、钱仓、新河、松门，都屯兵设置防守。

二十一年，又命令汤和巡行视察闽粤，筑城增兵。

设置福建沿海指挥使司五个，叫福宁、镇柬、平海、永宁、镇海。

统领十二个千所，叫大金、定海、梅、万安、莆禧、崇武、福全、金门、浦、六鳖、铜山、玄锺。

二十三年，依从卫卒陈仁的意见，造苏州太仓卫海船。

随即命令滨海卫所，每一百以及巡检司都设置两艘船，巡察海上的寇贼。

后来依从山东都司周彦的意见，建立五个总寨在宁海卫，与莱州卫八个总寨，一共辖四十八个小寨。

此后，又命令重臣功勋大臣外戚魏国公徐辉祖等分巡察沿海。

皇帝一向厌恶日本诡诈谲，断绝它的贡使，所以整个洪武、建文时期不受侵扰的祸患。

永乐六年，命令丰城侯李彬等沿海收捕倭寇，又招募岛上的人、、商人、渔民当兵，防备更加严密。

十七年，倭寇犯辽东，总兵官刘江在望海埚将敌兵歼灭。

从此倭寇非常惊惧，一百多年问，海上没有大举侵犯。

朝廷过几年派大臣巡察一次海防情况而已。

到嘉靖年间，倭寇的祸患日渐兴起，开始设置巡抚浙江兼福建海提督军务都御史。

后来，改巡抚为巡视。

不久，倭寇更加放肆。

便增设金山参将，分别镇守苏、松海防，不久改焉副总兵，调动招募江南、江北，徐、邳官军民兵充任作战镇守，而杭、嘉、湖也增加参将和兵备。

三十三年，调动分拨山东民兵和青州军陵军枪手一千人奔赴淮、扬，听从总督南直军务都御史张经调用。

当时倭寇大肆掠夺杭、嘉、苏、松，盘踞柘林城为巢，大江南北都被侵扰。

监司任环击败敌人，张经也有王家泾的胜利，倭寇便逃遁海，又侵犯苏州。

于是南京御史屠仲律上书陈说五件事。

其中守护海说：“镇守平港、黄澳，依靠海门的险峻地势，使敌人不能侵犯温、台。

镇守宁海关、湖湾，遏制三江的海，使敌人不能窥探宁、绍。

镇守鳖门、乍浦峡，使敌人不能靠近杭、嘉。

镇守昊淞、刘家河、七丫港，使敌人不能侵犯苏、松。

并且应该修整海船，大小相并，或者一百或者五十联为一船队，招募熟习的人率领，而用原额的军充住，在各海衡量缓急设防。”兵依从他的提议。

不久，兵也说：“浙、直、通、泰之问最利于战，以前多采用沙船攻破贼寇，请求厚厚地赏赐招他们来。

防御的方法，守海岛为上策，应当用太仓、崇明、嘉定、上海的沙船和福仓、东莞等船镇守普陀、大衢。

陈钟也是浙、直分路的开始，狼、福两山连接首尾，连着江洋，也是要害的地方，应当督促军固守。”批覆同意。

后来，又命令直隶昊淞江、刘家河、福山港、镇江、圃山五总添置游军，听从金山副总兵调度。

当时胡宗宪任总督，诛杀海盗徐海、汪直。

汪直下三千人，又勾结倭寇侵，闽、广更受扰。

嘉靖三十七年，都御史王询请求“分福建的福、兴为一路，用参将统领，驻军福宁，上防御从江、烽火门、俞山、小埕到南日山；漳、泉为一路，以参将统领，驻军诏安，上防御从南日山到浯屿、铜山、玄锺、走溪、安边馆。

军陆军都听从调遣。

福建省城介于南北，离海仅仅五十里，应另设参将，选择招募锐军队率领巡逻的船只，与主兵、客兵相接应援助”

兵回复依从了他。

广东惠、也增设参将，驻军揭。

福建巡抚都御史游震得说：“浙江温、和福宁接壤，是倭寇役的地方，应提升戚继光作副总兵，镇守其地。

而增设福宁守备，隶属戚继光。

漳州的月港也增设守备，隶属总兵官俞大猷。

延、建、邵是八闽的上游，应招募兵士以防备急情况。”都允许施行。

随后胡宗宪被逮捕，罢免总督官，令浙江巡抚趟炳然兼任军事。

赵炳然便请求令定海总兵隶属浙江，金山总兵隶局南直，都兼任理陆的军务，互相呼应。

此后，莆田的倭寇平定，便恢复五个寨的旧有制度。