急忙要求作战。四川总兵官侯良、副使刘可训在五峰山、桃红坝和十万敌人遭遇，大败敌军。敌人奔到山上，各将乘雾大力攻，敌人又被打得大败。追击逃敌到红土川，安彦、奢崇明都投降了，时间是崇祯二年(1628)八月十七日。捷报传来，皇帝大喜。因为许成名和侯良争功，封赏很久没有实行。

乌撒安效良死后，他的妻招原沾益土著首领安远的弟弟安边为丈夫，顽固不肯服输。朱燮元乘胜利的军威威胁赶走了安边，于是收复了乌撒。朱燮元以为境内的盗大致平定了，不想再打仗了，于是发布檄文招降安位，安位犹豫不决。朱燮元集合将士讨论说：“西一带险而多丛林，雨雾茫茫，不分白天和黑夜，其地难以来。目前应当控制通要，从四面不停地攻击，敌人没有粮，将会被困死在里面。”于是围攻了一百多天，斩首一万多级。刘养鲲又派人大方，烧了他的房屋。安位非常害怕，崇祯三年(1629)天，派使者来乞求投降。朱燮元跟他约定了四件事：一、贬除官级，二、将外六目的土地划归朝廷，三、杀死王巡抚的人的首级，四、开通毕节等九座驿站。安位全都同意了，率领四十八人来投降。朱燮元受降，贵州也平定了。于是上善后疏说：“西从河以外，全都纳国家版图。沿河要害地带，微臣筑城三十六所，近控蛮苗，远联滇、蜀，都建立旅馆，修好邮亭，修建了仓库，贼人一定不敢冒犯攻的，鸭池、安庄靠近河边可以耕的土地，不下二千顷，人们耕土地可以自给，土地产盐、酪、羊、菱茭等产。各将士经数百战，都希望得一土地来抚养自己的孙，请求皇帝割取新占领土地封给他们，让他们知报答皇帝的恩典。”皇帝同意了。

当初，奢崇明、安彦的死，实际是四川将领的功劳，而贵州将领却争功。朱燮元很有些袒护贵州将领，多次向朝廷报告，被四川巡抚御史如蛟弹劾了。朱燮元极力请求辞职，皇帝安挽留他。这年冬天讨平定番、镇宁叛的苗民，于是开通了威清等上六卫和平越、清平、偏桥、镇远、四卫的路，总共一千六百多里，修缮亭障，设置游动的巡察。贵东北有洪边十二，是原宣使宋嗣殷的领地。宋嗣殷因协助安彦而被剿灭，于是在他的领地设置开州，又奏请恢复原施秉县，招集民充实它。

崇祯四年(1631)，阿迷州土官普名声叛，攻陷弥勒州曲江所，又攻临安和宁州，远近震动。巡抚王伉、总兵官沐天波抵抗不住，王伉被抓获。朱燮元派队攻，于是投降了。

龙场坝邻近大方，安彦把它送给奢崇明。奢崇明被消灭后，总兵侯良想派队屯守来扩大自己的地盘。而安位认为原是自己的土地，多次发动军队争夺，朱燮元不禁止他们。正好朱燮元弹劾侯良不称职，侯良也攻击朱燮元有意庇护安位，接受他的重礼。疏章给四川巡御史刘宗祥。刘宗祥也揭发朱燮元受贿，还认为龙场、永宁不设置城邑、卫所是欺骗行为。皇帝以此责备朱燮元。朱燮元于是上疏说：“驾驭土著的办法，来降就安抚他们，不一定要用武力解决。现在西已向国家求和，我们的任务只是划定他们的疆界，让他们自己田放牧，来缴纳国家赋税，假若派官屯兵，这一带地方四面悬隔，中间被河限制，对相互呼应支援不利，筑城邑防守渡，运费烦多。况且这样一来对内会激发蔺州的死斗，对外又挑起扼制西咽要的嫌疑，战争一旦发生，不能够轻易停止，这不是国家的长远打算。”皇帝还没有同意。后来勘查那一带地方，果然跟朱燮元说的一样。讨论桃红坝的功劳，提升为少师，世代荫封锦衣指挥使。一品官六年满朝，加封左国。再次讨论平定叛的功劳，世代荫封锦衣指挥佥事。

崇祯十年(1637)，安位死，没有后代，同族的人争着袭位。朝廷议论又想在那里设置郡县收归国有，朱燮元极力争论。于是传令土著首领，宣布皇上的威德。各土著争相纳土地，献重。朱燮元于是划分土地，分封给各蛮民。又上疏说：

“西有宣使的土地，有各人的土地。宣使所有的公有土地，应该还国家，各人的私有土地。应该给他们分别把守，登记他们的，征收他们的赋税，风俗不同但心向朝廷，等于是国家登记在册的人民。大方、西溪、谷城、北那险要的地方。筑城派兵把守，足以制止叛。西南边境，都是荒服，杨氏在播州造反，奢氏在蔺州造反，安氏在西造反。云南的定番，是一个小州。有十七个长官司，数百年来没有人造反。并不是其他苗民喜叛，而是定番人情忠顺，土地太大成了土著飞扬跋扈的资本，势力弱小就只有保全自己了。现在微臣分割西的土地，将它分封给土著首领和有功的汉人，让他们世世代代守住土地。废除所有的苛捐杂税和残暴政治，参照统治汉人的办法，可以使这里长治久安。”

于是陈述这样的九好：

“不设郡县设置军卫，顺应当地的习俗，土著汉人平安相，是好之一。土地得到一步开垦，落日益繁盛，疆界已经划定，土著目不能随便侵吞百姓的土地，是好之二。贵州土地荒凉贫瘠，仰给于外省。现在自其地，减免了运输粮的劳苦，是好之三。有功劳的将士，赏赐给金钱则国库会空虚，赏赐给官爵则贬低了爵称，赏赐给土著的田地，对国家并无损害，是好之四。既然世袭他们的封土，各自为他们的孙长远打算，就不会发生叛，是好之五。让他们大小相维持，轻重相制约，没有事情时便和平相，一旦现事变就派兵制止，是好之六。训练民兵，在河上显示武力，使贼人的残余分不敢有非份之想，是好之七。军民愿意耕田的就给他田地，一边耕田一边防守，卫所自其力，没有勾结军队的弊病，是好之八。军队耕田作为军饷，农民耕田纳赋税，用屯田来督促农耕，不局限他们的籍贯份，用农耕来聚积人民，不让他们世袭的军人，是好之九。”