这一年有琉球、哈密前来朝贡。

万历三十一年(1603)三月初二，吏奏告天下郡守阙员，没作答复。当月，播州余贼吴洪等人作，有关官吏讨伐并予以平定。

夏四月初一，日。五月初一，阁臣奏请审，未予回复。二十三日，京师地震。凤天降大雨和冰雹，砸毁皇陵殿脊梁。当年夏天，黄河在苏家庄决堤，淹没江北丰、沛、鱼台、单县。

秋九月十一日，江北发生盗贼。

冬十月初二，中止行刑。十四日，睢州贼杨思敬作，被有司讨伐擒获。十一月十二日，得到一本妖书，传说皇帝要改立太，诏令到严加搜索。十二月初五，朱翊钧召见皇太于启祥，赐给皇太手令给予安。

万历三十二年(1604)二月二十一日，阁臣奏请补充司、、郡、守及派遣巡视各地的御史，未予答复。三月十四日，建成乾清。十五日，赐封杨守勤等人以士及第和其他不同的。

夏四月初一，日。当月，完成疏通氵加河的工程。五月二十三日，雷火焚烧了长陵明楼。六月初七，以长陵发生灾害为由，命补阙官抚恤带刑在狱囚犯。二十日，昌平发生灾，毁坏长、泰、康、昭四陵石梁。

秋七月初一，京师大雨，毁坏一些城墙。十二日，赈济遭受灾之居民。八月二十三日，群臣跪伏文华门，上疏请求提倡修举实政，降旨督促。二十八日，完成黄河分工程。九月初一，赈济畿南六府饥荒。闰月二十四日，武昌宗人蕴轸等人作，杀掉巡抚都御史赵可怀。

冬十月初八，开始对平定播州的官兵论功。这一年有琉球、乌斯藏前来朝贡。

万历三十三年(1605)正月，重新修复京师外城。初五，银定、歹成犯镇番，总兵官达云将其击败。

夏四月初七，蕴轸等被杀。五月二十四日，凤遭受大风大雨，毁坏陵殿神座。二十八日，雷击圜丘望灯杆。六月初二，以雷击为由令群臣修反省。

秋八月二十八日，中止行刑。九月二十四日，昭和殿发生火灾。二十六日，京师地震。

冬十一月十一日，免除淮遭灾地区的田租。十二月初二，诏令天下各地停止开矿。又将税务事宜还有司，将每年收的一半至内府，另一半至、工二。初六，免去河南遭灾地区的田租。十五日，以皇长孙生为由而诏令大赦天下。开宗室科举仕之先例。停止开采广东珠池和云南宝井。

万历三十四年(1606)二月十一日，加上皇太后徽号。十二日，大学士沈鲤、朱赓奏请皇帝补齐六主要官员，未得到答复。三月十一日，云南百姓杀死税监杨荣，焚烧其尸。三十日，真定、顺德、广平、大名等地遭灾，朝廷分别给予减免赋税和赈济。

夏四月二十五日，完成朱旺黄河疏通工程。五月初六，河犯延绥，官军将其击溃。六月初六，缅甸攻陷木。同月，畿内蝗灾大起。

秋七月十六日，沈一贯、沈鲤辞官。九月二十九日，朱翊钧要陕西边防严加防患。

冬十月初一，中止行刑。十一月初四，朵颜来犯，总兵官姜显谟领兵将敌击退。十二月十八日，南京妖贼刘天绪谋反，事情败伏诛。这一年，有安南、琉球前来朝贡。蒙古喀尔喀各归顺大清。

万历三十五年(1607)正月初七，给事中翁宪祥言：抚、官员解任后应该随时候命，不应听其自。未得到批复。二月初五，安南贼人武德成犯云南，总兵官沐睿又将敌击退。三月十八日，赐封黄士俊等人为士及第以及其他不同的。

夏四月初六，银定、歹成犯凉州，副总兵柴国将其击退。二十日，顺义王扌奢力克死去。五月二十七日，原礼尚书于慎行及礼侍郎李廷机、南京吏侍郎叶向一同担任礼尚书兼任东阁大学士，参与机要事务。六月，湖广及徽、宁、太平、严州发生灾。闰月二十日，恢复河各的贡市。

秋七月初十，京师连年雨。刑奏请皇帝批发关于审的奏章，未予答复。八月初六，赈济畿内饥荒。九月初四，中止行刑。

冬十月十四日，山东大旱，饥荒严重，朝廷分别给予赈济。十一月二十五日，于慎行死去。十二月，金沙江蛮阿克反叛，攻陷武定，围攻云南，攻占嵩明、禄丰。安南贼兵犯钦州。这一年，琉球前来朝贡。

万历三十六年(1608)正月，河南、江北发生饥荒。二月十一日，京师地震。

夏六月二十五日，南畿发生大。

秋七月十三日，京师地震。郴州矿贼大起。八月初九，惩治云南失事有罪之臣，巡抚都御史陈用宾、总兵官沐睿又被逮捕狱，论为死罪。二十七日，赈南畿和嘉兴、湖州饥荒。九月初十，四川巡抚都御史乔璧星在东川擒获阿克，贼寇被平定。

冬十一月三十日，朱赓死去。十二月初五，再次赈济南畿，免除其税粮。这一年，有琉球前来朝贡。

万历三十七年(1609)三月初十，拱兔攻陷大胜堡，游击于守志在小凌河被战败。二十九日，大学士叶向奏请皇帝公布群臣互相攻击的奏文，以论断是非、整肃人心，未予答复。

夏四月，倭贼侵犯温州。

秋九月二十五日，左都御史詹沂封印私自离去。二十九日，中止行刑。当年秋季，福建、浙江、江西发生大灾。湖广、四川、河南、陕西、山西大旱，畿内、山东、徐州大闹蝗灾。

冬十二月二十二日，朝廷将畿内、山东诸省所收税收的三分之一用作赈济饥民费用。这一年，日本侵琉球，抓住其国王尚宁。哈密朝贡。

万历三十八年(1610)三月十七日，赐封韩敬等人为士及第以及其他不同的。

夏四月初二，正门楼遭火灾。十六日，以旱灾异常为由，要群臣完成自己份内职责，不准互相攻击。二十六日，赈济畿内、山东、山西、河南、陕西、福建、四川饥民。五月，河南贼人陈自等人作，被官吏擒获。