的告谕，称矿税不可以罢除，释放囚犯，录用正直的大臣都听您裁决。”沈一贯想不还圣谕，宦官就叩，几乎血，沈一贯惶恐就纳了圣谕。当时吏尚书李、左都御史温纯希望上奉行，颁诏告知天下，刑尚书萧大亨则称释放囚犯必须再次奏请。不久，事情变化，太仆卿南企中弹劾李、萧大亨不迅速遵奉皇帝的圣谕，启用废黜的官吏，释放囚犯。皇帝恼怒，将两件事都压制不再施行。当皇帝想追回成命时，司礼太监田义极力争辩。田义劝谏更加急切，而中使者已经拿着沈一贯所缴纳的先前的圣谕回来了。后来田义见到沈一贯就唾弃地说“：你稍稍持一下，矿税就撤除了，胆怯什么！”从此大臣、言官上奏请求罢免矿税使的人每天都有，皇帝皆不再听从矿税的祸害，于是横行神宗一世。

皇帝自从病好了之后，政治更加废弛。税监王朝、梁永、淮等人横征暴敛，许多诈的人乘机肆老百姓。沈一贯与沈鲤、朱赓共同撰写奏章加以讽谏，又曾经就事屡次争辩，并且陈述用人与行政等事，皇帝不理。皇帝待沈一贯很好，曾经特别赐予敕令褒奖他。沈一贯一向顾忌沈鲤，沈鲤也自以为讲筵而受皇帝，不是由沈一贯引荐，不甘居其下，二人渐渐不和。礼侍郎郭正域以文章的气节著称，沈鲤很重他。都御史温纯、吏侍郎杨时乔都以清廉自持相标榜，沈一贯不喜他们。遇上郭正域提议剥夺吕本的谥号，沈一贯、朱赓与吕本是同乡，压制了他的提议。从此他更加厌恶郭正域以及沈鲤、温纯、杨时乔等人，而党论逐渐兴起。浙江人与公众议论相违逆，由沈一贯开始。

万历三十一年(1603)，楚府的镇国将军华责力攻击楚王华奎是假王。沈一贯收受了楚王的大量贿赂，指令通政司将此奏疏阻滞了一个多月，先呈华奎弹劾华责力的四条欺骗的罪状。郭正域是楚人，很听说了一些有关假王之事的传闻，奏请皇帝勘探虚实以便审定罪案。沈一贯压制此事。郭正域将楚王行贿的事奏疏给皇帝，皇帝不理。等到抚臣一起查以及朝廷大臣们将议论集中奏报皇帝时，沈一贯又极力袒护楚王，唆使给事中钱梦皋、杨应文弹劾郭正域，勒令他回乡听候勘查；华责力等人都被治罪。郭正域登船尚未起航，而“妖书”的事情发生。沈一贯正怀恨郭正域与沈鲤，他的党羽康丕扬，钱梦皋等人逮捕了僧侣达观、医师沈令誉等人，投监狱，竭力整治他们。沈一贯坐中主持，指令锦衣帅王之祯与康丕扬将沈鲤的私宅大搜了三天，派兵围困了郭正域的船，搜掠他的婢女、仆从、母，都没有获取他所要的证据。于是将白敫生光结案。两件事在郭正域与楚王传中都有记载。

开始，都御史温纯弹劾御史于永清和给事中姚文尉，话语稍稍涉及沈一贯。给事中钟兆斗替沈一贯疏论温纯，御史汤兆京又弹劾钟兆斗而认为温纯行为正直。温纯十七次上奏请求离去，沈一贯佯装竭力挽留温纯。到了乙巳年(1605)，对京城和朝廷的官员全面考察。温纯与杨时乔主持此事，钱梦皋、钟兆斗都在罢黜之列。沈一贯恼怒，上奏皇帝，将京察的奏疏留在中。此后很久，便将被察的给事，御史全留用，并同意温纯结束仕途而离去。因此，主事刘元珍、庞时雍，南京御史朱吾弼极力争辩，称统计二百多年的典制，没有特加挽留的人。当时南京考察的奏疏也留在中，后来迫于众议才下发。沈一贯从此不被公论所看重，弹劾一天天增多，于是他称病不门。

万历三十四年(1606)七月，给事中陈嘉训、御史孙居相又接连弹劾他诈、贪婪。沈一贯恼恨，更加请求离去。皇帝替他罢免了陈嘉训，剥夺了孙居相的俸禄，同意沈一贯回乡，沈鲤也同时被罢免。而唯独沈一贯得到温和的御旨，虽然朱赓袒护他，疏论者更加攻击他有内援。

沈一贯内阁，由王锡爵、赵志皋举荐。辅政十三年，当政四年，与清议论相冲突，喜相同的意见，厌恶不同的。宗亲、妖书、京察等三件事偏偏冒犯了天下大不韪之事，疏论者以为不齿，即使他的党羽也因此受株连。沈一贯回乡，谏言诸官仍追着弹劾不止，他的乡里人也多受到世人的诋毁。沈一贯在位时，加封为少傅兼太太傅、吏尚书、建极殿大学士。在家居住十年后去世。赠封太傅，谥号文恭。

方从哲，字中涵，他的先祖是山东德清人。籍隶属锦衣卫，家住京城。方从哲考取万历十一年(1583)的士，授任庶吉士，多次迁官后升任国监祭酒。请假在家休养，长期不任官职，当时人们颇为称他恬静雅正。大学士叶向奏请任用他为礼右侍郎，没有答复。御旨起用他任吏左侍郎。被给事中李成名弹劾，请求罢职，皇帝不同意。

万历四十一年(1613)，任命为礼尚书兼东阁大学士，与吴南一起受命。当时吴南尚在官籍，叶向任首辅，政事大多由叶向裁决。叶向离开京都，方从哲便独自为相。奏请召回旧辅臣沈鲤，皇帝不同意。御史钱弹劾他逢迎取悦皇上，方从哲请求罢职。皇帝下诏好言抚，挽留。不久，吴南到来。遇上张差遭梃击的事件发生，刑以疯癫为名将他藏匿在监狱中。王之肕搜取了情况，庞保、刘成等人的脚开始显。方从哲与吴南斥责王之肕言语荒谬，皇帝采纳了他们的意见。吴南遭舆论的诋毁，多次请求辞职，后来因母亲的丧事而回乡。方从哲又单独任宰相，上上奏请求推举、补充内阁大臣。从此之后每月必定奏请。皇帝认为一个人足以胜任，终究没有增添内阁大臣。

方从哲的格柔弱、懦腐，不能胜任大事。当时东长期停止讲授，瑞王的婚礼过期，惠王、桂王没有选择偶，福府的庄田派宦官督促赋税，又提议下令卖盐，御旨指令吕贵监督织造，驸王籨因为救助刘光复被剥夺冠带，山东兴起盗贼，多次现灾变，言官翟凤罛、郭尚宾因为直言劝谏贬职，皇帝派宦官传令工侍郎林如楚修缮咸安，宣府数月缺粮饷，方从哲都上奏极力劝谏，皇帝大都不听。而方从哲有内援，为名誉而争辩罢了，实际准备顺从皇帝的意志，没有匡正什么。