面上附和群臣的提议，请求册立皇储，而暗地里延缓此事与内好。中书黄正宾又论说申时行陷害同官，巧妙地避开首犯的罪责。两人都被罢黜官职。御史邹德泳又上奏，申时行极力请求退职。诏令他乘驿车回乡。他回乡三年，光宗才接受讲学，他回乡十年光宗才被立为皇太。

万历四十年(1614)，申时行八十岁，皇帝派遣行人问候。诏书传到他家门前他就去世了。先因为平定云南岳凤，加封少师兼太太师、中极殿大学士，令赠封他为太师，谥号文定。

王锡爵，字元驭，太仓人。嘉靖四十一年(1562)，在京师会试中获第一名，廷试又得第二名，授职为编修。逐渐官至国监祭酒。

万历五年(1577)，以詹事份负责翰林院。张居正服丧期限未满，即仕为官，准备对吴中行、赵用贤等人施以廷杖。王锡爵邀集同馆的十多人到张居正请求宽免，张居正径直内而不理他。吴中行等人既已受到杖罚，王锡爵扶着他们大哭。第二年他晋升礼右侍郎。张居正才回乡理丧葬，九卿急忙请求召他回京，唯独王锡爵不签名。不久，他请求探亲而离职。张居正因为王锡爵揭自己的短，更加怀恨他，王锡爵因此不任官职。

万历二十年(1584)冬季，在家中被任命为礼尚书兼文渊阁大学士，参与机要事务。返回朝廷，他奏请禁止谄谀、抑制钻营角逐、戒除虚浮、节制侈靡、鼓励议政风气、简工作。皇帝都加以褒扬、接纳。

起初，李植、江东之与大臣申时行、杨巍等人产生矛盾，因为王锡爵负有重望，并且与张居正不和，就极力推举他。等到王锡爵朝，与申时行结合，他们反而上奏极力排斥李植等人，于是李植等人全离去。当时申时行任首辅、许国任次辅，三个人都是南畿人，而王锡爵与申时行同时在会试中举，并且在同一郡，在内阁中相很好。因为申时行格柔和，而王锡爵格刚直气盛。万历十六年(1588)，他的儿王衡考取顺天试的第一名，郎官桂、饶伸议论此事。王锡爵接连上奏辩驳，话语过于愤恨，饶伸被投诏狱并从官籍除名，桂被贬责到边疆。御史乔璧星奏请皇帝告诫王锡爵，务必扩展他的气量，成为善有涵养的大臣，王锡爵上奏辩解。因此逐渐与朝廷议论抵。

当时群臣奏请建立皇储的人很多，皇帝都不听。万历十八年(1590)，王锡爵奏请预先教导太，录用言官姜应麟等人，并请求宽恕以前的巡抚李材，没有答复。曾经因为旱灾，自己陈奏请求罢免官职。皇帝下诏好言挽留。火落赤、真相侵犯西边疆，议论的人争相请求动军队，王锡爵主张和平解决，与申时行的意见相合。不久，他与同列争请册立皇储也不成，他关门闭请求回乡。不久因为母亲年迈，接连奏请回乡探亲。于是皇帝赐给他路费，派遣官员护送。回乡两年，申时行、许国和王家屏相继离开职位，有诏书促、召见王锡爵。万历二十一年正月，他返回朝廷，是成为首辅。

在此之前有圣旨，这年季举行册立皇储的大典，告诫朝廷大臣不要轻慢地陈请。朝廷大臣鉴于张有德事件，都表现沉默。等到此，王锡爵秘密奏请皇帝决定大计。皇帝派遣内侍将亲手写的诏书向王锡爵示，想等待嫡系的儿，命令将长和两个次暂且一起分封为王。王锡爵惧怕有失皇上的旨意，立即奉诏草拟谕旨。但是他对外又顾虑公众的舆论，于是劝谏：“汉明帝的后、唐明皇的王后、宋真宗的刘后都抚养诸位妃的儿为自己的儿，请皇帝指令皇后抚育长，则长就是嫡系儿，而且生母不必尊崇位号以致压制了皇贵妃。”也拟谕旨呈送中。同列赵志皋、张位都没预先听说。皇帝竟然将前面的谕告下达给了礼官，下令上准备礼仪。因此整个朝廷哗然。给事中史孟麟，礼尚书罗万化等人，集到王锡爵的府第力争。朝廷大臣和劝谏的人，奏章每天几次呈上。王锡爵与赵志皋、张位一起极力奏请皇帝追回先前的诏书，皇帝不依从。不久，劝谏的人更多，而且岳元声、顾允成、钟纳陛、陈泰来、于孔兼、李启、曾凤仪、钟化民、项德祯等人将王锡爵拦在朝房里，当面与他争辩此事。李腾芳也上书王锡爵。王锡爵奏请在朝廷商议，皇帝不同意。他奏请当面陈述，没有答复。于是他自己弹劾自己的多项失误，请求接受罢免官职的责罚。皇帝迫于公众的舆论，追回并搁置了先前的命令，下令稍候二、三年再商议施行册立的事。王锡爵立即奏请皇帝迅速决定，并说“：过去嫡长刚生，已经颁布诏书大赦，诏书称‘祗承宗社’，明显地是像皇太般待他。现在又疑惑什么而不决定呢？”没有答复。