之震惊。七月，史可法被提升为右佥都御史，巡抚安庆、庐州、太平、池州四府，以及河南的光州、光山、固始、罗田，湖广的蕲州、广济、黄梅，江西的德化、湖各县，负责督办军事，准予设立一万人的兵额。此时敌军已经向东攻占了和州、山、定远、六合，并犯天长、盱眙，向河南方向。可法奏请免除了灾区的田租。冬天，将汪云凤在潜山打败敌军，京城的军队接连攻占舒城、庐江，敌军逃往山中，当时监军佥事汤开远善于打击敌军，可法又东西驰援，敌军不敢正面锋。十一年(1638)夏，因为未能期平定叛军，朝廷责令他罪立功。

史可法材短小悍，面孔黝黑，双目炯然有光。他品质廉洁守信，能与下同甘共苦。行军途中，士兵没有吃饱自己就不先吃，士兵衣服没发下自己决不先穿，所以士兵都愿意为他力，他的军队相继在英山、六合两地打败敌人，顺天王也乞求投降。十二年(1639)夏，因岳父去世离职。除下丧服后，任右侍郎兼右佥都御史，接替朱大典总漕运，巡抚凤、淮安、扬州等地，弹劾罢免了三个督粮，增设漕储一人，大力疏通南河，使漕务大有整治。之后，调任南京兵尚书，参赞机密政务，由于武备长期松弛，可法奏上八条改革意见。

十七年(1644)四月初一，听说军犯北京的皇，可法誓师勤王。渡江抵达浦，听说北京陷落，皇上谢世，天下人穿孝服，为皇上祭奠。适逢南都讨论立君，张慎言、吕大、姜曰广等说：“福王朱由崧是神宗的孙，辈份、排行应当立为王，但是他有七大缺：贪、、酗酒、不孝、待下属、不读书、预官吏。潞王朱常芳是神宗的侄儿，贤良而且聪明，应当立为王。”用文书通报可法，可法也认为是这样。凤总督士英暗地与阮大铖商议，主张立福王，询问可法，可法把福王不行的七原因告诉他们。但士英已经与黄得功、刘良佐、刘泽清、杰发兵护送福王到仪真，于是可法等人前往迎接福王。五月初一，福王访孝陵、奉先殿，外住在内守备府，群臣上朝拜见福王，福王害臊想避开，可法说“：王不要回避，应当认真接受臣的朝见。”福王上朝后，开始讨论战守的问题。可法说：“福王您应当穿孝服，住于郊外，发兵北征，来向天下显示您一定要报国家之仇的理。”福王连声说是。第二天朝见之后，大臣们来讨论福王监国的事，张慎言说：“国虚无主，福王就此可以即皇位。”史可法说“：太生死不明，如果有一天太到南边来了怎么办？”诚意伯刘孔昭说“：今天已经说定了，谁敢再有更改？”可法说：“慢慢再说吧。”于是大家退。第三天，福王监国，朝廷推选内阁大臣，大家都推举史可法、弘图、姜曰广。孔昭揎拳攘臂想内阁大臣的行列，群臣用本朝没有勋臣阁的先例阻止了他。孔昭愤愤地说“：就算我不能，士英为什么不能阁呢？”于是又一并推举士英为内阁大臣，又讨论填补大臣的空缺，推选了郑三俊、刘宗周、徐石麒。孔昭推选阮大铖，史可法说“：先帝亲自定他为违逆案犯，不要再说了。”过了两天，任命可法为礼尚书兼东阁大学士，同士英、弘图是一起任用的，可法仍然掌兵的事务，士英仍然督军镇守凤，于是和北京过去一样又制定了京军制度，侍卫队和锦衣卫各军都列军队行练，锦衣卫东西两司房，以及南北两都的抚司官，不再全设立，以防止告密，安定人心。

这个时候，士英一天到晚想当首辅大臣。等到朝廷的命令发布后，他非常恼怒，就把可法以前列举福王不该立的七条理由呈给福王。然后带兵见福王，递上奏章就走了。可法于是请求统帅军队，外镇守淮、两地。十五日，福王即位。第二天，可法朝辞别，被加封为太太保，改任兵尚书、武英殿大学士。士英就在这一天朝值勤，讨论把江北划分为四镇，东平伯刘泽清辖淮、海等地，驻军泗，经理开、归一路。总兵官刘良佐统辖凤、寿等地，驻扎在临淮，经理陈、杞一路。靖南伯黄得功统辖滁、和等地，驻军庐州，经理光州、固始一路。可法动后，就派遣使臣寻访已故帝、后的灵柩以及太、二王所在的地方，并奉命前往祭告凤、泗二陵。

可法离开后，士英、孔昭等更加肆无忌惮。孔昭因为慎言推举吴生生，在大殿上闹闹嚷嚷，并持刀追杀慎言。可法听说此事派骑兵上书劝解，孔昭最终卡住不让任用吴生生。可法祭二陵完后，上书说“：陛下刚登位时，恭恭敬敬地拜见孝陵，哭泣之声足见您心中的悲哀，路上的行人也为之动。如果您亲自拜见凤、泗二陵，看到满目蒿莱，无鸣狗吠的凄惨景象。想必会更加悲愤。我希望陛下能善始慎终，居于大舒适的殿时，能想到东北皇陵中先帝魂魄不能安息；享受廷的餐时，能想到东北的皇陵中连麦稀饭都没摆上一碗；当得到瑞应之图、吉祥符。。时，能想到先帝储才防败，怎么还会忽然遭遇危亡？早朝晏席结束时，能想到先帝一生克俭克勤，怎么最终还是国破家亡？陛下如果办事小心谨慎，任何时候都不懈怠，已故皇上、皇后还有列祖列宗都会在冥冥之中帮助我朝中兴。假如晏乐、偏安于东南一隅，不考虑长远的策略，不辨贤人和人，决策不够灵活、明达，使老成的官吏离职而去，英雄豪杰裹足不前，列祖列宗在地下抱怨、担心，天命在不知不觉中他向转移，那么东南一隅也是无法保住的啊！”福王赞扬并回答了他。

得功、泽清、杰争着想要驻军扬州。杰率兵先到扬州边界，一路大肆掳掠，所经之地尸横遍野。城中开始惧怕，登上女墙守备，杰攻打了两个月。泽清也在淮上大肆掠夺。临淮不接纳刘良佐的军队，也遭到攻击。朝廷命令史可法前往劝解，得功、良佐、泽清都听从命令，于是，到杰那里去。杰一向惧怕史可法，听说可法要来，他连夜掘近百个土坑埋葬地面上的尸骸。第二天早上来到军营中拜见可法，脸和言辞都变了，汗浃背。可法却坦诚地接待他，跟他的偏将讲话也用温和的语气，杰喜望外，然而从这以后他也有轻视可法，开始用自己的优势兵力防护左右，文檄也一定自己过目后才肯传递。可法简单地把他们的情况上报给福王，又把他的兵力驻守在瓜洲，杰对此又非常兴。等他离去后，扬州得以安定下来，可法于是在扬州开设府署。