，刻石纪事于平远台而还。

等戚继光回到浙江后，新来的倭寇日益增多，并围困兴化城达一月之久。正碰上刘显派士卒八人携带文书城，士卒衣服上刺有“天兵”二字。倭寇杀死这八名官兵，穿上他们的衣服，欺骗守将城，夜晚破门迎接倭寇。副使翁时、参将毕逃走，通判奚世亭代理政事，被倭寇杀害，兴化城被焚烧抢劫一空。倭寇在此滞留两月，又攻破平海卫，并以此为据。开始，兴化告急时，皇帝已任命俞大猷为福建总兵官，戚继光为副总兵。兴化城失陷后，刘显士卒较少，守在城下而不敢攻击。俞大猷也不想攻，想调兵合围困住敌人。嘉靖四十二年(1563)四月，戚继光率浙江兵赶到。于是巡抚谭纶命令戚继光为中锋，刘显居左，俞大猷居右，合力攻击倭寇于平海。戚继光率先突破，左右军相继跟上，杀死倭寇二千二百人，放还被掠夺的百姓三千人。谭纶向朝廷报功，戚继光功居榜首，刘显、俞大猷次之。嘉靖帝为此在郊庙行告谢之礼，大张旗鼓地给功臣颁奖。戚继光先因平定横屿倭寇之功，升为署理都督佥事，至此又升为都督同知，世代荫庇千之职，于是取代俞大猷为总兵官。

次年二月，倭寇余党又纠集新来倭寇一万多人，围困仙游三日，戚继光在城下击败倭寇，又追击倭寇于王仓坪，斩杀倭寇数百名，倭寇多坠落峡谷而死，剩下的数千人逃奔到漳浦蔡丕岭。戚继光分兵五路，带短兵刃爬崖而上，俘虏、杀死倭寇几百人，倭寇残余于是掠夺渔舟船逃往海外。很久之后，倭寇从浙江犯福宁，戚继光督率参将李超等击败倭寇，乘胜追歼永宁倭寇，杀倭三百多人。不久与大猷在南澳击败吴平，并征讨不肯降服的吴平余。

戚继光统兵号令严肃，赏罚分明，言之有信，士卒莫不为其冲锋陷阵，他与俞大猷均为名将，行虽不及俞大猷，但果敢刚毅超过俞大猷。大猷老成持重稳健，戚继光则如飙风闪电迅捷威猛，多次摧毁倭，其名气更在俞大猷之上。

隆庆初年，因蓟州镇屡有边患，给事中吴时来请召俞大猷、戚继光专门训练边兵。兵讨论结果是仅用戚继光，于是召戚继光为神机营副将。正逢谭纶在辽、蓟督兵，为此集步兵三万，征浙兵三千，请求委托戚继光训练。皇帝同意。隆庆二年(1568)五月，任命戚继光以都督同知职总理蓟州、昌平、保定三镇练兵事宜，总兵官以下均受其节制。戚继光到蓟州后上疏：

“蓟门之兵，名义上众多而实际上不足，为何如此说呢？原因有七条：驻屯军人不习兵事，而好微末之技，壮健的兵卒为将帅役使差遣，只有老弱的兵卒在队充数，这是第一；边寨曲折漫长，却极少设立通邮机构，使臣宾客来往不断，每天迎接不暇，参将、游击成为驿使，营房关垒变成了驿站，此为第二；敌寇来犯，而调遣无方，长途奔赴，人两伤，为第三；防守边的士卒缺乏严明的约束，行伍不整，为第四；作战中骑兵不用，反而徒步，这是第五；家兵气盛而军心离散，这是第六；树立边寨障碍而不选择轻重缓急，防备地众多而使兵力分散，这是第七。这七条弊害不除，边备怎能完好。

“并且还有士卒不训练的六条过失，虽然训练但无益的弊端又有四条。什么叫不训练？边寨所依赖的是兵卒，兵卒所依赖的是将帅；现今恩威号令不能让人心服，营规条例不能使其齐心协力，无论舒缓还是急促都难以驱使，这是第一；拥有火而不知使用，这是第二；对当地百姓放弃训练，这是第三；从各镇调来充实边防的兵卒，以自己非当地卫所统辖，漫无纪律，这是第四；偏师民兵超过四万人，且人各一心，这是第五；练兵的要务首先在于练将。下注意武举考试，多途径的选择荐举与此类似，但这是选将，并非练将之，这是第六。何谓虽练无益呢？现今一营兵卒，作为炮手的常有十人。不知兵法中各兵互使用，应当以长卫短，短以救长，这是第一；三军的士卒各有擅长之技，战鼓军旗等，都应有所准备，现今都弃置不用，这是第二。拉弓箭的功力不能比敌人更，而想以此取胜，这是第三。教练之法，各有渊源系统。外表观则不实用，实用则不观，当今训练全无实在内容，这是第四。

“臣又听说兵形如，随地而动，用兵要据不同的地形环境而决定取胜的战法。蓟州的地形有三，广阔的平原田野，是内地百里以南的地形。险阻平易参半，是内地靠近边的地形。山谷狭隘，树大林，是边之外的地形。敌人平原，利于车战。在靠近边关的内地长于战。在边关之外，宜于步战。三者互使用，才可能获得战争胜利的主动权。现今边兵只练习骑，不熟悉山战、林战、狭谷之战的阵法，这只有浙江兵能得到。请还给我浙东杀手、炮手各三千名，再募西北壮士，备充足的骑兵队五支，步兵十支，听我专门训练，军中所需诸，随时供应，这是我最大的心愿。”又说“：我的官职为初设，诸位将官视作多余的职位，我如何从容行事呢？”

戚继光的奏章下到兵，皇上说蓟镇既然有总兵，又设总理，事务之权分割，诸位将官多作观望状，应召还总兵郭琥，专门任用戚继光。于是任命戚继光为总兵官，镇守蓟州、永平、山海等，而浙江兵停止北调。考录平定吴平的功劳，戚继光升任右都督。敌寇侵青山，官军击退了敌人。

自嘉靖以来，边墙虽然修复，但没有建立墩台。戚继光在上巡视，倡议建设敌台。大概意思是说：“蓟州边墙，绵延二千里，一了病，其他各虽然固也均遭祸及。近年来，年年修建却年年崩塌，空费无益之钱。请跨墙建筑敌台，以。。望四方。台五丈，中间空虚，分上中下三层，每台安置百人，兵铠甲粮俱备。命令边兵画地计工，先建一千二百座。然而边卒质朴，制施以军法恐怕他们受不了，请募集浙江人组成一军，以提倡勇敢神。”总督、巡抚将戚继光的建议报告给皇上，批复。浙江兵三千人开到，列阵于郊外，适逢大雨，自早晨至午后，笔直站立不动。边军大为惊异，从此知军令的严肃。隆庆五年(1571)秋，敌台修成，固雄壮，在二千里的边上声势联接。诏令赐予世代荫庇特权，并赏给银币。