孙慎行为首，于是，余懋衡等被削职。崇祯初年，方又官复原职。

李三才，字甫，顺天通州人。万历二年(1574)中士，授职主事，任郎中。与南乐的魏允贞、长垣李化龙以经世致用相互勉励。等到魏允贞因为议论朝廷违背辅臣意思，李三才抗旨为他申辩，被贬为东昌推官。再改任南京礼郎中。恰好魏允贞、李化龙与邹元标等在南曹官，愈加来往密切，讲求经世致用，名声更为著名。调任山东佥事。山东多狡猾的大盗，李三才多方设计圈，将他们一一剿灭逮捕。升河南参议，又升副使。督山东、山西两省学政，提为南京通政参议，征召为大理少卿。

万历二十七年(1599)以右佥都御史总漕运，巡抚凤各府。当时矿税使横行各地。李三才所辖范围，由徐州陈增、仪真暨禄收商税，扬州鲁保征收盐课，沿江邢隆征收芦课税，蔓延千里。矿税使任用徒，伪造印章，所到之如追捕叛和逃亡者一样，公然抢夺。而陈增尤其过分，公然数次凌辱官吏。唯有李三才正气凛然，压制其肆意行凶的爪牙，而且密令犯死罪的囚犯将他们指为同党，从而将他们捕杀，陈增的气焰才被压下。

而那些不安分的人因为矿税使的缘故，多起来了盗。浙江人赵一平用妖术倡议叛。事情被发觉，他逃往徐州，改名古元，胡说自己是宋皇室的后代。与其同伙孟化鲸、登儒聚集亡命之徒，自署官职，预定第二年二月各方起事。计谋被，他们都被逮捕。赵一平逃到宝坻，被抓获。

李三才再次上疏陈明矿税使的害，说：“陛下喜珠玉，老百姓也羡慕温饱；陛下护孙，百姓也恋妻女。为什么陛下要聚集财宝，而不让小民老百姓有一升一斗的需要；想绵延万年，而不让百姓有一天的乐呢？自古未有朝廷的政令，天下的情形就到了这地步，而能幸免没有叛的。朝政鄙陋的多，而陛下的病就在于沉溺于钱财之中。臣请求陛下发善心，罢除天下的矿税。贪之心既然丢掉，则朝政可以治理好。”过了一月，皇上没有回答。李三才又上疏，说：“臣为百姓请命，一个多月没有得到回答。听说近日的奏章，凡涉及到矿税，都置之不理，这是国家存亡的关键，一旦众叛亲离，老百姓都成为敌人，风驰尘扬，叛的人群四起，陛下安然独；即使黄金满箱，明珠填屋，谁替你守护呢？”皇上也不答复。万历三十年(1602)，皇上生病，下诏罢矿税，转之间又下诏停止罢免矿税。李三才极力陈明国家形势危急，请立刻颁下前面停矿税的诏书，皇上不听。

清涸阻碍了漕运。李三才建议开渠建闸，费二十万，请求留下漕粮接济。督储侍郎赵世卿力争，李三才于是声称有病请求离去。皇帝讨厌他回避，同意了。淮扬巡御史崔亮，巡漕御史李思孝，给事中曹于汴，御史史学迁、袁九皋上奏章乞求把李三才留下。史学迁说：“陛下因为陈增的原因，想去掉李三才，托词解除了他的官职。近年来宦官四，海内沸腾。李盛的去职因为王虎，魏允贞因为孙朝，前任漕臣李志也是因为矿税事。其他官吏离开岗位的，不可胜数，现在李三才又接着要被去职。淮上军民因为李三才被罢官，想找陈增算帐，陈增避门不。李三才不当离职可想而知。”皇上对上疏仍不予理睬。李三才于是离开徐州，接连上疏请求找人替代他，未得到命令。正好侍郎谢杰代替赵世卿为督储，再次请求让李三才留下。皇上于是命令李三才继续任职以等待代替的人，皇上也终究没有派遣代替的人。

第二年九月又上疏说：“近来雷电击中了陵寝，大风起了树木，洪滔天，天变到了极。赵古元刚被肢解于徐州，赵大荣在亳州被砍，而睢州的大盗又现了，人心的离散到了极，陛上每当有征求时，必定说：‘内府已很匮乏。’如果内府果然匮乏，那是国家的福气。所谓皇上瘦弱而天下，实际上不是这样。陛下所谓的匮乏，是黄金没有遍地，珠宝玉石没有堆到像天那么。小民饭都吃不饱，又来搜刮，鞭打没有止尽，路上全是囚犯，官吏唯有请求罢官，老百姓唯有一死，陛下难还不引起警惕吗！陛下不要说臣危言耸听、言过其实，真的到了这一步，哪有陛下安的地方呢！”皇上也不回答。不久，睢州的盗匪被擒获。李三才因此上奏施行几件事，境内安宁。

歙县人程守训以纳财得中书官职，他为陈增的随从。骄横跋扈，所到之为他举行盛大的仪式，允许人告密，连妇女、儿童也拷问。他害怕李三才，不敢到淮上。李三才弹劾整治他，得到他的赃数十万。陈增害怕连累到自己，搜查他的奇珍异宝，盗用的龙文、服饰、。程守训和他的帮凶都被逮捕受到法律的制裁，远近地方人心大快。