考功主事，任员外郎。恰好有诏书将三位皇一起封为藩王。顾宪成携同官上疏说：

“皇上因为祖训立嫡长的条例，想暂时令三位皇一同封为藩王，以等待有嫡长就立嫡长，没有嫡长立长。我等三思，‘待’之一字，大不可。太是天下的本。预定太是为了巩固本。所以有嫡长就应立嫡长，没有嫡长就当立长，就现在情况而论，等到将来就不对了。我朝建立储君的法律，东不一定等待嫡长，大儿不一起封王。朝廷大臣已说得很明白了，皇上一概不，难皇上的创见能加于诸位圣人之上吗？拥有天下的称天，天的长称太，天与天相系，君王与天为一，太与父亲相系，父为一。太继承皇位，是天经地义的事，不能将其封爵。现在想同时分封三王，长之封与什么相系？没有什么相系，则难在名称上，有所相系，则难在其实。

“皇上说是权宜之计。权宜之计，是在万不得已的时候才实行的。长为太，诸为藩王，顺理成章，合情合理，有什么不得已的呢？皇上以祖训为法，孙以皇上为法。皇上不难创造祖训所没有的，后世难对承袭什么有难吗？从此以后，幸好有嫡长的还可以，若没有，就没有东了。如果都像皇上这么英明那也是有幸，若没有，凡是皇都是太。这不等于开启了万世的祸患吗？皇后与皇上共同继承宗庙，期望宗庙有合适的人。皇上的长诸，就是皇后的长诸。恭妃、皇贵妃不得据为私有，统统受尊重。难一定要像辅臣王锡爵的请求，必须拜皇后为母亲，而后才能称儿吗？

“况且开始奉圣旨说，稍待二、三年后而已，不久改为二十年，又改在二十一年，然而还是可以等待的。今天说‘待嫡’，不知等到何年何月。刚刚发布命令又忽然改变，意见屡屡变化而期限更加缓慢。自从一同封王的命令下了之后，叩问皇上分封一事的不可胜数，以至里巷的小老百姓也聚族偷偷地议论，是什么造成这样的呢？人心自有公，可皇上还在责备辅臣担当这件事。王锡爵早晚赶着等待召见，于是力排众议顺从皇上的旨意，难这就是所谓担当，一定要以诚悟、接纳皇上到没有过失的地方，才是真的担当。不这样，皇上都不能把天下怎么样，更何况王锡爵呢？

“皇上圣明，不是小人所能比。而不能谅解的，见到影就疑心形，听到响声就疑心声音，即使是我们也有不能替皇上明白的。皇上盛德大业，可与三皇五帝相比。可来这样意外的纷纷议论，不可惜吗？恳求皇上命令皇长早早成为太，皇三、皇五各就王位。父父，君君臣臣，兄兄弟弟。宗庙的长久、国家的安宁，都在这儿。”

顾宪成又送书给王锡爵，反复论辩，后来一同分封的议论遂停止了。

万历二十一年(1593)，京官考察。吏尚书孙钅龙、考功郎中赵南星将与执政有私的人全黜，实际上是顾宪成左右的。等到赵南星被斥退，顾宪成上奏请求一同罢官，没有得到回报。不久升为文选郎中。他推举的人与执政的都有抵。先前，吏缺尚书，王锡爵想用罗万化，顾宪成认为不可以，于是就用了陈有年。后来廷臣推举阁臣，又没有罗万化。王锡爵等很愤怒，罗万化获得推举，正好皇帝同意罢官后才停止。到这时，王锡爵将辞去政务，朝廷大臣推举替代他的人。顾宪成推举前大学士王家屏，违背了皇上的旨意，被削籍遣送回家。事情在陈有年传中。

顾宪成既然被除名，名声更加，朝廷内外推荐他的上疏超过上百份，皇上都不回答。到万历三十六年(1608)，才起用为南京光禄少卿，顾宪成尽力辞谢不就位。万历四十年死于家乡。天启初年，赠为太常卿。魏忠贤把持朝政，其党人石三畏又弹劾他，遂被夺去赠号。崇祯初年，赠吏右侍郎，谥号端文。

顾宪成聪明过人，幼年就有志于圣学。既然被削籍在家，更加研究，力主排斥王守仁“无善无恶心之”的学说。无锡旧有东林学院，是宋代杨时讲的地方，顾宪成与其弟顾允成倡导修复它，常州知府欧东凤与无锡知县林宰为之营建。落成后，顾宪成带领志同合的攀龙、钱一本、薛敷教、史孟麟、于孔兼辈在其中讲学，学者称他为泾先生。当时，士大夫的抱负为世不容，于是退隐山林，闻风响应，以致学舍容纳不下。顾宪成曾经说：“在朝廷官，志向并不在皇上，在边地官，志向不在民生，居于边林下，志向不在世，君是不这样的。”所以他在讲学之余，往往议论朝政，品评人。朝廷之士仰慕他的风范，多和他遥相呼应。由此东林名声大噪，而忌恨的人也多。