个月，又占领了建昌。只有赣州孤零零地剩下在长江上，城中兵力也很单薄。益王府里永宁王朱慈炎招降峒贼张安(他的队号称龙武新军)后，这时收复了抚州。南赣巡抚李永茂于是命令副将徐必达扼守泰和，抗击大清队。没几天战败，退到万安，必达见到了永茂。永茂接着逃到了赣州。

八月，叛将白之裔万安，江西巡抚旷昭被活捉，知县梁于氵矣牺牲了。于氵矣，江都人。崇祯十六年(1643)士。当时唐王的诏书正好传到赣州来，永茂于是和杨廷麟、刘国升一起理军事。不久唐王召永茂回去当兵右侍郎，让张朝纟延来接替他。永茂刚上任就提元吉为兵右侍郎兼右副都御史，总领江西、湖广的各军，又召回了朝纟延，让同升接替了他。元吉到赣州时同升已经死了，朝廷就让元吉兼任江西巡抚。

顺治三年(1646)三月，廷麟将去朝见唐王，元吉代他守卫吉安。起初崇祯末年朝廷命令中书舍人张同敞调发云南队，这个时候来到了江西，两个京城已经相继失守，于是就退回到吉安来。廷麟留下他们一起守城，用待客的礼仪对待他们。他们的将领赵印选、胡一清多次立功，可是元吉对他们得很严，云南的将领慢慢地就不兴了。当时广东的队也赴援来了。新军将领张安本是汀州、赣州之间峒贼四营之一，勇猛善战，归降后建立过收复抚州的战功，并且把其他三营峒贼也招降了。元吉认为新军足可依赖，蔑视云南、广东的队，所以这两支队就人心涣散了。但是张安的士兵本来就是贼盗，住到赣州照旧侮妇女，抢劫财，派他们增援湖西时，一路所过之都被烧杀抢夺光了。到这时大清队来打吉安，其他各路士兵都在外无法忘家，不肯力战，新军还在湖西。所以吉安城里的队不战而溃，城就被打下了。元吉退驻皂，向赣州送去檄文极力讲述云南队弃城逃的罪行，云南队就脆往西边走掉了。四月，大清兵赶到皂，元吉无力防御，就躲了赣州城。大清兵乘胜开到了赣州城下。给事中杨文荐奉命到湖南去，路过赣州时就城和大家一起守御，赣州城中很大程度上依赖他了。文荐是元吉的门生。

元吉一向很有才，办事明勤快。等吉安失守后，士兵也不听命令了，他昏昏脑地坐在城墙上面，对将吏一言不发。河对岸大清兵营扎遍了山麓，他都说成是空营。有士兵或有百姓从大清兵营中逃到此的说起敌人力量大，元吉都指斥他们是间谍，把人给斩了。江西巡抚刘远生命令一个叫张琮的将领带兵增援湖东，等赣州之围急时远生亲自城到雪都去叫张琮。赣州人说“巡抚大人的军队逃跑了”，愤怒地烧了远生队的船，收捕了他的妻。不久远生率领张琮的队回城来，赣州人才十分地后悔了。张琮的队渡过河前，到梅林时中了埋伏，大败而回，到河边时为了争船很多人死在河里了。远生恼火极了，于五月初一渡过河再次战，他先士卒，遇上大批队的还击，他被抓住了，又逃了回去。以前派到湖西的新军听说吉安失守又回了雩都。廷麟亲自去邀请他们过来，在梅林与大清队战，又失败了，廷麟于是疏散了新军，自己城来和元吉一起守城。自从远生战败以后，各地援兵都不敢向前去战了。六月十五，副将吴之蕃带领广东兵五千人到来，城外的包围圈逐渐被解除，不久又把城给围了起来，赣州军民和以前一样行固守。

唐王听说赣州外围未下，就奖励、劳了这里的官兵，把赣州赐名为忠诚府，加封元吉为兵尚书，文荐为右佥都御史，派尚书郭维经过来支援。维经和御史姚奇元沿途募兵，招到八千人。元吉的将汪起龙率兵四千，云南援将赵印选、胡一青率兵三千，大学士苏观生也派来了这么多人，两广总督丁魁楚也派兵四千，廷麟又收集散亡，得了几千人。这些队先后来到赣州，在城外扎下兵营。诸将战，元吉要求等师来后一起攻。当时中书舍人来以谔招募了三千砂兵，吏主事龚盞、兵主事黎遂球招募了四千兵，都驻扎在南安不敢过来。主事王其。。对元吉说“：师将领罗明受是个海盗，凶暴难制，龚盞、遂球对他们就像慈母自己的儿一样小心。况且现在浅，大船开不过来，怎么能如约赶来呢？”元吉不听。到八月份，大清队听说师要过来，就在江面上夜截纵火，烧毁了他们八十艘大船，死人无数，明受逃回，船上的火药、兵全丢了。于是两广、云南队不战而逃，其他队也稍有逃散。赣州城里只剩下起龙、维经下的士兵四千多人，城外只剩下师后营的两千多人。参将谢志良在雩都拥兵万余不来援救，廷麟调广西狼兵八千人翻越山岭过来，这些狼兵也不肯赶赴援。恰好这时又听说汀州被打下了，人心更加震惊恐惧。

十月初，大清兵在向导引领下登上城墙，当地的民兵仍行巷战抵抗。黎明时分，大批队开来，赣州城终于被打下来。元吉与城共亡了。在这之前元吉禁止妇女走城门。他的家人偷偷把他的妾从城墙上缒下去，想逃走，元吉派人骑去追了回来，把家人捶打了一顿，所以城中没人敢逃了。到城陷落时，元吉的将把他护送到城外，元吉叹息说：“替我向赣州人说声对不起吧！使全城生灵涂炭的，是我啊，我怎么能独自活下去呢？”于是投自尽了，终年四十四岁。

杨文荐，字幼宇，京山人。由士担任兵科给事中。赣州城失守时，他正病得不能起床，被抓获后送到南昌，他粒米不，绝而死了。

张家玉，字元，东莞人。崇祯十六年(1643)士，改选为庶吉士。