整个黄河逆而上，从沙河到徐州以北。

到曹县棠林集以下，往北分为二支：南的绕沛騵戚山杨家集，秦沟到徐州；北的绕丰县华山东北从三教堂于飞云桥。

又分为十三支，有的东西断，有的逆漕河，到了湖陵城，漫衍湖坡，到达徐州，广阔无边，而黄河的变化达到极。

于是命朱衡为工尚书兼河漕，又以潘季驯为愈都御史总理河。

第二年二月，又派遣工科给事中何起q岛前去勘察治河工程。

朱衡巡行到决，旧渠已成陆地，但盛应期所开新河故迹尚在，因地势，黄河决堤到昭湖不能再往东，于是议定计划行开凿。

然而潘季驯则认为新河土浅泉涌，耗费将不计其数，留城以上故初次淤可以恢复。

从此二人便有了隔阂。

何起鸣到了沛县，回到京城，上奏说：“旧黄河之难以恢复的原因有五。

黄河完全改必然减缓上游势，新集、庞家屯、赵家圈都在上游。

以无计其数的资财，投到河已经废弃的故，势必不能这样，此其一。

从留城到沛县，广阔之地已成大的湖泽，没有地方施工，此其二。

横贯敷十里，撩起衣裳都役路可走，十万之多的民工到什么地方栖息，此其三。

疏通则烂泥陷，修筑堤岸但又无土，并且南边堵则又向北奔，此其四。

夏秋季节雨多大，难以保证不淤，此其五。

新河开通费用省，并且可以杜绝以后溃决的患。

应当采纳朱衡的计策开通新河，同时采用潘季驯的计策，不全拾弃旧黄河。”朝廷大臣议定，朱衡就决心开辟新河。

这时，潘季驯持恢复故的主张，朝廷大臣多数又认为这样可行。

于是勘查讨论新集、郭贯楼等上游之地。

朱衡说：黄河于境山以北，则闸河淤；于徐州以南，则二涸；祇有于境山到小浮桥四十余里之间，纔两利而无害。

自从黄迩泛滥以来，踢山郭贯楼支河都已被淤，改从华山分为南北二支河：南于秦沟，正在境山南五里左右，运河可以利用；只有向北于沛县西及飞云桥，逆而上到鱼台，造成患更大。

朝廷不忍百姓遭受灾，眷颅黄河旧，命勘查上游。

但臣参考地形有五不可。

从新集到两河都是平原山，无尺寸故可依凭，郭贯楼到龙沟颇有河形，又是新淤，没有地方可以停留下来，这是不可行之一。

黄河所经过的地方，少有不造成患，经由新集则商、虞、夏邑遭受萁害，经由郭贯楼则萧、砚遭受其害，今改复故，则鱼、沛之祸又转移到萧、殇，这是不可行之二。

黄河向西注华山，势如之下注，要想从中开通渠，引南，必须筑坝拦截，阻止河束奔，在狂波泽之中，修筑堤坝数里，用力非常困难，这是不可行之三。

役使民工三十万，旷日持久，扰三省，这是不可行之四。

大工程一个接一个兴起，工程耗费数百万，一旦接续不上，就会前功尽弃，这是不可行之五。

还是应当挖宽秦沟，使下游畅通，修筑南岸长堤以防止奔溃，可以免除鱼、沛两地困于灾的百姓的灾难。

皇帝依从他的主张。

朱衡便开通鱼台南到沛县留城一百四十余里河，又从留城以下疏通旧河，直到境山、茶城五十余里，从此与黄河汇合。

又修筑家桥堤三万五千二百八十丈，石堤三十里，阻止于飞云桥的黄河，直奔秦沟以大。

于是黄不向东侵犯，漕运河畅通而沛县断。

刚开工未建成，黄河又决堤于沛县，毁坏家桥堤。

评论此事的人纷纷上奏请求罢免朱衡。

不久，工程竣工。

皇帝大喜，赋诗四首以记喜庆，把诗给在朝值班的各位大臣看。

隆庆元年五月，加封朱衡为太少保。

当初黄河决堤，支泛滥遍陆地，随后向南奔浊河。

等到新河开成，则全都奔秦沟，而南北诸支河全并。

然而黄河势更加大涨。

三年七月，决堤于沛县，从考城、虞城、曹、单、鬯、沛直到徐州全都遭受其害，茶城淤，漕运船只阻于邳州不能前。

随后虽稍稍疏通，但黄河泛滥于沛县境，秦沟、浊河淤沙一边疏浚一遏壅。

朱衡已被召回，工及总河都御史翁大立都请求在梁山之南另开一河以作漕运，避开秦沟、浊河的险地，这就是后来所说的洳河。

诏令测量地势，结果没有施行。

四年秋，黄河突然到来，茶城又淤，而山东沙、薛、汶、泗诸突然泛滥，决堤于仲家浅漕运河，经由梁山于戚家港，汇合于黄河。

翁大立又请求顺着其势而疏通它。

这时，淮也大肆泛滥，从泰山庙到七里沟淤十余里，而从诸家沟旁，到清河县河南镇也汇合于黄河。

翁大立又说：“开通新庄闸使返回的船只畅通，恢复陈故，则淮河可以无忧虑。

只有黄河在睢宁、宿迁之间改不知定在什么地方，泗州陵墓使人忧虑。

请求疏通古睢河，从宿迁经过宿州，于小浮桥以二河之。

并且规划恢复清河、鱼沟分河一，下到草湾，以避免冲击的祸患，那么南北漕运河也许可以得到保护。”这时翁大立已内调任京官，正要去接任，而潘季驯以都御史之职又起用总理河。

工议定让他分别规划。

九月，黄河又决堤于邳州，从睢宁白狼浅到宿迁小河，淤一百八十里，粮船受阻不能前。

翁大立说：“近来黄河患不在山东、河南、丰、沛，而专在徐、邳，所以先要开通洳河以使黄河势远离、开通萧县河以减缓黄河，正因为浮沙淤积，河面增，成为他日的忧虑。

今秋再次到来，泛滥成灾。

权宜之计，在于舍弃故而归于新的信；长久之策，在于开通洳河以避免洪。”请求决择于二者。

工议定主张堵决，而让翁大立备绦陈利害上报。

翁大立就把开通洳、归于新的通、恢复故三个办法一起呈上，并且说明三者相互有利有弊。

适逢罢官离去，对他的提议未作决定，而潘季驯则主张恢复故。

这时茶城到吕梁，黄河被两崖所约束，不能下，又不能演决。

到五年四月，纔从灵璧双沟以下，在北岸决三，南岸决八，支泛滥，大量势下到睢宁幽于小河，而匙湾八十里主河全淤。

潘季驯役使民工五万，十一个决全堵，并且疏通匙湾，修筑缕堤三万余丈，匙湾故又恢复。