，秦王李世民、齐王李元吉征讨刘黑闼。十七日，刘黑闼攻陷邢州；十八日，攻陷魏州，总潘毅殉难；十九日攻陷莘州。二十日，改封李元嘉为徐王。

武德五年正月初三，刘黑闼攻陷相州，刺史房晃殉难。初四，殷恭邃归降。初五，济州别驾刘伯通抓了本州刺史窦务本，反叛投靠徐圆朗。初八，东盐州治中王才艺杀了刺史田华，反叛投靠刘黑闼。十四日相州百姓杀了本州刺史独孤彻，将相州归附刘黑闼。二十七日，杨世略、刘元归降。

二月，王要汉归降。十七日，秦王李世民攻克邢州。二十五日，刘黑闼攻陷氵名，总罗士信殉难。二十六日，汴州总王要汉在杞州打败徐圆朗，俘虏周文举。

三月十七日，谭州刺史杀了齐州都督王薄。二十六日，秦王李世民在氵名打败刘黑闼，刘黑闼逃突厥。蔚州总开反叛，攻打易州，刺史慕容孝殉难。

四月，梁州野蚕结茧。冉安昌归降。初八，宁长真归降。十七日，释放判放罪以下的罪犯，令其收割麦。二十一日，代州总李大恩与突厥军战殉难。二十七日，邓文归降。

五月，田留安归降。初九，瓜州人王杀了贺行威归顺朝廷。二十四日，朝廷赐予荆州本年的田租。

六月初一，刘黑闼与突厥侵掠山东。车骑将军元绍任瓜州行军总，以防御突厥。初三，吐谷浑军侵掠洮、旭、叠三个州，岷州总李长卿击败寇军。初五，淮安郡王李神通讨伐徐圆朗。

七月初五，建造弘义。十五日，淮郡王李玄任河北行军总，讨伐刘黑闼。贝州人董该反叛，将定州归附刘黑闼。十七日，突厥在白杀了刘武周。迁州人邓士政反叛，抓了其刺史李敬昂。十八日，冯盎归降。

八月初一，安葬隋炀帝。初四，吐谷浑军侵掠岷州，益州行台左仆窦轨击败了它。初五，突厥侵犯边境。初十，皇太李建成赴豳州，秦王李世民赴秦州，以抵御突厥。十九日，吐谷浑军攻陷洮州。并州总、襄邑郡王李神符在汾东与突厥军战，打败突厥军。二十八日，突厥军攻陷大震关。

九月十五日，灵州总杨师在三观山打败突厥军。十八日，洪州总宇文歆在崇冈又击败它。二十四日，定州总双士洛、骠骑将军魏仁在恒山之南，再次将其击败。二十八日，领军将军安兴贵再一次在甘州击败突厥军。刘黑闼攻陷瀛州，刺史匡武殉难。东盐州人君德反叛，将本州归附刘黑闼。

十月初一，齐王李元吉讨伐刘黑闼。初五，贝州刺史许善护在俞阝县与刘黑闼战，殉难。初六，观州刺史刘君会反叛，投靠刘黑闼。十七日，淮郡王李玄在下博与刘黑闼战，殉难。二十一日，林士弘归降。

十一月初三，刘黑闼攻破沧州。初七，皇太李建成讨伐刘黑闼。十九日，祖去宜州。二十六日，在富平北原打猎。

十二月初九，祖在万寿原打猎。十一日，刘黑闼攻破恒州，刺史王公政殉难。十三日，祖从万寿原回到京城。二十五日，皇太李建成在魏州打败刘黑闼。二十七日，在州再次击败刘黑闼。

武德六年(623)正月初三，刘黑闼的将葛德威抓了刘黑闼归顺朝廷。初六，。。州人王娑反叛，骠骑将军卫彦讨伐他。十四日，徐圆朗攻破泗州。

二月，刘黑闼被死刑。初四，祖亲临温泉；初六，在骊山打猎。初八，自温泉回到京城。二十日，行军总李世责力打败、并俘虏了徐圆朗。

三月，苗海、梅知岩、左难当归降。二十九日，洪州总张善安反叛。

四月初四，吐蕃军攻破芳州。十四日，祖以旧日府宅通义，在原陵庙祭祀先父元贞皇帝、先母元贞皇后；对京城的有罪人员施行赦免，赏赐丝织品给侍从官员。十六日，张善安攻破孙州，俘虏了总王戎。二十二日，南州刺史庞孝泰反叛，攻破南越州。二十七日，祖封儿李元王寿为蜀王，李元庆为汉王。二十八日，委任裴寂为尚书左仆，萧蠫为右仆，封德彝为中书令，吏尚书赵恭仁兼中书令、检校凉州诸军事。

五月十五日，吐谷浑、党项侵掠河州，刺史卢士良打败他们。二十八日，开依靠奚族侵掠幽州，长史王说击败了他。

六月二十三日，突厥军侵掠朔州，总满政打败了他们。朝廷对朔州施行分赦免。

七月初二，沙州别驾窦伏明反叛，杀了本州总贺若怀廓。二十五日，皇太李建成屯兵北方边境，秦王李世民屯兵于并州，以防御突厥来犯。