，守仁便条陈八事献给孝宗。不久授官刑主事。在江北审讯犯人，称病返乡。复职后补任兵主事。

正德元年(1506)冬天，刘瑾逮捕南京中御史铣等二十多人。守仁不顾一切递上奏章企图解救，刘瑾发怒了，把他杖打四十六，贬为贵州龙场驿丞。龙场一带群山连绵，苗族、僚族人杂居。守仁据他们的风俗加以教化、领导，这些少数民族人民很兴，大家一起砍伐树木建造房给守仁居住。刘瑾伏诛以后，经考察改任庐陵知事。京见武宗后，升任南京刑主事，吏尚书杨一清却让他改验封官。后来几次提升，为考功郎中，南京太仆少卿、鸿胪卿。

兵尚书王琼一向以为守仁是个奇才。十一年(1516)八月因为他的推荐，守仁升右佥都御史，巡抚南、赣。当时，南中地带盗贼蜂拥而起。谢志山占领横、左溪、桶冈，池仲容占领氵利，都自封为王，与大庾的陈曰能、乐昌的快、郴州的龚福全等互相呼应，占、剽掠各府县。而福建大帽山的叛军詹师富等又起兵。前任巡抚文森托病去职。谢志山联合乐昌的叛军夺取大庾，攻南康、赣州，赣县主簿吴王比在战斗中死去。守仁到任后，知边有不少人是叛军的耳目，于是传呼年老而狡黠的仆役加以审问，仆役浑哆嗦不敢隐瞒，如实坦白，守仁就此赦免了他们的罪过，让他们侦探叛军的情报，于是对于叛军的动静他无所不知。于是他传令福建、广东会兵一，首先讨伐大帽山的叛军。

二年(1507)正月，督副使杨璋等在长富村打败叛军，一步追到象湖山，指挥覃桓、县丞纪镛战死。守仁亲自率领锐队驻扎在上杭，又佯装撤兵，其不意直捣敌人营寨，俘虏、杀伤七千多敌人。指挥王铠等活捉了詹师富。守仁接着给武宗上书，说自己权力太小，没办法指挥将士，请给他旗牌，让他辖军务，享有见机行事的权力。兵尚书王琼奏请听从了他的请求。于是守仁改革队编制：二十五个人为一伍，伍有小甲；两伍为一队，队有总甲；四队为一哨，哨有哨长，协哨两人助理；两哨为一营，营有营官，参谋两人助理；三营为一阵，阵有偏将；两阵为一军，军有副将。都是临有行动时委命，而不是由朝廷任命；自副将以下，可以层层加以惩罚、治罪。

那年七月向大庾军。谢志山乘机向南安发动猛攻，知府季学支打败了他。副使杨璋等也活捉了陈曰能，凯旋归来，于是开始计议讨伐横、左溪的叛军。十月，由都指挥许清、赣州知府刑王旬、宁都知县王天与各率一军会师横，季学支及守备郏文、汀州知府唐淳，县丞舒富各率一军会师左溪，吉安知府伍文定，程乡知县张戬扼守险要防范叛军逃跑。守仁自己驻军南康，离横三十里，先派兵四百人埋伏在敌军营地左右，然后军攻打。叛军正在迎战，两边山上的伏兵举起了官兵的旗帜，叛军一见大为吃惊，以为官军已经攻占了自己的营地，因此溃不成军。官兵乘胜攻克横，谢志山及其党羽萧贵模等都逃到桶冈去了，左溪也被官兵占领。守仁因为桶冈地势险固，易守难攻，所以把兵营安置在接近平地的地方，用或战或降或祸或福的理晓谕敌人。叛军的首领蓝廷凤等正在惶恐不安之中，见到守仁的信使很兴，约定十一月初一投降，可是刑王旬、伍文定的官兵已经冒着大雨，夺险而。叛军碍于阵，无以施展，刑王旬一直向前，英勇奋战，伍文定和张戬又从右边击，叛军措手不及，战败而逃，路上撞着唐淳的官兵，又被打败。各路官兵攻占了桶冈，谢志山、萧贵模、蓝廷凤等叛军首领把自己捆绑了来到守仁帐下请求投降。总计此次战役，攻占叛军营地八十四个，俘虏、斩首六千余人。当时，湖广巡抚秦金也打败了龚福全，龚军属约一千人逃窜到此，诸将立即擒拿了他们，并予以斩首。于是在横设立崇义县，控制瑶民各。还师赣州，计划攻打氵利地方的军。

当初，守仁平定詹师富的军时，龙川的盗贼首领卢珂、郑志、陈英都自请投降。到征讨横时，氵利的盗贼将领黄金巢也领五百人投降，只有池仲容还没有拿下。横败后，池仲容才派他的弟弟池仲安来表示归顺，而又郑重其事地着战斗或防御的准备，诈称卢珂、郑志是他的仇敌，将会袭击我，所以才些防备。守仁假装把卢珂等杖打了一顿，背地里命令卢珂的弟弟集合队等待战斗，然后下令疏散队。新时节张灯结彩，举行娱乐，池仲容半信半疑。守仁派人赏他节日品，引诱他来称谢。池仲容果然带九十三个人下山，驻兵教场上，用几个陪从王守仁军帐中求见。守仁指责他说“：你们都是我的百姓，却屯兵于外面，难是怀疑我不成？”接着就把他们全带祥符中，用丰的饮招待。叛军于是大喜过望，越发到安全。守仁把池仲容挽留下来观灯行乐。正月初三举办盛大宴席，在门里埋伏了刀斧手，军将领来后，挨个儿一一加以擒拿、杀戮。接着亲率大军攻打叛军巢，接连打上、中、下三氵利，杀敌二千有余。余下的叛兵逃奔九连山，山势绵延数百里，地形陡峭，无法攻打。守仁于是简选七百名壮士，穿着叛军的服装，跑到山崖下边呼叫，叛军就招呼他们上去了。官兵又从外边攻打，内外呼应、夹击，叛军被擒拿、斩杀，无所遗留了。于是在下氵利设立和平县，安置队防守，班师回朝。从此国境之内，大为安定了。

当初，朝廷认为盗贼势力大，所以发动广东、湖广的兵力联合剿。守仁递奏章上去制止这样，但奏章没能到京，平定桶冈后，湖广的队才到位；到平定氵利时为止，广东队还没有接到命令。守仁所带领的都是些文职官吏和偏裨军校，但他平定了几十年形成的大叛军，所以远近人士大为惊奇，奉他为神明。朝廷升他的官为右副都御史，给他世袭锦衣卫百的封赏，后又增至副千。