一条条摘录《孟》七篇的要义，附上对时政得失的看法，共计数千字，呈送皇帝，明孝宗很赞赏。内阁大臣徐溥等因为皇帝的文告命令繁多，请求仿照先朝王直旧例设官专门负责。于是提升东为礼右侍郎兼侍读学士，内阁专门主诏书命令。八年以现任职务文渊阁，参预机要事务，与谢迁同一天到位。过了一段时间，升为太少保、礼尚书兼文渊阁大学士。

弘治十七年(1504)，阙里庙重新建成，东奉命前去祭祀。返回后上疏说：“臣奉使命急速上路，正遇上极为严重的旱灾。天津一带，夏麦已经枯死，秋稻还未下，纤夫衣不遮，扛锄的农人一副饥饿的面容，盗贼四横行，其中青州尤为严重。南方来的人说，江南、浙东的路上挤满了亡的人，地方减少，军队人员空虚，仓库里无十天的积储，官的短缺好几年的俸禄。东南是国家财赋重地，一年的大荒已经到如此地步，北方人苟且懒惰，向来没有积蓄，如果今年秋天再歉收，民众如何承受得了？事情的变数，恐怕是难以预测的事。臣虽然长期在官署，天天接奏章奏议，但如果不是经过这地方，仍然不可能了解这些情况，何况陛下皇之中呢？

“臣在路上察访，都说吃白饭的闲散人太多，国家的费用没有常规，差使劳役频繁，苛捐杂税重叠。京城大兴土木，使服劳役的军士财力竭尽，每逢遇到练，宁死不去。世家豪族所占的田地面积跨越郡县，还不断向上伸手要求再赐。亲王前往封地，供应十万至二三十万两。游手好闲的人，以皇亲仆从为名往往在关、渡及都会城市大开市场、店铺，来收取商税。国家建都在北方，供应依赖东南，商人都害怕地跑了，这远不是什么小事情。再有织造内官放纵手下人扰，守闸官吏没有不惊骇而跑的，当地穷困小商小贩没有不动的。这又是臣所亲看见的事。

“民间的情况，郡县官府不了解，郡县的情况，朝廷不知，朝廷的情况，也不知。起初为容忍遮盖，最后发展到蒙蔽。容忍的事端还小，蒙蔽的祸患就很。臣在山东听说陛下由于灾害异常现象屡次现，下命令要群臣不要忌讳把话都说来，然而诏书频频下达，群臣在奏章奏议中都已把自己的见解陈述。但是事关内廷、贵戚的事，一动就受到牵制，经过好几年，拖了很长时间，最后都杳无音信。我的确担心今天所说的那些话又成为虚文。请求取以前朝廷内外条奏，仔细地加以选择，当机立断予以实施。”孝宗表示赞许，全条奏给所主官署。

这时，孝宗几次召内阁大臣当面议政。李东与首辅刘健等尽心献言，对于有关时政的过失必定尽言极谏。东擅长古文，阁中奏议大多是他写的。奏议发，天下传阅诵。第二年孝宗去世，东与刘健、谢迁一同接受顾命，辅助太。

武宗即位，又连续加封东为少傅兼太太傅。刘瑾司礼监，东与刘健、谢迁当天就要求辞去官位，皇帝御旨去掉刘健、谢迁的官职，而独个留住东。东到耻辱，第二次呈上奏章恳请辞位，皇帝不允许。当初，刘健、谢迁持要诛杀刘瑾，言辞非常严厉，只有李东语调稍微缓和，因此被独留。刘健、谢迁临行时，东在路上设的饯行宴上下泪，刘健严肃地说：“为什么泪？假如那天你也力争诛杀刘瑾，那就与我们一起离去了。”东无话可说。

刘瑾得志之后，大力打击抑制朝官。而新调阁的焦芳助长了刘瑾的残暴，老臣、忠直人士几乎被放逐净。东愁闷不安很不得志，也小心谨慎地躲避祸患。焦芳嫉妒东位居自己之上，一天到晚在刘瑾面前说李东的坏话。此前，东奉命编纂《通鉴纂要》，完成之后，刘瑾命人挑笔画小病，免除誊录官好几名，企图借此祸及东。东大为窘迫，请焦芳与张彩行调解，才了结此事。

刘瑾凶恶残暴一天比一天厉害，对大臣无不行诋毁，态度怠慢，但对东表面上还算尊敬。凡是刘瑾扰政事所搞的，东左右调适，于政事也多有补救。尚宝卿崔。。、副使姚祥、郎中张玮因为违反礼制乘轿，随从非法索取驿站匹，给事中安奎、御史张。。由于实边饷不对刘瑾意愿，都被上沉重的刑差一死了。东全力营救，崔。。等被罚守边，安奎、张。。被释放、削职为民。正德三年(1508)六月二十六日，退朝后，有人将匿名奏章放置在御上，信中一一列举刘瑾罪行，武宗下诏书要文武百官全跪在奉天门外。不久，拘捕三百多名官员关皇家监狱。第二天，东等尽力解救，时逢刘瑾也查访到匿名奏章是太监所投放的，众官员才获得释放。后来过了几天，东上奏章请求宽免抚恤等几件事，奏章下达到有关门。不久又上奏章，说粮草亏损，自有专门负责的官员，巡抚官掌大政，应该从轻减罪。刘瑾大怒，矫造几百字的圣旨责问，朝廷内外都为之震惊叹息。刘瑾担心盗贼越来越厉害，想派兵看守盗贼家属并邻里以及为他窝藏财的人家。有人自称抓获盗贼七十人，所门要用新例理，东说，如果这样，那么百年的案都可以追究，这才免除了。刘健、谢迁、刘大夏、杨一清以及平江伯陈熊一类人几乎遭到危险，都依赖东而得到化解。东用隐蔽的手法默默地保全善良之辈，天下人暗中受到他的庇护，然而气节之士大多责怪他。侍郎罗王已写信给东，劝他早日退职，以至于到请求削除自己的门生分。东看到信，低长叹罢了。

焦芳已经与宦官串通一气，王鏊虽然保持正派，但不能与刘瑾抗衡，李东就援引杨廷和共同理政事，勉合依靠以此自立。不久，王鏊辞去官位，接替的人刘宇、曹元都是刘瑾的党羽，东更加孤立。东以前已加少师兼太太师职位，后来刘瑾想给焦芳加官，下诏书让东享受正一品俸禄。正德四年(1509)五月，《孝宗实录》编纂完毕，凡参加编纂诸臣应当次序提升官职，所门引用编纂《会典》的先例，提升诸臣官职。诏书下达，借刘健等以前纂修《会典》多有浪费，全取消所升职位，东也被降低俸禄。过了几天，才以编纂《实录》的功劳恢复被降俸禄。

正德五年(1510)，久旱无雨，皇帝下达诏书减免囚犯的刑法置。东等人趁机提几条诏书上未有的内容，明武宗完全同意如此办理。而法律门害怕刘瑾，减免死罪的只有二人。这年秋天，刘瑾被诛杀，东于是呈上奏章自行陈述说“：臣在靠近皇帝所居的翰林院官署凑数，与刘瑾主的事有关联。凡是调皇帝的诏书或撰写敕令，有的被刘瑾再三驳斥，有的被刘瑾擅自篡改，有的被刘瑾拿回自己的住所，借他人之手写成，有的他传递来借要人用黄纸誊写之机，令诏书之意符合他的意图，这样就真假混淆，无法辨别，臣虽然曲折辗转纠正扶持，希望有所补救，然而因循守旧隐忍克制，所带来的损失也多，理应罢免。”武宗宽挽留他。