攻击周起元，更加诋毁顾宪成。周起元再次上疏极力辩论，他的同僚翠凤羽中、余懋衡、徐良彦、魏云中、李华、王时熙、潘之祥也逐条辩论。皇帝将要下令逮捕刘世学，刘世学于是逃走了。吏侍郎方从哲由中传旨起用，周起元极力说不行，并指责给事中亓诗教、周永，吏侍郎李养正、郭士望等人。吏尚书赵焕巡云中，王时熙在外地。周起元弹劾他违抗旨令、独揽大权，被定罪停发俸禄。赵焕离职，郑继之代替，又任用潘之祥和张健。周起元也上疏检举驳正，于是说张光房等五人不应当摒弃在官衙之外。跟党人意见不和，忌恨他的人越来越多。

不久巡抚陕西，很有风采。终于因为东林党的缘故，任广西参议，分巡守右江。柳州发生大饥荒，各地盗贼纷纷涌现，周起元一个人骑着去招抚各盗贼，尽最大的努力救济饥民。改官四川副使，未到任。恰好辽失陷，朝廷议论通州是军事要地，应设置监司，于是命令周起元以参政的份统领它。

天启三年(1623)，他朝廷担任太仆少卿。不久提为右佥都御史，巡抚苏州、松江等十府。公正廉洁、惜人民，没有拿一丝、一粒粮。遭遇大灾，千方百计地救济灾民，人民忘记了贫困。织造中官李实一向贪财而横行霸，任意增加定额，放纵地索取。苏州同知杨姜理本府事务，李实恨他不屈服，收集其他材料弹劾他。周起元到任，立即替杨姜伸冤，并且上疏清除蛀虫七件事，言词很多涉及到李实。李实想要杨姜向他行臣属的礼节，再次上疏诬告并逮捕他。周起元又一次上疏替杨姜昭雪，更加中肯直率。魏忠贤庇护李实，下了严厉的圣旨谴责周起元，命令赶快上报杨姜贪污的情形。周起元更加称颂杨姜廉洁谨慎，诋毁李实造谣诽谤，于是承担罪责乞求离职。魏忠贤大怒，假传圣旨将杨姜贬斥为平民。周起元又弹劾李实贪财放纵，不遵守法令的几件事，而请求宽大理杨姜。李实因此威风扫地，而魏忠贤也因此将周起元怀恨不已。分守参政的朱童蒙，早先是兵科都给事中，因为攻击邹元标讲学而被调往外地，丧失理智，疯狂残暴，每次外，都鞭打几十人，血狼藉。周起元想检举他，朱童蒙就称病离职，周起元于是列举他贪财暴的情形，让别人知。魏忠贤于是假传圣旨剥夺周起元官籍，提朱童蒙为京卿。

天启六年(1626)二月，魏忠贤想杀攀龙、周顺昌、缪昌期、黄尊素、李应升、周宗建等六人，拿李实没有盖印的奏疏，命令他的党徒李永贞、李朝钦诬陷周起元当巡抚贪污国家钱财十多万两银，每天跟攀龙等人来往讲学，因而在中间煽动。假传圣旨逮捕周起元，到京时周顺昌等人已在牢里死了。许显纯严刑拷问，竟然招同李实的奏疏所说，藏赃款十万两。卖掉所有值钱的东西都不足此数，亲戚朋友也多由此破产。九月死于狱中，江苏及其家乡的官民没有不悲伤的。

庄烈皇帝即位，赠封兵右侍郎，让他的一个儿官。南明福王时，追加谥号为忠惠。

周顺昌，字景文，江苏吴县人。万历四十一年(1613)士，任命福州推官。逮捕惩税监肕的爪牙，一也不留情。肕激发人民发生事变，劫持侮辱巡抚袁一骥，把他的二个儿作为人质，并将副使吕纯如也抓人质。有人建议让周顺昌去代替他，周顺昌不同意，吕纯如因此怀恨周顺昌。周顺昌后被提为吏稽勋主事。天启年间，担任文选员外郎，负责选官员事务。尽力杜绝请托，抑制求利不止，清的守一尘不染。后请假归家。

周顺昌为人刚正直，独立而有守，疾恶如仇。巡抚周起元得罪了魏忠贤被削籍为民，周顺昌写文章送他，指责呵斥没有什么忌讳。魏大中被逮捕，经过吴门，周顺昌设宴款待他，形影不离地跟了他三天，并把女儿许给魏大中的孙。旗官多次促他上路，周顺昌怒目而视，说：“你不知世上还有不怕死的男汉吗？回去告诉魏忠贤，我是原吏郎中周顺昌。”于是用手指着喊魏忠贤的名字，骂不绝。旗官回去后，告诉了魏忠贤。御史倪文焕是魏忠贤的义，诬告揭发同事夏之令，夏之令被害死。周顺昌曾对别人说，将来倪文焕应当替夏之令偿命。倪文焕十分愤恨，于是受魏忠贤指使，弹劾周顺昌跟罪犯结亲家，并且诬陷他接受贿赂窝藏赃，魏忠贤立即假传圣旨剥夺他的官籍。先前得罪的副使吕纯如，跟周顺昌是同省人，以京官的份居在家中，怀着以前的仇恨，多次跟织造中官李实和巡抚一鹭讲周顺昌的坏话来诬陷他。不久，李实追究周起元，于是诬陷周顺昌私自嘱托，吞没公家财，与周起元一起被逮捕。

周顺昌喜在家乡好事，有人受冤枉压制或者是事关地方利害的大事，他就去跟有关门陈情说理，所以当地老百姓十分激周顺昌。等到听说逮捕他的人来了，大家都很愤怒，喊冤的人堵了路。等到宣读诏书那天，没有经过约定而汇集在一起的有几万人，都拿着香为周顺昌乞求命。生员文震亨、杨廷枢、王节、刘羽翰等人前去拜见一鹭和巡御史徐吉，请求他们把这里人民的情绪上报给皇帝知。旗官厉声骂：“东厂抓人，你们这帮鼠辈敢怎么样！”大声叫喊：“囚犯在哪里？”将铁锁链使劲往地下一丢，发很响的声音。众人更加气愤，说：“开始我们以为是皇帝的命令，原来是东厂啊！”大声叫喊着一拥而上，那形势，真像排山倒海一般。旗官东逃西窜，众人来回痛打，打死一人，其余的负重伤，翻墙逃跑了。一鹭、徐吉不能说话。知府寇镇、知县陈文瑞一向很得人心，多方解释，大家才离去。周顺昌于是投案自首。又过了三天向北发，一鹭用急报的奏章报告事变，东厂刺探情报的人说整个苏州的人民都造反了，他们计划截断，劫持漕运粮的木船，魏忠贤非常恐慌，不久一鹭说逮住了倡导暴的颜佩韦、杰、沈扬、杨念如、周文元等人，叛已经平定，魏忠贤这才放下心来。然而从这以后，黄衣使者再也不敢迈京城城门了。

周顺昌到达北京，下诏狱。许显纯拷打供罗织罪名，坐赃款三千两，五天严刑拷打一次。

每逢拷问，周顺昌一定大骂魏忠贤。许显纯敲掉他的牙齿，站起来问：“看你还能不能骂魏上公？”周顺昌把满的血吐在他脸上，骂声更加猛烈了。于是在晚上偷偷地把周顺昌杀害了。这时是天启六年(1626)六月十七日。