即使官府钱雇佣男丁拉船，但当地人害怕这劳役，因此每年上供的军粮，不超过三百万。杨允恭将三路舟兵和运送的资全集中起来，让各州选择官吏，并全集中起来，杨允恭才照人员多少分发资。江、浙运送的东西，到达淮泗，再由淮、泗运送到京师，需费一年的时间，上供的资达六百万担。

淳化五年(994)，杨允恭转任西京作坊使，起初，产茶的地方，老百姓运输赋税全计算价值，然后由官府售，不分，全运送榷务。商人不肯售，时间一长就将这些茶叶烧掉了。杨允恭说“：竭尽老百姓的利益而夺取，聚集茶叶让它腐烂最后抛弃它，不是一好办法。”至(995～997)初年，刘式上奏建议请求废除长江一带的榷务，允许商人过长江，让他们自由卖私货。杨允恭认为长江沿岸各州茶叶新旧相杂，两河各州风土，各有适用之，不夹杂很多等级，就会使商人少利。请求照旧例在长江以北设置榷务，平均各等级，每年给予供给。此事下至三司，盐铁使陈恕等人认为杨允恭的建议正确，于是朝廷下诏遵从。就任命杨允恭为发运使，开始改“擘画”为“制置”，西京作坊副使李廷遂、著作佐郎王舆一起任发运使。

巢、庐江二县以往隶属庐州，路僻远盗贼没，老百姓输役劳命。杨允恭请求在二县建军，诏令许可，以无为军的数目为准。淮南十八州军，其中九州军为禁盐地，这样盐的价格比产盐之地要许多，老百姓从贩盐中获利，因而贩盐的人越来越多，以致有的拿着兵往来为盗。杨允恭认为应当统一执法，于是上奏请求全禁盐，由朝廷派遣官吏主持此事。此事下至三司，三司认为此事不行，杨允恭再三上奏此事，太宗才开始依从他。这年，得到了万之利。杨允恭与王舆、秦羲共同主盐茶之事，制定了许多条令法规，于是加以改变成为新法。

真宗即位，改任西京左藏库使。又上言川峡铁钱的弊病，说：“凡是老百姓的田税，从前纳铜钱一份的，现在也纳铁钱一份；官吏士卒的俸禄以往给一份铜钱的，现在给五份铁钱；用于易旅行，那么铁钱十份，相当于铜钱一份。老百姓的田税，以一抵十，国家损失九成，官吏士卒的俸禄，以五抵一，国家又损失四成；吏卒得到五份用掉十份，还是损失一半。臣下在先朝，曾经陈述过此事，希望变法来革除其弊端，太宗正在考虑这件事，恰逢盗贼李顺叛扰而没有施行。如今陛下继承先祖的大业，可以立即制定法令，以便老百姓不失去其所得。况且饶、信的铜，积聚了数千万两，如果派人运到荆州、蜀州，蜀州向来有很多铜，让夔州、益州、遂州各设置监官行冶炼，每年平均供给，不用十年，就全使用铜钱了。”上奏的建议虽然没有采纳，但从此以后吏卒的俸禄，开始改用十份铁钱换一份铜钱。

不久知通利军，兼任黄、御河发运使。恰遇议论减少西边境的驻兵，来减少转运之饷，诏令杨允恭与崇仪副使窦神宝、。。门祗候李允则前往经办，用图标郡县山川的形势。杨允恭于是建议说“：从环州到积石、灵武要七天的时间，军粮运输，有三办法。但用人用驴来运，运输十分麻烦而且费用费也很大，但运送的数量很少。不如用诸葛亮的木之制，用小车派士兵分站运送。第一车派四人牵引，派兵行保护，将武装在粮车上，盗贼来后则将粮车集中，集中士卒的力量，将盗贼防御在外。”这一提议立即被议者所阻止。又派遣他任职，再次奏议，江、淮盐铁使陈恕据理力争，诏令依从杨允恭的奏议，兼任康州刺史。

咸平(998～1003)初年，由于北边境卖没有固定的价格，朝廷命杨允恭主持平定价格，于是设置估司，铸造官印作为常制。王均叛，真宗担心南方聚集叛贼，命杨允恭为荆湖、江、浙都巡检使，内殿崇班杨守遵辅佐他，赏赐十分丰厚。第二年夏天，由于疾病告朝，朝廷派遣他的儿杨可乘车前去服侍。七月，在升州过世，终年五十六岁。赐予他第二个儿杨告同学究，资助丧钱二十万、绢百匹。又以钱五万、帛五十匹供给其家。命扬州官造第一区赐予杨允恭。

杨允恭有胆略才，能够用谋略捕贼。王小波叛，李顺之兄李自荣占据绵竹，士人大多被胁迫服从。杨允恭兄杨允升、弟杨允元，率领乡里弟齐力攻破他们，又替宋军作向导捉拿李自荣到剑门去献给官军。王继恩上表言其事，诏令赐予允升学究，授本县令，允元为什邡县令。第二年，奉召前往京师，朝廷授予杨允升右赞善大夫、杨允元大理评事。