发时，日本国的朝贡使者已抵达宁波。礼官员李至刚上奏说：“以往的惯例，番国的使臣中国时，不能私自携带兵卖给百姓。应敕令有关官府前去审查他们的船只，将诸违反禁令的人悉数解送到京城来。”皇帝说：“外国夷人前来贡，要履险蹈危，路途遥远，费甚多。他们有所携带以资费用，也是人之常情，岂能一概以禁令拘留他们。至于他们所私带的兵，亦允许他们以时价售，不应阻碍他们向化中国。”十月，日本国使者到，奉上国王源义的表文和贡品。皇帝以厚礼待之，派官员偕其使者一起回国，给源义赏赐冠服、钮金章和锦绮、纱罗。

第二年十一月日本国派人向朝廷祝贺册立皇太。此时对、台岐各岛有贼人抢劫沿海居民，朝廷就谕告日本国王捕捉贼人。国王发兵尽歼贼人，捉住了贼人魁首二十人，在三年(1405)十一月献到朝廷，并献贡。皇帝益发嘉励他们，派鸿胪寺少卿潘赐偕宦官王一起给日本国王赏赐九章冕服和加等的钱钞、锦绮，归还他们所献的贼人，让日本国自己置他们。日本使者到宁波，将这些贼首全放甑里，用火将他们蒸死。过了一年正月，皇帝又派侍郎俞士吉持印有玉玺的文书前去褒奖，给日本国王赏赐优厚的礼，封日本国的山为寿安镇国之山，皇帝亲自撰写碑文立于山上。六月，日本使者前来谢恩，皇帝又给日本国王赏赐冕服。五年(1407)、六年(1408)日本国频频向明朝廷献贡品，并将所抓获的海寇也献上来。其使者回国时，请求朝廷赏赐仁孝皇后所制的《劝善》、《内训》二书，皇帝命令将该二书各给一百本。十一月日本国再次贡。十二月，日本国的世源义持派使者前来报告其父的丧讯，朝廷派宦官周全前去吊祭，给日本国王赐谥号为恭献，并拿财资助日本国办丧事。同时朝廷又派官员持皇帝的敕令，封源义持为日本国王。此时海上又有倭人为寇的警报传来，朝廷再次派官员谕告源义持前去剿捕。

八年(1410)四月，源义持派使者前来谢恩，不久向朝廷献上所抓获的海寇，皇帝嘉奖了他。第二年二月皇帝又派王持敕令褒奖日本国王，并在日本收买货。日本国的君臣密谋阻止王回国，王偷偷地登上海船，从其他路逃回国。从此，他们许久不来贡。这一年，倭贼又侵盘石。十五年(1417)，倭贼侵松门、金乡、平。有人捕获了数十名倭贼，将他们解送到京城，朝廷大臣请求将倭贼予以正法。皇帝说“：以刑罚威吓他们，不如以仁德化他们，还是把他们放回去好。”于是命令刑的员外郎吕渊等持敕令谴责他们，让他们悔罪自新。同时让他们把掳掠去的中国人送回来。第二年四月，日本国王派使者随吕渊等人一起前来朝贡，说：“海盗纷繁，所以朝贡的使者无法到达贵国。至于到贵国为寇为盗的无赖鼠窃之辈，我也实在不知他们的所作所为。希望能宽免我们的罪行，容许我们朝贡。”皇帝认为其言词颇顺耳，答应了他们，仍像以前一样礼待使者，但海上盗贼仍然不绝。

十七年(1419)，倭贼的船了王家山岛，都督刘荣率兵急忙驻望海埚。倭贼数千人分乘二十只船，直抵雄岛，而包围了望海埚。刘荣的伏兵战，用奇兵切断倭贼的回路。倭贼便逃奔到樱桃园，刘荣合兵攻打，斩杀倭贼七百四十二人，活捉八百五十七名。皇帝召刘荣到京城，封为广宁伯。从此，倭贼便不敢窥视辽东。二十年(1422)，倭贼侵象山。

宣德七年(1432)正月，皇帝忽念四方的藩国都来朝贡，只有日本久不贡，便命令宦官柴山前往琉球，让琉球王转谕日本，同时赐给敕令。第二年夏天，日本王源义教派使者来朝贡。皇帝还报他们，赏赐他们白金和彩币。该年秋天，日本使者又至。二年(1435)十月因英宗即皇帝位，日本派使臣前来朝贡。

正统元年(1436)二月，日本使臣回国，皇帝给日本国王和王妃赏赐银币。四月，工上奏说：“宣德年间，朝廷给日本各国都颁发信符以便审，现今已经改变纪年，照例应当变更信符。”皇帝同意了。四年(1439)五月，倭贼乘四十艘船接连攻破台州的桃渚、宁波的大嵩二两个千所，又攻陷昌国卫，行大肆杀掠。八年(1443)五月，倭贼又侵海宁。此前，洪熙年间(1425)，黄岩的平民周来保和龙岩的平民钟普福因被徭役所困，叛逃到倭国。倭贼每次前来侵，他们都向导。这一次他们又引导倭贼犯乐清，先登上海岸侦察。一会儿倭贼离去了，他们二人留在村中乞，被抓获，以极刑，将其首级割下来抛于海上。倭贼情狡黠，不时在船上载土产和兵于海滨没，得到机会则举兵大肆侵掠，没有机会则把土产陈列在船上称自己是到中国来朝贡的，东南沿海各省都受其害。

景泰四年(1453)日本派使者贡，其使者到达临清时，掠夺居民的货，有位指挥前去诘问，几乎被他们殴打致死。有关官府请求将他们收执起来治罪，皇帝怕因此会失去人心，不答应。此前，永乐初年，朝廷曾诏令日本每十年献贡一次，每次献贡人数不能超过二百，船不能超过二艘，不能携带兵，违反者以贼寇论。于是皇帝赐给他们二艘船，作为贡之用，后来都没有遵守这个制度。宣德初年，朝廷又申定要约，贡之人不能超过三百，船只不能超过三艘。而倭人贪利，在贡之外所携带的私货是贡品的十倍，例都要给钱。礼官员上奏说“：宣德年间他们所贡献的硫黄、苏木、刀扇、漆等东西，当时的市价估算给以钱钞，或折成布帛予以支付，数量虽不多，但他们已获很大利益。现在若是仍沿习旧制，要付钱二十一万七千两，银价也是一样。请求皇上大减其价，只给他们银三万四千七百多两。”皇帝同意。日本使臣不悦，请求皇帝仍旧例付钱。皇帝下诏给他们再增钱一万两，他们还是嫌少，再请求增加赏赐品。皇帝又下诏增赐他们布帛一千五百匹，他们最终还是怏怏不乐地离去了。