犒劳征士兵，他妻亲自军装供应兵将。皇帝逃到梁州、洋州去，郑畋在斜谷拜见皇帝，哭着说：“文武官员害了国家，我请求被死来警告失职的。”皇帝劳打发了他，并说：“您守好反贼兵的关，不让他们往西边来。”

郑畋说“：在这艰难的时候，碰到机会和急情况，不能请示，请求允许方便理事务，我将用生命报效国家。”皇帝说：“只要对国家有利，没有不行的。”郑畋回去后，召募士兵，修理兵，修缮城池，派到梁州去的使者一个接一个。不久黄巢的使者来了，众将都想投降黄巢，郑畋劝告他们不能这样，当下拿所有财产，请求放他离开，他们也不同意。黄巢使者在军中宣布他们的赦免命令后才离去。

第二天，皇帝的使臣来了，郑畋召来监军袁敬柔用君臣之义劝告众将，他们才听从了命令，一起取血宣誓。郑畋派儿郑凝跟随皇帝，皇帝下诏提升他任同中书门下平章事。反贼的将领又来了，郑畋在军营中把他杀了，他的同伙几百人都被抓获死了。后升任检校尚书右仆、西面行营都统。有诏允许他在军中任命官员，他就任命过去的灵武节度使唐弘夫为行军司。

中和元年(881)，反贼将领王。。率三万军队来攻，郑畋派唐弘夫设埋伏等待他们。王。。心里轻视郑畋文弱，放任步、骑兵击鼓前，郑畋派几千锐士兵抵挡敌军，稀疏列阵多树旗帜，占据击鼓，敌军不知兵力多少，敌阵没列好，伏兵杀，敌军都了。到傍晚，唐军从四面合围，在龙尾坡激战，杀敌两万颗，尸堆积了几十里，缴获了很多铠甲械。王。。逃跑了，他把王。。的儿抓住杀了，军威震动了京城。当时各地军队在关中还有几万人，没人指挥，郑畋把他们召去，劳优厚并和他们结。于是和泾原节度使程宗楚、秦州节度使仇公遇、。。延节度使李孝恭、夏州节度使拓跋思恭约会盟誓，向全国发檄文。当时皇帝的命令没从剑门发，各地认为皇帝力量衰弱，不能再振作了，到郑畋的檄文到了，远近到震动，都招兵想建功，派人到皇帝驻地问候。黄巢很害怕，不敢打西的主意。在这时，没有郑畋，皇帝几乎危险了。皇帝听到捷报后说“：我对郑畋了解不够，儒生竟然这样勇敢！”

唐弘夫攻占了咸，乘筏运兵渡过渭河。敌军埋伏军队假装逃跑，唐弘夫和程宗楚乘战胜攻京城城门，被敌军消灭了。郑畋多次下令不要轻率兵，两人不听从，果然战败了。郑畋命。。延、夏州军队驻扎在东渭桥。他两次升官后任司空、兼任门下侍郎、京城四面行营都统，被赐御袍犀带。他任官后没有庆贺。

行军司李昌言驻扎在兴平，派下请求担任南面都统，立刻率军郑畋的官府。郑畋没提防被袭击。登上城楼好好对他说：“我正要到朝廷去，您能够镇抚军队护人民，为国家消灭反贼吗？如果能，就任这职务吧。”他于是将军队来离去了。李昌言自封留后，护送郑畋离开防区。走到半路，郑畋心里惭愧，就称病辞职。有诏任命他为太少傅，分洛分署，就便在兴元治病。

第二年，把他召到皇帝驻地，命王铎带兵，又任命郑畋为司空、门下侍郎、同中书门下平章事，军队事务都听他的。