考察官吏，他因此被贬职任湖广驿丞。

天顺初年，经御史练纲推荐，升为雄县知县，奉御使杜肆意残暴地捕捉天鹅，秦纮杖责其随从，获罪被关诏狱。百姓五千人到皇前的楼台前为他辩冤，就调任他任府谷知县。宪宗即位，升葭州知州，调任秦州，母丧离官，州人请求留住秦纮，秦纮服满回任旧职。不久提升为巩县知府，调换到西安，升为陕西右参政。岷州少数民族叛，他率领三千人将其击败，增加一级俸禄。

成化十三年(1477)，提升为右佥都御史，巡抚山西，奏告镇国将军奇涧等罪行，奇涧父亲庆成王奇钟镒上奏章为儿辩护，并且诬陷秦纮。宪宗难违庆成王的意愿，将秦纮逮捕法司理，事情查无证据。而内尚亨抄秦纮的家，将仅得几件破旧衣服等事奏告皇帝，宪宗叹息地说“：秦纮清贫竟到如此地步吗？”赐秦纮万贯纸币嘉奖。于是削去奇涧等三人爵位，庆成王也减去三分之一的俸禄，而改秦纮巡抚河南，不久又调任宣府。

蒙古小王数万骑兵侵大同，长驱直顺圣川，劫掠宣府地区。秦纮与总兵官周玉等举兵阻击，小王被打败逃走。不久劫掠兴宁，秦纮等又与之接连战，敌人退去，追还其所抢掠的资，宪宗下玺书劳。升他为左佥都御史，巡抚如故。没过多久，召回任理院事，调升右侍郎。万安赶走尹。。，诬陷秦纮与尹。。同党，降秦纮为广西右参政。秦纮后升为福建左布政使。

弘治元年(1488)，由王恕推荐，提升为左副都御史，监督漕运。第二年三月升右都御史，总督两广军务，他奏“：宦官、武将统领，镇守两广的，都纵容家臣扰商贾，以私家仆人份，擅自涉公事，残杀无辜，勾结土官以求得到好。而天下镇守官都擅自掌握军队职责，接受民间诉讼，这些与制度不符，请严加禁绝。总镇府原有赏功所，每年积储金钱数万，费无法度，应听从都御史考。广州、州、南雄、韶州有很多盗贼，应该设立社学，编制保甲，以此断绝盗贼之源。”孝宗全都允准。恩城知州岑钦攻田州，赶走田州知府岑溥，与泗城知州岑应分据其地，秦纮带兵田州赶跑岑钦，岑溥返回知府，秦纮留官军驻守，内平定。又遣将征讨平息了黎族叛者陵、瑶族叛者德庆。

秦纮刚赴镇守任时，就弹劾总兵官安远侯柳景贪婪残暴，将其逮捕下狱。柳景也揭发秦纮，经调查无佐证，司法门判柳景死罪。柳景与周太后家连姻，有得力的靠山，不停地攻击秦纮，朝廷下诏连秦纮一并逮捕，经审讯终究无罪。下诏宽免柳景死罪，削爵闲住，而秦纮也免官归乡。大臣王恕等请求留下秦纮，孝宗并不采纳。朝臣又接连上奏章说秦纮有大可用之。过数月，起用为南京尚书。十一年(1498)，因病离职。

十四年(1501)秋，敌寇大肆攻池，在孔霸沟打败官军，直抵平凉。有人说秦纮有威名，虽然年老但仍可任用。朝廷下诏起任他为尚书兼右副都御史，统领三边军务。秦纮急驰到固原，巡行战败的地方，亲自祭奠阵亡将士，掩埋其尸骨。奏报记载为国捐躯指挥朱鼎等五人，抚恤战死者的家属，弹劾置败将杨琳等四人的罪，更换守将。选择壮士、兴屯田，再次申明号令，军威大振。

当初，敌寇未河，平凉、固原均内地无忧患。自孛来定居放牧后，固原为军事要冲，是平凉、庆、临洮、巩昌的门，而城市狭隘民众困穷，兵力单弱，商贩不来，秦纮就扩展城郭，招来商贾，建议改为州，而自己留下调度束。向朝廷奏：“固原主、客兵只有一万八千人，分守二十四个城堡，势分力弱，应该增兵。旧临洮、巩昌、秦州诸军每年要赴甘州、凉州设防。而其他地方如有战事，又从甘州、凉州调兵，或是派京军征讨。京师是国家的本，边将手握重兵，而一遇有事总是动用京军，这不是弱枝之。请求自今后京兵毋随便派遣，临洮、巩昌、甘州、凉州诸军也应该各还本镇，只选通晓军事的老将一二人各守其地，人以军队为家，军队服从将领的命令，心情愉快地服兵役，这样就有战斗力，计划就能实行。”

秦纮见固原向北连绵千里，闲田数十万顷，旷野接近边境，无城堡可依托。主张于池向西延绵至小盐池二百里，每二十里筑一堡，堡周长四十八丈，役使士兵五百人。固原向北绵延各也各筑屯堡，招募人丁屯，每顷赋税米五石，可以得到五十万石。规划已定，而宁夏巡抚刘宪作梗，秦纮于是奏：“我私下观察三边的情形，延绥、甘州、凉州地虽广阔，而兵壮，宁夏怯弱，却有河山险阻，唯池至固原，军队既怯弱，墩台又间隔疏远，敌骑得以长驱，因此应该增筑墩堡，韦州、豫望城诸也这样。现在固原向南斜行的修筑工事即将完成，唯有池向北绵延二百里，应当筑十堡，而刘宪故造危言阻拦，垂成之功将被废，恳求命令刘宪掌握三边，而改换臣抚宁夏，使得以完成边防工事，办起事来也方便些。”皇帝下诏责备刘宪，刘宪伏罪，终于实施秦纮的计划。修筑诸边城堡一万四千余所，矮墙濠沟六千四百余里，固原屹立成为重镇。秦纮又凭自己所想制作战车，取名为“全胜车”孝宗下诏将这战车的形式推行于各边。经过三年治理，四镇安逸，前后治理西方边陲的都没有他的功劳大。