廷机多次上奏请求退休，闭门数月不来。舆论怀疑他伪装，数十人替上奏行攻击。李廷机不断请求离职，皇帝屡屡颁诏对他行勉励、挽留，并派鸿胪他来任职理事，他持卧床不起。在家待命一年，摒绝外界，居住于荒庙之中，朝廷大臣依然有很多议论。到了万历四十年(1612)九月，奏疏已上报了一百二十多次，于是向皇帝告辞，到都城外等待命令。同官叶向称李廷机已经离去，不可以再挽留，就加封李廷机为太太保，赏赐路费，让他乘驿车，由行人司派人护送回乡。在家住了四年去世。赠封少保，谥号文节。

李廷机阁六年，执政只有九个月，没有大的过失。言官因为他与申时行、沈一贯等人相甚为密切，所以纷纷弹劾驱逐他。辅臣以倾轧受辱，摒弃数年而后离职，这在以前是没有过的。廷机辅政时，四川巡抚乔璧星锐意讨伐镇雄安尧臣与贵州守将持议不决。廷机力主撤兵，后来终究无事，舆论都赞赏他。福建人自杨荣、陈山阁后，因为语言难以明白知晓，有二百年再无人内阁。这时李廷机与叶向一同受命为阁臣，其后又有周如磐、张瑞图、林钎、蒋德王景、黄景盼相继阁参予机务。

吴南，字会甫，崇仁人。万历十七年(1589)士及第。授职为编修，晋升左中允。在东负责讲授，太偶尔走神，吴南即刻中止讲授，拱手等候，太因此动容。

历任左谕德少詹事。晋升礼右侍郎，负责礼事务。历城、苑的生产的犊，都是两个、两个鼻，因此吴南奏请将山东的诸税收全免除，召回太监；又因为灾变而上谏言说宦官集聚怨恨，求皇帝下诏治自己的罪，使天下得以更新，都没有答复。不久他奏请追加建文朝的忠臣的谥号。京都旱很久，他上奏称：“天下人的情怀郁郁而不扩展，造成了旱灾。例如东是天下的本，不使人为其讲明经术，训练理政务，长期置，耳目闭，是第一件忧心之事。法司职位空缺半年，无人负责审判定罪，监狱犯人充，有无，愁怅与愤恨，上及星日，是第二件可忧虑的事。中内藏的财富堆积如山，而里巷却连半粒粮也没有，不曾散发资财赈救，坐视他们死亡与亡，是第三件可忧虑的事。重臣满朝荐、卞孔时，时人称好官，因为当权太监陷害，一旦囚禁就是数年，是第四件可忧虑的事。废弃的诸位大臣，实在堪为当世之用，一旦贬斥就不再起用，让他们在朝廷外老死终，是第五件可忧虑之事。陛下诚心要焕发圣德的声誉，清除这几件可忧虑之事，上就会雨遍及天下。”皇帝并不省悟。吴南遇事有主见，明了政。朝鲜的朝贡使者回去时，请求购买火药，他决不给。吐鲁番贡奉玉石，他奏请皇帝不要接纳。辽东议论开科取士，因为边疆土应当重视武备，他阻拦不准施行。

父亲去世后他回到家乡。服丧期满，就在家里被任命为礼尚书兼东阁大学士参与机要事务，与方从哲一起受命。他多次推辞皇帝都不同意，此后很久才京。旧制，朝廷大臣接受官职，先要当面称谢才就任。皇帝很久不朝见了，大臣们都是先就职。吴南上朝，没被召见，不敢就职。同官方从哲说，皇帝指令他先就职，吴南上奏答谢。住了数日，奏称：“我就任十多天了，仅仅下发了瑞王婚礼一份奏疏。其他的如为太讲学、诸王预先受教育、简选大臣、举荐未重用的贤士、撤除税使、补充言官等诸事，是朝廷大臣燥所请求的，都杳无音信，难陛下将我们的建议闲置一边吗？”皇帝好言回答，最终却不施行。等到皇帝因为“梃击”的变故，在慈宁召见群臣时，吴南才得以向皇帝当面致谢，从此再也没有获得召见。

负责织造的宦官刘成死了，皇帝派他的党羽吕贵前去护灵，吕贵唆使民挽留他自己督导织造。中传旨应许，命令阁臣草拟敕令。吴南与方从哲一起争辩，并且询问奏疏的来源，奏请皇帝永远杜绝廷直接下达奏疏的法，皇帝不听。鄱原来没有商税，宦官任税使，在湖设关征税。吴南极力劝谏，称沿湖的舟船没有停泊之，大都倾覆沉没，请求皇帝罢除关卡，不要征税，皇帝也不采纳。

吴南辅朝政不耍诡手法，在当时颇有名望。丙辰年(1616)，他与礼尚书刘楚先主持会试。吴江的举人沈同和是副都御史季文的儿，目不识丁，贿赂礼官吏，与同乡赵鸣的考舍联号。他首场考试的七篇文章，除了抄自坊刻本之外，都是赵鸣的手笔。考榜发布，沈同和列第一，赵鸣也中了榜，京都民众哗然。吴南等人赶检举，皇帝下诏行复试。沈同和一天才写成一篇文章。将他付法司审理，贬去戍守烟瘴之地，赵鸣也被除名。