石奏请皇帝让吕惠卿任参知政事，又要求召韩绛代替自己。二人持王安石制定的成法，没有丝毫改变，当时韩绛的绰号是“传法沙门”，吕惠卿的绰号是“护法善神”然而吕惠卿实际上是想自己掌握大权，害怕王安石重新回来当政，就乘办理郑侠案件的机会陷害王安石弟弟王安国，又兴起李士宁案件来倾覆王安石。韩绛觉察到吕惠卿的用意，秘密奏知皇帝请求召回王安石。熙宁八年二月，王安石再次被委任为宰相，他接到诏令后，立即兼程赴京。《三经义》写成，王安石加官为尚书左仆兼门下侍郎。任命他的儿王蚞为龙图阁直学士。王蚞推辞不就，吕惠卿劝说皇帝接受他的请求，因此王、吕间猜疑成仇更加明显。吕惠卿被蔡承禧弹劾，在家等待皇帝的理诏令。王蚞暗示御史中丞邓绾再次弹劾吕惠卿和华亭县知县张若济共同犯法谋利事，立案审查他们，吕惠卿被派任陈州知州。

十月，彗星现在东方，神宗下诏征求直言得失，以及询问政事之中不能与百姓相和谐的方面。王安石带领同朝大臣们上疏说：“晋武帝五年，彗星现在轸宿；十年，又有孛星现。然而晋武帝在位二十八年，与《乙巳占》所预言的日期不符合。这是因为天遥远，先王虽然有官方占卜的预言，但他所相信的仍是人为之事。天文的变化无穷无尽，上下牵附会，难就没有偶然的巧合？周公、召公，怎么会欺骗成王。他们说到中宗在位的时间很长，就说‘中宗谦虚谨慎，兢兢业业，用天命约束自己，勤于治民不敢荒废政事’。他们说夏、商两朝维持很长时间时，也说是由于‘施行德政’而已。裨灶预言火灾能够应验，想用祭祀求免灾祸，国侨不听他的意见，裨灶就说‘：不采纳我的意见，郑国又将会发生火灾。’国侨没有听他的意见，郑国也没有发生火灾。有像裨灶这样的人，未免荒诞，何况今天的占卜星象之人呢？现在传的占书，又是历代所禁止的，誊写讹误尤其不知有多少。陛下的品德至善至，不仅比商中宗更加贤能，而且周公、召公所说的话早已全看过了，哪里需要蠢人、盲人再有什么陈述。我听说两太后因为这件事而担忧，希望陛下用我们所说的这些理，尽力地开导劝。”神宗说“：听说民间极苦于新法。”王安石回答说“：冬天严寒，夏天暴雨，百姓尚且怨恨，这不用抚恤。”神宗说：“不能使冬天严寒夏天暴雨这怨恨也没有吗？”王安石听后很不兴，回家托病卧床，神宗安劝勉，王安石才上朝治理政事。他的同党计谋说“：现在不要选取皇上历来不喜的人迅速提重用，那会使自己变轻，这时就将有窥伺君臣间隙的人。”王安石同意这个谋略。皇帝兴王安石来执政，听从他的一切意见。当时军队征安南，密探得到安南的布，说：“中国推行青苗、助役法，使平民百姓十分贫困。我国今天兵，是要帮助拯救那里的百姓。”王安石恼怒，自己起草敕牍诋毁安南。

华亭案久久未能成立，王蚞把它给门客吕嘉问、练亨甫共同商议，他们取来邓绾所列举的吕惠卿的事项，夹杂在其他的皇帝下达的文书中，王安石不知这件事。省吏到陈州把这件事告诉了吕惠卿，吕惠卿报告给皇帝，并控告王安石说“：王安石完全抛弃了自己所学的先儒教诲，崇尚纵横家的末方法，违背君命假传号令，欺骗皇上，要挟君主。一年之间极力了许多恶事，纵然是古代丧失志行而倒行逆施的人，恐怕都没有这样的。”又揭发王安石在私人书信中写有“不要让皇上知”的话。神宗把这些材料给王安石看，王安石谢辞说没有这些事，回家问王蚞，王蚞说这些事的情况，王安石责备了他。王蚞愤怒怨恨，背上的痈疽发作而死。王安石公开宣布邓绾的罪过，说：“邓绾为我的弟求取官职及举荐我的女婿蔡卞。”于是邓绾和练亨甫都获罪。邓绾开始是以依附王安石而到谏官的，到王安石和吕惠卿互相倾轧时，邓绾极力帮助王安石攻击吕惠卿。神宗很厌恶王安石的所作所为，邓绾惧怕失势，多次留在皇上边，说话无所顾忌；练亨甫邪恶不厚，结奉承王蚞得到用，这时他俩都被贬斥了。

王安石再次任宰相后，多次托病请求离职，到儿王蚞死去，更是悲伤得不堪承受，极力请求解除枢要职务。神宗愈加厌恶他，罢免了他的宰相职务，任命他为镇南军节度使、同平章事、判江宁府。第二年，改任集禧观使，封舒国公。王安石多次乞求把自己的将相大印还朝廷。元丰二年，再次被任命为左仆、观文殿大学士。换官特，改封荆国公。哲宗即位，加封司空。

元。。元年，王安石去世，终年六十六岁，追赠他为太傅。绍圣年间，赐谥为“文”，享神宗庙。徽宗崇宁三年，又享文宣王庙，位次排在颜回、孟之后，追封为舒王。钦宗时，杨时有议论，皇帝下诏停止王安石在文宣王庙享。宗采纳赵鼎、吕聪问的意见，停止王安石在宗庙享，并削去他的王位封号。

早先，王安石诠释《诗》、《书》、《周礼》，写成后，颁布到学舍，天下称为《新义》。晚年居住在金陵，又撰写《字说》，书中多有穿凿附会之。他的学说混合佛经、老庄的思想。当时学习的人，没有人敢于不传授学习他的《新义》和《字说》的，主考官只用它为标准来录取考生，士人不得自立新说，先儒解释经书的著作，一切废除不用。废黜《秋》这书，不把它列在学舍里，甚至戏地看作是“断简残篇的朝廷公报”

王安石还没有显贵时就已经名震京师。他不好奢华，自称是最为节俭，有时衣服脏了也不换，脸上脏了也不洗，人们都认为他这样很贤达。蜀人苏洵则说：“这是不近人情的法。像这人很少有不慝大恶的。”并作了《辨论》文以讥刺他，说他和王衍、卢杞是一类人。