只有郡邑官员才能解决，郡邑的吏治只有抚监司才能清正。抚安监司的风化，只有院能够整治。请求订立条约颁布全国，奖励清廉抑制贪赃，共同遵循官箴。”神宗都下优诏答复可行。

万历二十二年(1594)他担任吏尚书。孙丕扬刚直不屈，众官不敢徇私，只忧虑显贵的太监的拜访。于是他创立签法，大选特选官吏，全听凭他们自己签，请托属意之事无法施行，一时间选的人盛赞他无私，选官之事从此大变。

万历二十三年(1595)全面考京城之外的官吏。九江知府沈铁曾经担任衡州同知，揭发巡抚秦耀的罪行，江西提学佥事犹龙任刑主事时，判定御史祝大舟收受贿赂，于是庇护祝的人憎恨。考功郎蒋时馨罢黜了他，孙丕扬没有察觉。等到蒋时馨被赵文炳弹劾，孙丕扬极力替他辩解。称此是丁此吕的罪过，丁此吕遭逮捕。孙丕扬又极力抨击沈思孝，因此沈思孝和员外郎岳元声接连上奏攻击孙丕扬。孙丕扬极力恳请离去。当年冬天，神宗因为军政事务，贬责了两京三十多名言官。孙丕扬仍在休假，就与九卿极力劝谏，神宗没接纳。不久，神宗厌恶大学士陈于陛行救助，将各位言官贬到边关。孙丕扬等人又上奏劝谏，神宗因此更加恼怒，将他们全除名。

起初，神宗虽然很想任用孙丕扬，但不甚信任。有所举荐，都录用了列在第二位的候选者。多次请求启用罢官的人，都宣告作罢。孙丕扬因为不得志，已经有了离去的打算，因此闭门不达半年。十三次上奏，都没有答复。到了四月，神宗下温诏勉励、挽留，他才又开始办事。主事赵学仕是大学士赵志皋的族弟，因为犯事而面临降职，文选郎唐伯元将他定为饶州通判。不久赵学仕又因为以前的事遭攻击，给事中刘亨弹劾吏趋炎附势，言辞犯了孙丕扬。博士周献臣的陈述，也对他颇有犯。孙丕扬怀疑刘亨受同僚周孔教的指使，周献臣又是周孔教的同宗，更加怀疑，又多次上奏请求退休。最后写信给大学士张位，恳求他起草旨令同意放他回乡。张位照他的话办了。孙丕扬听说了，又大为愤恨，称张位排挤自己，上奏极力抨击张位和刘亨、周孔教、周献臣、沈思孝。神宗得到奏疏，认为孙丕扬不正直。张位也上奏辩解，请求告退，神宗又下诏安、挽留，而且张位的同僚陈于陛、沈一贯也替张位开脱。孙丕扬再度被责备，批准他乘驿车离去。

此后很久，他被委任为南京吏尚书，推辞不上任。等到吏尚书李被免职，神宗为代替的人发愁，让侍郎杨时乔负责。杨时乔多次请求选尚书。神宗最终思念孙丕扬廉洁、正直，万历三十六年(1608)九月召用他担任原职。他屡屡推辞，神宗不同意。第二年四月才京，他已经七十八岁。三十八年考京城之外的官吏，罢免与提都很恰当。又上奏举荐廉吏布政使汪可受、王佐、张亻思等二十多人，诏令全录用。

在此之前，南北两京的言官都攻击李三才、王元翰，牵连到居住家乡的顾宪成，称为东林党。祭酒汤宾尹和谕德顾天浚各自召门徒，预时政，称为宣党、昆党；因为汤宾尹是宣城人，顾天浚是昆山人。御史徐兆魁、乔应甲、刘国缙、郑继芳、刘光复、房壮丽，给事中王绍徽、朱一桂、姚宗人、徐绍吉、周永等人，极力排斥东林党人，与汤宾尹、顾天浚相互声援，大臣大都畏惧，回避他们。到此时，郑继芳巡浙江时，有人以他的名义伪造信函抨击王绍徽、刘国缙。信中说：“除去福清，先要除去富平；除去富平，先要除去耀州兄弟。”又称：“秦脉被斩断后，我们可以实现抱负。”福清指叶向，耀州指王国、王图，富平就是孙丕扬。王国当时是保定巡抚，王图任吏侍郎负责翰林院，与孙丕扬都是秦地人，所以称“秦脉”大概是小人所设计的挑逗语言，陷害郑继芳等人，该信送到孙丕扬的住所，孙丕扬并不介意。遇上御史金明时为官不称职，顾虑京官考中受斥责，先上奏极力攻击王图并抨击御史史记事、徐缙芳，称他们是王图的心腹。等到王图、徐缙芳上奏辩解，金明时再度弹劾他们，并提到伪造的郑继芳的信。刘国缙怀疑信自徐缙芳和李华、李炳恭、徐良彦、周起元之手，因此称他们为“五鬼”；当时五个人都当选御史待命。当时，人们每天攻击，议论纷纷，神宗从没过问，他们更是培植党羽以求取胜，朝廷上闹得很。