这决不是整顿防御的好办法。陛下不应该以宴安而自求逸乐，也不要喜听一些好听的话来求得自我安。”皇帝听了他的话后愀然地说“：我也认为我们的边防非常值得担忧。”王应麟说：“在没有发生事情以前就能够刻的忧虑，碰到事情发生以后就不会到害怕。希望陛下日日孜孜不倦地留心国家的防御工作，不要被手下人的某些甜言语所欺骗。”这时执政的丁大全非常忌讳人们谈论边事，王应麟对皇帝大谈边事因而遭到嫉忌，被迫罢了官。

但不久丁大全遭到了失败，王应麟被重新起用为通判台州。后又受诏朝担任了太常博士，并被提升为秘书郎，不久，又兼任沂靖惠王府的教授。由于彗星的现，王应麟应皇帝的诏命上疏大力揭发了国家执政和皇帝侍从以及台谏官的罪过，竭力论述了积累私财、推行公田的祸害。他又上书说“：我认为国家想办法应付天变不如先挽回人心，要挽回人心又不如先虚心接受臣下和老百姓的直言。把天下人的都钳住，打击敢于仗义直言的臣民的锐气，怎么能够对付天变？”当时敢于直言的官吏因免了当权大臣的意旨，都遭到了贬谪和打击，所以王应麟向皇帝谈到这件事情。王应麟被迁任著作佐郎。

度宗即位，王应麟暂时兼任了礼郎官，负责草拟百官表。旧的制度规定，请皇帝听政，要草拟四个表呈上；皇帝一夕降临，宰相宣谕皇帝的圣旨要增撰三个表，王应麟拿起笔来一下就都写好了。丞相总护回，辞位的表要拟三，使者站在那里等着，王应麟却一下就写好给了他。当时的丞相对王应麟的才能非常惊服，于是正式委任王应麟兼礼郎官，并兼直学士院。

廷鸾知贡举，朝廷令王应麟兼权直，没有多久，又命令王应麟兼崇政殿说书。后迁任著作郎，掌军少监。王应麟在经筵为皇帝讲经，恰值当日下大雪，皇帝问他这有什么典故，王应麟以唐朝李峤、李艱等应皇帝诏命写应制诗的事情对，并因此向皇帝言：“现在雪过多，老百姓生活非常困苦，在饥寒迫之中，皇帝应该心存仁，并谨以此召天地。”他后来被迁调任将作监之职。

有一次皇帝视朝，对王应麟说：“学问的一定要见古人的心思才行。”王应麟说“：一个人严格要求自己，恭恭敬敬地警惕畏惧，遇事不敢怠慢和彷徨，时时刻刻克勤克俭，不要放纵自己和贪图安逸，勉自己以统率群下，事决果断，这就是古人的心思。然而一个人在取舍之间容易忽略于细微末节，兢业的时候每每忘情于游衍和自恣。”皇帝夸奖和采纳了他的意见。没隔多久王应麟又对皇帝说“：为人君的应该注意防止还没有产生的望，保存还没有泯灭的诚心。”他被提兼侍立修注官，暂时代理直学士院，又调任秘书少监，他上疏论述市舶司的问题，疏被留在朝中不答复。

碰上贾似任平章事，原来的宰相叶梦得、江万里都请求去职，贾似也要求去职。王应麟在向皇帝上奏章时指，孝宗的时候有一年多的时间没有宰相，而且请求皇帝立即用这件事情来晓谕三个人。贾似听到王应麟这些话，心里非常气恨，他对包恢说：“我去掉像王伯厚这样的朝中官员太多了。但是王伯厚这人素有文学盛名，我不想让天下的人都认为我贾似排挤名士。不过王伯厚这人自己也应该好好想一想，他应该自己稍加自我贬损，不要遇到什么事情总是！”包恢把贾似的话转告了王应麟，王应麟笑着说：“我认为犯宰相的祸小，辜负皇帝的恩罪恶才大。”后王应麟调为起居舍人，兼暂时代理中书舍人。这年冬天发生了雷震，王应麟向皇帝上疏说：“十月的雷震，只有东汉才几次现，这是由于国家命令不专一，恶的人相继并，卑贱的人权力超过了贵的人，外欺侮内的结果。陛下应该廓清天君，谨守天命，察天德，以挽回天心。要知，要守住既成的事业，就必须效法祖宗，要治理好国家，就必须平时聚集威福。”贾似听说了这些话，决心要想办法排挤王应麟。

王应麟写了奏疏从侧门直接向皇帝奏对，他认为皇帝用人没有什么比先分清楚君和小人更为重要的了。他刚刚奏完把奏疏笼在袖里在朝班中等待，台谏官就急忙上疏对他行驳斥，从此二史直前向皇帝奏事的制度就遭到废除。王应麟也被以秘阁修撰的名义主崇禧观。

很久以后，王应麟又被起用为徽州的知州。他的父亲王扌为曾经当过徽州地方的长官，因此众父老都说：“他是清白太守的儿呀！”王应麟在徽州任上决地打击豪，减少贫民的租税，老百姓都非常兴。

后王应麟被召为秘书监，又暂时代理中书舍人，他决辞谢，但皇帝不准。后他又兼国史编修和实录检讨，并兼侍讲。既而又调任起居郎兼暂时代理吏侍郎，他上疏指斥成败逆顺的说法，并且说“：国家现在所依靠的是长江，而襄樊是它的咽，应该赶对这里的防御行研究讨论，不能再继续耽搁。可是我们现在的朝廷中却从从容容地完全跟平时一样，毫无一着急的样，要知时机一失就不会再来，在现在这样的形势下，我们怎么能够苟且偷安？”当时朝中的大臣没有一个人敢以边事言的，所以皇帝对王应麟的奏疏非常不兴。贾似也就因此再一次地策划斥逐王应麟，恰巧碰到王应麟的母亲死而去官。