。第二年，又在乔村打败李。。，攻下东海、石圃等城邑。又第二年，李。。投降，迁徙三城的民众到通州、泰州之间。又攻破蕲县，杀死守将。

李芝初到扬州的时候，扬州刚刚遭受灾，房屋全被烧毁。扬州依靠盐业获得利益，而制盐亭大多逃走，公私盐业都很萧条。李芝全贷给民众所负的欠款，借钱给他们修房，房成后又免除了他们所借的钱，共一年，官府民居都修好了。开凿运河四十里到金沙、余庆盐场，以节省车费运输。同时还疏浚其他运河，放免亭负盐二百多万。产盐民众没有车运的劳苦，又能够免除所负的盐债，逃去的人都跑回来了，盐业之利于是迅速兴盛。起初，平山堂鸟瞰扬州城，大元兵至时，就构筑望楼在其上，摆开车弩以城中。李芝于是修筑大的城墙围起来，募集汴京以南的民二万多人充实城中的人，有诏令命为武锐军。又大修学校，教以《诗》、《书》，俎豆，与士大夫们修行习之礼。郡中发生旱灾荒，即命令打开官库，库藏不足就以自己的私人财产来赈济灾民。扬州的民众恩德，敬之如父母。刘。。从淮南京朝，理宗皇帝询问他淮南的事情，刘。。回答说：“李芝老成谨慎，军民相安。现在边防不到惊惧，百事都已好准备，都是陛下委任的人选所取得的成效。”

咸淳五年(1269)，北方元兵围攻襄，战事急，夏贵援襄，大败于虎尾州；范文虎调集各路兵丁再次援襄，又被打败，范文虎以轻舟小船得以逃走，兵卒大，士卒掉汉被溺死者很多。冬天，朝廷命李芝以京湖制置大使督师援襄。范文虎听说李芝到襄，送信给贾似：“我率兵几万人攻襄，一战即可平敌取胜，只是不要让我听命于京湖制置使，事成则功劳归功于恩相。”贾似为此兴，即任命范文虎担任福州观察使，其军队也由他统帅。范文虎每天带着漂亮的小妾，走击。。在军中为乐。李芝多次想兵，范文虎回答说“：我派人取旨令还没回。”第二年六月，汉泛滥，范文虎不得已才令兵，军队还没到鹿门，中途就逃走了。李芝多次亲自弹劾他请代替其职，没有批准，结果，丧失了襄。陈宜中请诛杀范文虎，贾似袒护他，只降了一级担任安庆府知府，而贬谪李芝及将苏刘义、范友信去广南。李芝罢官居于京。

不多久，大元兵围攻扬州，制置使印应雷暴死，即起用李芝担任两淮制置使。李芝请分淮南西路让夏贵率兵防守，而自己能专心防守淮南东路，获得批准。咸淳十年(1274)，筑清河，诏令为清河军。十二月，大元的军队攻下鄂州，度宗诏令天下的军队勤王，李芝首先派遣军队倡议从命。德。。元年(1275)天，贾似兵败芜湖，沿长江各州的将帅或降或逃，没有一人能守的。李芝率所军队守郡县城邑。李虎拿招降榜到扬州招降，李芝杀了李虎，焚毁了招降榜。总制张俊战，拿着孟之缙的书来招降，李芝焚烧了招降书，砍下张俊等五人的脑袋示众于市。而后调苗再成在南面作战，许文德在北面作战，姜才、施忠在城中接应防守。当时，拿黄金、丝帛、酒宴请犒劳将士，人人为之死战。朝廷也以督府的金银犒劳士卒，令加升李芝参知政事。七月，以知枢密院事征辟朝，调夏贵任扬州知州，夏贵没有到扬州，事情于是作罢。

十月，大元丞相伯颜临安，留元帅阿术驻扎镇江以遏阻淮南的军队。阿术攻扬州长久攻不下，于是筑工事长期围困扬州。冬天，城中吃尽，死的人满街都是。第二年二月，饥荒更加厉害，赴濠自杀的人每天几百，路上有死的人，众人都争相割他的吃，一会儿就完了。宋朝灭亡，谢太后与瀛国公为诏谕劝降，李芝登上城墙说：“我奉诏令守城，没有听说有诏谕投降的。”此后，两朝，到瓜洲，又诏令李芝说：“近来，诏令你纳钱款，长久没有听到你的回报，难你不知我的意思，还是想持自为牢圉呢？现在我与太都已经臣服于元，你还为谁守扬州呢？”李芝不回答他的话，令发箭弩杀来使，杀毙一人，其余的人都退走了。姜才兵想夺回两，未取胜，又关上城门驻守。三月，夏贵以淮南西路地降，阿术驱降兵到扬州城下让他们看，旌旗遍野，幕客中有用语言来试探李芝，李芝说：“我只有一死而已。”阿术的使者拿着诏令来招降，李芝打开门让他去后，就杀了他，把诏令放在城墙上烧了。而后，得知淮安州许文德、知盱眙军张思聪、知泗州刘兴祖都因为粮耗尽而降。李芝还搜括民间的粮粟以供应军队，粟吃完后，又令官人粟，粟又被吃尽，又令将校粟，杂以、麦。。一起吃，士兵有煮自己的儿的来吃的，还每天来苦战。七月，阿术请求赦免李芝焚烧诏令的罪行，要求他投降，有诏令一起送来。李芝也不接受。这个月，益王派遣使者以少保、左丞相的职务召回李芝，李芝令朱焕驻守扬州，与姜才率兵七千人东至海，到泰州，阿术率兵围剿他。朱焕以城降元，驱逐李芝的将士、妻儿女到泰州城下，副将孙贵、胡惟孝等开门投降。李芝听说有变，赴莲池，因浅而没有淹死。被抓住送到扬州，朱焕请示说：“扬州自从用兵以来，尸骨满地成堆，这都是李芝与姜才所造成的，不杀他们还等什么呢？”于是杀了他。死的那天，扬州的民众都伤心地下了泪。