而召镇远侯顾溥统率团营。当时孝宗上朝很晚，刘健等为此劝谏孝宗，孝宗仅而已。

十四年(1478)秋，由于战事发生，队缺乏军饷，为此孝宗屡次要朝廷大臣讨论此事，刘健等说：“天下的财力，它的增加是有限的。现在光禄寺费用每年增加几十倍，各地织作作坊一味追求新奇巧，请斋醮祭祀每天耗费以万计。京城储粮的大仓不能满足军队的粮需要，而内府从太仓取粮动辄就是四五十万。皇亲贵戚请占田地，夺取盐利的，也是数千万计，大兴土木，横征暴敛。传奉冗官的官俸禄，内府工匠的粮，年增月积，没有到的日，财富怎会不匮乏？现在陕西、辽东边防战事正激烈，湖广、贵州军队相继调动，不知靠什么满足军队的需要，希望陛下杜绝无益的费，亲自带推行节俭，作为中外的表率而使群臣得以竭尽其诚，谋求革除时弊的良策，这是国家的幸运。”

第二年四月，刘健借灾异向皇帝陈述要勤于朝讲、节省费用、停办斋醮、赏罚公平几件事。到冬天，南京、凤发大，廷臣多次上言时务，许久没回音，刘健等为此立即向孝宗陈述怠慢朝政的过失，请求皇帝勤于听取朝臣的意见，以振朝纲，孝宗都赞许地接受其言。《大明会典》完成，加封刘健少师兼太太师、吏尚书、华盖殿大学士。与李东、谢迁一同接受皇帝赏赐的蟒衣。阁臣得赐蟒衣自刘健等开始。

孝宗事奉两太后很恭敬小心，而两太后都推崇佛二教。先前，清宁建成，孝宗命国师设坛庆贺，又派宦官携带真武像，在武当山设置祭坛，派使者上泰山献神袍，或者大白天在街市上到灯。孝宗很怕违背太后的旨意，曲从逢迎，而刘健等极力劝谏。十五年六月，下诏拟撰写《释迦哑塔像赞》，十七年二月，下诏命在朝门外建延寿塔，任命士林永祺等五人为真人，这些都因刘健等力谏方罢。

这年夏天，小王图谋侵犯大同，孝宗召见阁臣商议对付的办法，刘健请求简京营大帅，接着说京军怯弱不足以应战，请求从现在起停止京军的劳役以蓄养锐气。孝宗表示同意。退朝后又上奏章对边防事宜建言，孝宗全都允准。不久，边境急战报替传来，孝宗受宦官苗逵的蛊惑要兵。刘健、李东、谢迁行阻止，孝宗犹豫不决。兵尚书刘大夏也说京军不能动，这才没兵。

孝宗自十三年，召见刘健等后，阁臣很少能见到皇帝，这时在位已久，更加熟悉政事，数次召见大臣，要依次革除繁法苛政，消除积弊。曾经论及理财事，李东极力说明盐政的弊病，由于需求者众多，因而私盐贩运数倍增长。刘健说：“太祖时茶法刚开始施行，驸欧因为私自贩茶被判死刑，连皇后都不能救他。欧这样的事谁敢跟陛下说。”孝宗说：“不是不敢说，而是不肯说。”于是诏令实利弊，全奏报朝廷。

当时，刘健等三人同心辅政，竭心尽力，知无不言。孝宗开始有的听取有的不采纳，不久刘健等更为孝宗所信任，其所奏请的事项无不接纳，不呼刘健之名，而称先生。每次晋见，孝宗总是屏退左右的人，左右的人偶尔从屏风里偷听，只听见孝宗每每称好，对任免文武大臣，治理整顿屯田、盐政、政等各项政事，刘健辅佐协助最多。

不久，孝宗病危，召刘健等到乾清。孝宗挣扎着坐起来，很详细地叙述在位前后的情况，命令近侍记下来。说完后，拉着刘健的手说：“先生辈辅导勤苦。太聪明，但年纪尚幼，好安逸游乐，先生辈要常劝他读书，辅佐他成为贤主。”刘健等哽咽着叩领命而。第二天孝宗去世。

武宗继位，刘健等对诸弊政行治理。凡是孝宗所想兴办或罢免的全都以遗诏形式下令施行。刘瑾是原东太监，与永成、谷大用、魏彬、张永、丘聚、凤、罗详等八人一同受重用，时称之“八党”，每天带领武宗游玩嬉戏，诏书所颁列的条款一概阻止不去实行。京师从六月到八月下雨。刘健等上言“：陛下登基诏书发，全国呼，盼望太平。到现在两个月了，未听说简多少闲散人员，节省多少糜费。诏书所载，仅仅是一纸空文。因此失调，晴雨失常。如监局、仓库、城门及四方守备内臣增置几倍，朝廷养军匠费数以万计，仅仅为了满足军队的役使，却不愿淘汰。对那些荒废职事、糜费俸禄的文武大臣怎可不贬斥？给画史、工匠滥授官多至几百人，怎不罢免？内承库年开支白银数百余万两，并无记录，司钥库贮存钱数百万，也不知有否，怎不查。至于释放皇园的珍禽奇兽，遣散前朝人，都是新朝政事，首先需要办理的，而陛下全然不去施行，拿什么去抚全国臣民的期望呢？”武帝虽然回复语气和缓的诏命，然而左右的宦官一天比一天放纵，各费用日益增多。武宗享祀郊庙，宦官带刀披甲簇拥在圣驾后面。内府诸监局佥书多到一百几十人，光禄寺每天的供应骤增几倍。刘健等尽力陈述其弊病，请求武宗勤于政事和讲学，武宗只说知了。

正德元年(1506)二月，武宗听从尚书韩文的话，京城地区皇庄由有司征税，而每庄仍留宦官一人、校尉十人。刘健等说“：皇庄既然是供奉两太后的，就应该全付有司理，不应该仍由私人主，反而失去朝廷尊亲的本意。”接着详细地说明内臣理庄田侵扰百姓。武宗不理睬。吏、、兵三以及都察院各有奏疏，争论职权范围，为皇帝边的佞臣所阻挠。刘健等草拟旨文，武宗不同意，令重新草拟，刘健等极力劝谏，称：“商谭景清的败坏盐政，北征将士的无功授官，武臣神英的负罪轻视法令，御用监书吏坏考试制度，都是以一二个人的私恩，破坏了百年定制。况且现今政令维新，而地震天鸣，白虹贯日，恒星白天现，太无光。内贼横行，外寇猖獗，财匮民穷，埋怨毁谤相发生。而朝廷内外不法臣僚正乘机作恶，排除忠直人士如排除仇敌，保护佞小人如保护亲生骨。这情形一天比一天严重，祸变的到来恐怕不远了。臣等受到先帝的信任，被当作心腹。近来圣旨从中颁下，丝毫不让我等知。如有所筹划竟听从臣随意改变。诸如此类，不可胜举。臣等如再顾惜自己的家命，一起阿谀顺从，那么就欺上误国，死有余辜。所拟定的四疏，不敢再更改，谨以原来拟定的献。”武宗不理。