一月朱由榔也自立于肇庆，伪号永历，并派遣兵侍郎林佳鼎前去讨伐朱聿钅粤。恰逢大军由福建发攻取广州，逮捕朱聿钅粤，苏观生自缢而死，祭酒梁朝钟、太仆卿霍衡等全死去，肇庆大为震惊，王坤又尊奉朱由榔逃至梧州。

第二年二月，朱由榔由平乐、浔州逃往桂林。丁魁楚抛弃朱由榔，逃往岑溪，投降大军。不久，平乐失守，朱由榔十分恐慌。正逢武冈总兵官刘承胤率军到达全州，王坤请求奔赴全州。瞿式耜极力劝谏，朱由榔不予采纳。于是朱由榔命瞿式耜及总兵焦琏留守桂林，封陈传为思恩侯，驻昭平，然后自己则投靠刘承胤军中。三月，朱由榔封刘承胤为安国公，锦衣卫指挥吉翔等为伯。刘承胤挟持朱由榔返回武冈，改名奉天府，政事均由他决定。

这时，长沙、衡、永均已失守，湖广总督何腾蛟与侍郎严起恒逃往白牙市。六月，朱由榔派遣官员前去将何腾蛟召来，暗中命他除掉刘承胤，但因刘承胤势力很大，何腾蛟重返白牙市。大军由宝庆直趋武冈，吉翔等挟持朱由榔逃往靖州，刘承胤则举城投降。朱由榔又逃奔柳州，经过古泥，总兵官侯、太监庞天寿率师前来迎接。当时正逢天雨、饥饿，而侯对宿准备十分充分。九月，土舍覃鸣珂作，在城中大肆抢掠，弓箭到朱由榔的船上。在此之前，大军直趋桂林，焦琏拼力拒守，广州又现急情况，大军往东而去，桂林才稍微安定下来。不久，湖南十三镇将郝永忠、卢鼎等都奔赴桂林，何腾蛟也到达，与瞿式耜商议给诸将划分地域，让他们各自防守。当时焦琏已收复朔、平乐，陈传收复浔州，然后合兵收复梧州，广西全省略定。十二月，朱由榔返回桂林。

五年二月，大军到达灵川，郝永忠在兴安溃败，逃回桂林，挟持朱由榔逃往柳州。大军攻桂林，瞿式耜、何腾蛟拼力抵抗。当时南昌金声桓等反叛，投降朱由榔。八月，朱由榔到达肇庆。六年，大军攻下湘潭，何腾蛟死难。第二年，朱由榔逃至梧州。这年十二月，大军桂林，瞿式耜及总督张同敞死难。朱由榔获悉，十分害怕，从梧州逃奔南宁。当时孙可望已占据滇、黔，受封为秦王。八年三月，孙可望派兵前去保卫，杀死严起恒等人。

九年二月，孙可望将朱由榔迎安隆所，改为安龙府。随着时间的推移，朱由榔到日益困窘迫，他获悉李定国与孙可望之间有隔阂，便派使者密召李定国，率军来迎。吉翔是孙可望的党羽，侦探得知此事，大学士吴贞毓以下十余人均被死。此事详见《吴贞毓传》。二年后，李定国在新会战败，将要由安陆滇。孙可望十分担心，促朱由榔移往贵靠近自己。朱由榔却故意延迟动。李定国到后，于是尊奉朱由榔由安南卫奔往云南，住在孙可望的官署中，朱由榔封李定国为晋王。孙可望因为妻儿还留在滇，未敢有所行动。第二年，朱由榔将其妻儿送回黔，孙可望于是与李定国战于三岔。孙可望的将白文选独自骑投奔李定国军。孙可望战败，携妻带儿奔赴长沙投降了大军。

十五年三月，大军兵分三路云南。李定国扼守公背，截断贵州通，其他将领防守七星关，在生界立营扎寨，牵制蜀军。大军兵遵义，由西攻取乌撒，守将弃关而逃，李定国连败于安陆，朱由榔逃往永昌。第二年正月三日，大军云南，朱由榔逃往腾越。李定国败于潞江，又逃至南甸。二十六日，抵达木河，此地属于缅甸境内。缅甸人勒令随从官员舍弃所有兵，才开关放人，朱由榔一行到达蛮莫。二月，缅甸人派四船前来迎接，随从官员自己找船，随行者六百四十余人，由陆路行走的有已故岷王之以下九百余人，约定在缅甸会合。十八日到达井亘。黔国公沐天波等企图尊奉朱由榔逃往、猎二河，没能成功。五月四日，缅甸人又派船前来迎接。第二天，从井亘发，行走三日，到达阿瓦。阿瓦是缅甸酋长所居之城。又过了五日，到达赭。。而走陆路的人全被缅甸人掠去为，这些人大多自杀。唯有岷王之等八十余人暹罗。缅甸人在赭。。建造一草屋让朱由榔居住，并派兵予以防范。