。报功。廷臣经调查准文升奏报不真实，罚文升停发三个月的俸禄。

十一年(1475)，文升代替王越总制三边军务，不久任兵右侍郎职。第二年八月，整顿辽东军务。巡抚陈钺贪婪凶暴，将士稍有小过总是罚其纳匹，由此价猛涨。文升上奏安定边防十五件事，因而请禁止罚，陈钺为此对文升怀恨在心。文升回到兵转左侍郎。十四年，陈钺由于滥杀、冒功引起激变，宦官汪直想自己去平定之。宪宗命令司礼太监怀恩等七人到内阁会同兵商议。怀恩想派大臣前去安抚，以阻止汪直前往。文升立刻答应“：好。”怀恩回复宪宗，宪宗即命文升前往。汪直不兴，要自己的家臣王英一起去，文升谢绝了。疾驰到镇，宣读圣谕抚众人，无人不听安抚。又请求对以前因平定也先之失去授官、玺书的十几人，授以官职。事情平定后，汪直想夺其功劳，向宪宗请求后带王英驰至开原，再下令招抚。文升就把功劳归于汪直，然而汪直内心有愧。文升又与汪直行对等之礼，视其左右为，汪直更加不兴。而陈钺更加结汪直，得到汪直心，日夜诬陷文升，意打击中伤文升而找不到机会发作。文升回来，赐羊猪三牲。第二年，因为辽东屡次失事，宪宗派汪直同定西侯蒋琬、尚书林聪等去巡视。时逢余俊弹劾陈钺，陈钺怀疑是文升的意图，更加排挤文升。汪直奏告文升行事乖僻，禁止边人买卖农，致使边人叛。宪宗就将文升捕诏狱，贬去戍守重庆卫。汪直已经排挤掉文升，则与陈钺大肆发兵冒取战功，陈钺由此骤升至尚书。

十九年(1483)，汪直垮台，文升恢复官职。第二年被起用为左副都御史巡抚辽东。文升是第三次到辽东，辽东军民听说他要来了都欣鼓舞。文升来后一步约束宦官，总兵不得随意克扣，人们更加兴。

二十一年(1485)，文升晋职为右都御史，总督漕运。淮安、徐州、和州发生饥荒，文升从江南调去十万石粮、盐价银五万两救济。这年冬天，召为兵尚书。第二年，被李孜省诬陷，调到南京。

孝宗即位，授文升左都御史职。弘治元年(1488)，上言：“宪宗朝，岳镇、海渎诸神庙，采用方士的话放置石匣，周围环绕符。。，贮存金书经、金银钱、宝石以及五谷作为压邪，应该销毁。”意见被接纳。他又上言十五件事，经过讨论后全都付诸实行。孝宗仿古天亲耕籍田，教坊献杂剧。文升严肃地说：“新任天应当知农事的艰难，演戏是什么意思？”孝宗立即赶走教坊人员。御史徐瑁、贺霖因没顺从皇帝的旨意被下狱。文升说天初政不宜立即惩罚言官，徐、贺被释放。不久孝宗命文升提督十二团营。

第二年，代余俊为兵尚书，仍督团营。当时天下持久太平、兵政荒废松弛、西北落少数民族时时伺机侵。文升严格考查将校，贬退三十余个贪婪懦弱的军官，人对他十分怨恨，夜间持弓伺其门旁，有的写谤书东长安门内。孝宗知了，诏锦衣卫缉捕，给文升二十二个骑士，保卫他。文升请求退休，孝宗下诏留不许。

小王率数万骑兵在大同下游牧，气势汹汹。文升因病休假，孝宗派宦官带太医去探视，借此问计。文升说小王被别的落才打败不久，没有什么作为，请暗地些防备，而在外则虚张声势地威慑之，那么小王必定会离去。计实行，果然如此。文升的继母去世，孝宗下诏起用他，文升二次上疏推辞，都得不到允准。西北别野乜克力的首领分别称为亦刺思王、满哥王、亦刺因王，他们各遣使到肃州边界，请求贡并且开互市贸易。巡抚许、总兵刘宁代其请求，文升说互市可以，贡不行。贡之请就推辞了。

吐鲁番袭击占领了陕，而命令牙兰据守哈密，僭称可汗，侵沙州，迫使罕东诸依附自己。文升说此寇凶暴乖戾，不给他重创就不知害怕，宜用汉代陈汤旧例袭斩之。了解到指挥杨翥熟悉番情，召杨询问对付的办法。杨翥详细地陈述从罕东到哈密的路，要求调罕东的三千兵为前锋，三千汉兵随后，带上数日的粮，从小路兼程急，则可以获胜。文升大喜，于是向孝宗汇报，孝宗下诏调罕东、赤斤、哈密的军队，命令副总兵彭清率领，隶属于巡抚许前去讨，果然打败牙兰，详情载于《许传》。

团营军士不足，请求从锦衣卫及腾骧四卫中选补。已获批准，宦官宁瑾从中阻挠。文升及兵科蔚等说诏旨应讲信用，意见没被接纳。陕西发生大地震，文升“：这是外寇侵的征兆。现在火筛正横，而国内民困财竭，将懦兵弱。宜实行仁政来养活人民，研究武备用以巩固边防。节省开支，停办斋醮，消除传奉冗员，禁止奏求闲地，每天视朝两次，勤于政务。并且撤回陕西织造内臣，救济抚恤受灾人家。”孝宗接纳他的建议，立即召回内臣。