坐了十六年，现在再把陛下当作孝宗的儿，继承孝宗的皇位，那么武宗岂不是不应该有庙了吗？这样使孝宗不能够把武宗当儿，就是使孝宗绝了后，由此又使兴献帝不能把陛下当作自己的儿，就又使兴献帝绝了后。这岂不近似于废除了三纲，破坏了九法吗？”奏章递后，世宗非常兴，把它下发给有关门。这个月里边，他又上书一次重申前边的意见。不久听说世宗发布诏书把献帝称为本生皇考，他又一次抗言上书极力争辩。后来又同张璁、桂萼及黄宗明联名上书争辩“大礼”才决定下来。黄绾由此很受世宗的信任。到了第二年何渊奏请为献帝修建世庙时，黄绾和宗明驳斥了他建议的错误。不久他升任南京刑员外郎，又请病假回家了。后来世宗想起他议定“大礼”的功劳，就在六年六月召他回京并提升为光禄少卿，参加编写《明大典》。

王守仁受到别人的忌妒，所以虽然被封为伯爵，却不发他诰命、铁券和岁禄；手下有功的人如知府刑王旬、徐琏、陈槐，御史伍希儒、谢源等，大多因为考评被罢黜。黄绾向朝廷作了上诉，并且请求召守仁来朝辅佐世宗治国。守仁这下就规定得到了封赏，刑王旬等人也得以论功录用。黄绾不久升任大理左少卿。那年十月，张璁、桂萼把翰林们赶到地方上去了，用自己所喜的人来增补，就任命黄绾为少詹事兼侍讲学士，到经筵前值勤。像他这样以任官而到翰林，还是以前没有过的事。

第二年，《大典》编写成书，黄绾升为詹士。锦衣佥事聂能迁当初追随钱宁当了这个官，后来照世宗即位诏书的条例改当锦衣百。后来他追随张璁、桂萼讨论“大礼”，并且结廷中份很的宦官崔文，又恢复了原职。《大典》成书后，大家都升了级别，偏他没份，能迁很恼火，就嘱托赋闲在家的主事翁洪写了奏章上去，诬告王守仁是贿赂了席书才得到召用的，话中牵扯到黄绾和张璁。黄绾上书作辩解的同时，又请求离职避嫌。世宗语气亲切地挽留他，而把能迁给法司问罪，罚他去充了军，翁洪也被编原籍了小百姓。

黄绾和张璁等人结得很。张璁想任命他吏侍郎，并让他到南京去主考，都被杨一清给压了下来，又因为他的南方音不让他参加经筵。黄绾大为恼火，上书恶毒攻击一清，而不提他的名字。世宗心里知他是指的一清，就用话批评了他。那年十月，他调到南京去了礼右侍郎，掌着各的大印。十二月就召回朝当上礼左侍郎。

当初黄绾和张璁结得很。到这时，夏言当礼尚书，世宗正向着他呢，黄绾于是暗中追随夏言，与张璁相矛盾。他在南京礼任副职的时候，郎中邹守益称病告退，朝廷传令让黄绾实。后来朝廷好长时间没有给守益批复，守益就擅自离任而去了。现在吏尚书汪钅宏承张璁的风上书揭发了这件事，世宗传令削了守益的官职，让汪钅宏对此事再加实，汪钅宏就弹劾说黄绾在蒙骗皇上，张璁就请到圣旨把黄绾贬官三级，调京外。恰好这时礼奏请选择求告谷神的导引官，世宗就把黄绾留下来供事。汪钅宏于是又上书攻击黄绾，并且又抬黄绾其他一些事来，世宗又传令把他调去。黄绾上书为自己辩白，就此攻击汪钅宏，说他是张璁的鹰犬，请世宗罢免了自己，让自己好去避祸。世宗到底还是想到他议定“大礼”的功劳，所以就一如既往，留下了他。从此开始，黄绾就明显地与张璁敌对起来了。

早先大同发生了兵变，杀死总兵官李瑾，据城守。总制侍郎刘源清、提督谷阝永打算屠城，城中军民又恨又怕，就对外勾结蒙古来相助，上形势非常张。巡抚潘仿赶忙请求朝廷停止用兵，源清恼了，飞章上书极力诋毁潘仿。张璁和朝廷的意见都向着源清，黄绾偏上书说用兵不是办法。等源清被免职后，侍郎张瓒前往接任。他还没到，郎中詹荣等人已平定了叛。叛士兵还没有全抓获，大同军民受到的创伤很严重，代王请朝廷派遣大臣去安抚百姓，缉拿罪犯。他的奏章下到礼讨论，夏言认为应该答应他的要求，并且极力批评以前用兵的不当，言辞之间把张璁也攻击了一番。张璁恼了，决压着不想派人。世宗婉转地了解释和指示，然后就特意任命黄绾办这件差事，并命令黄绾考察军队的情况，考评官员的功过，允许他见机行事。黄绾走来到大同，宗室、军民状告官军杀人抢掠的有一百多起，却没有状告叛军的。黄绾对这些案件一起也不加过问，用以安定军心。有替叛军使蒙古返回的人，黄绾把他们抓起来杀掉了，这下已经投诚的叛军又煽动起来。黄绾把当地军民都召集起来，对他们讲清了利害关系。受害者前来投诉，黄绾假装不予追究，暗中却把状纸给负责分发救援资的官吏，暗地里实，然后一天之中抓到十几名首恶分。一个叫尚钦的士兵杀了一家三人，害怕自己躲不过，就在夜里敲锣鼓动造反，没人响应他，他自己就给抓了起来。黄绾又画了几名首恶分的像贴去悬赏捕捉他们，大同军民这才不担心受到株连。从此以后，黄绾责成有关门在城外树木栅，在四个城角地带建立保甲制度，又创办社学，教育军民弟，城中的局势大为稳定了。回朝以后，黄绾向世宗汇报了大同的文武将吏的功过，极力抨击源清和谷阝永。黄绾因为此番功劳被提加一级俸禄。张璁及兵包庇源清，暗中压黄绾。黄绾一次次上书评理，世宗也心向着他，源清、谷阝永终于被逮捕了。不久以后黄绾因母亲死掉回家守丧去了。

十八年(1539)，礼官因为给皇天上帝及皇祖加了尊号和谥号，请求派遣官员去通告朝鲜。当时世宗正打算讨伐安南，想乘这个机会窥探安南的情况，就说“：安南也是给我们朝贡的国家，不能因为近年来背叛我们就不让他们知。希望选择一个有学识的大臣前去。”朝臣屡次推荐人，世宗都不用。最后特别起用黄绾以礼尚书兼翰林学士的份担任正使，谕德张治为副职。世宗当时在承天视察，就促黄绾到行来接受任务。黄绾害怕到安南去，所以到徐州就先派人骑前往说自己生病不能前往，以至于未能如期上任。世宗批评他不骑到行来，而乘船到京城去是大不敬的行为，让他说明原委，过后也就放了他一。黄绾几次请求方便，要求能节制两广、云、贵的重臣，派给事御史同事，吏、礼、兵三各选两名郎官听他使唤。世宗都听从了他。最后黄绾又替自己的父母请求追赠，并且要援用设立太时的开恩条例，所追赠的官名颁发给他诰命。世宗恼了，剥夺了他才当上的尚书，让他以侍郎份回家闲住着，使安南的事最后停了下来。黄绾在家住了很久以后才死掉。